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Annotation of /SubsystemExtension/GeckoInterface.pm

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Revision 1.1.1.1 - (view) (download) (as text)

1 : heiko 1.1 package SubsystemExtension::GeckoInterface;
2 :    
3 :    
4 :     use strict;
5 :     use warnings;
6 :     use FIG;
7 :     use Subsystem;
8 :     use ClusterDetection;
9 :     use Data::Dumper;
10 :     use CGI;
11 :     use constant DEBUG => 1;
12 :    
13 :    
14 :     =pod
15 :    
16 :     =head1 SubsystemExtension::GeckoInterface
17 :    
18 :     This Class contains a set of methods needed for the interactive cluster detection
19 :    
20 :     =back
21 :    
22 :     =cut
23 :    
24 :     =pod
25 :    
26 :     this Class encaplsulated functionality to display genes included in predicted clusters
27 :    
28 :    
29 :     =back
30 :    
31 :     =cut
32 :    
33 :     =pod
34 :    
35 :     =head1 new
36 :     Constructor:
37 :    
38 :     Params
39 :    
40 :    
41 :     =cut
42 :    
43 :     1;
44 :    
45 :     sub new {
46 :    
47 :     my ($class, $fig, $parameters) = @_;
48 :    
49 :     my $self = {};
50 :    
51 :     $self->{fig} = ref $fig ? $fig : FIG->new();
52 :     $self->{header} = $parameters=>{header};
53 :     $self->{controller} = $parameters->{controller};
54 :    
55 :     bless $self, $class;
56 :    
57 :     print STDERR "created extension interface: \n" if (DEBUG);
58 :    
59 :     return $self;
60 :    
61 :     }
62 :    
63 :    
64 :    
65 :     sub organism_selection {}
66 :    
67 :     sub html_output {
68 :     my ($self) = @_;
69 :     my $q = CGI->new();
70 :    
71 :     my $html = $self->{'header'} ? $q->header().
72 :     $q->start_html(-title=>'Gecko: NetInterface',
73 :     -author=>'hneuwege@cebitec.uni-bielefeld.de',
74 :     -base=>'true',
75 :     -meta=>{'keywords'=>'SEED Subsystem Extension Gecko',
76 :     'copyright'=>'copyright 2005'}
77 :     ) : '';
78 :    
79 :    
80 :     $html .= $q->h3("Gecko: NetInterface");
81 :     $html .= $q->h4($self->{subsystem}->get_name() ." ".$self->{organism});
82 :    
83 :    
84 :     $html .= $q->h5("Probaly variant ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant()." score ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant_score()." similar to ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant_template());
85 :     $html .= $q->start_form($self->{controller});
86 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>$self->{subsystem}->get_name(), -name=>'subsystem'});
87 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>$self->{organism}, -name=>'genome'});
88 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>"add_genome", -name=>'request'});
89 :    
90 :     $html .= $self->subsystem_candidate()->to_html();
91 :    
92 :    
93 :     $html .= $q->submit(-name=>'assign',
94 :     -value=>'Just Make Assignments');
95 :     $html .= $q->submit(-name=>'extend',
96 :     -value=>'Add Genome');
97 :     $html .= $q->end_form();
98 :    
99 :     $html .= $self->{'header'} ? $q->end_html() : '';
100 :    
101 :     return $html;
102 :     }
103 :    
104 :    
105 :     sub doAssignment {
106 :     my ($self, $q) = @_;
107 :    
108 :    
109 :     }
110 :    

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