[Bio] / SubsystemExtension / ExtensionInterface.pm Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /SubsystemExtension/ExtensionInterface.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.1.1.1 - (view) (download) (as text)

1 : heiko 1.1 package SubsystemExtension::ExtensionInterface;
2 :    
3 :    
4 :     use strict;
5 :     use warnings;
6 :     use FIG;
7 :     use Subsystem;
8 :     use SubsystemExtension::RoleCandidate;
9 :     use SubsystemExtension::SubsystemCandidate;
10 :     use Data::Dumper;
11 :     use CGI;
12 :     use constant DEBUG => 1;
13 :    
14 :    
15 :     =pod
16 :    
17 :     =head1 SubsystemExtension::ExtensionInterface
18 :    
19 :     This Class contains a set of methods needed for the interactive subsystem extension
20 :    
21 :     =back
22 :    
23 :     =cut
24 :    
25 :     =pod
26 :    
27 :     this Class encaplsulated functionality to display organisms included and missing in subsystems
28 :    
29 :    
30 :     =back
31 :    
32 :     =cut
33 :    
34 :     =pod
35 :    
36 :     =head1 new
37 :     Constructor:
38 :    
39 :     Params
40 :     subsystem: submit reference to subsystem object or subsystem name
41 :     organism: organism name (taxon id)
42 :     fig: fig object (optional)
43 :    
44 :     =cut
45 :    
46 :     1;
47 :    
48 :     sub new {
49 :    
50 :     my ($class, $fig, $parameters) = @_;
51 :    
52 :     my $self = {};
53 :    
54 :     $self->{fig} = ref $fig ? $fig : FIG->new();
55 :     $self->{header} = $parameters=>{header};
56 :     $self->{controller} = $parameters->{controller};
57 :    
58 :     bless $self, $class;
59 :    
60 :     print STDERR "created extension interface: \n" if (DEBUG);
61 :    
62 :     return $self;
63 :    
64 :     }
65 :    
66 :    
67 :     sub subsystem_selection {}
68 :    
69 :     sub complete_organism_selection {}
70 :    
71 :     sub extend_organism_selection {}
72 :    
73 :     sub html_output {
74 :     my ($self) = @_;
75 :     my $q = CGI->new();
76 :    
77 :     my $html = $self->{'header'} ? $q->header().
78 :     $q->start_html(-title=>'SubsystemExtension: ValidationInterface',
79 :     -author=>'hneuwege@cebitec.uni-bielefeld.de',
80 :     -base=>'true',
81 :     -meta=>{'keywords'=>'SEED Subsystem Extension',
82 :     'copyright'=>'copyright 2005'}
83 :     ) : '';
84 :    
85 :    
86 :     $html .= $q->h3("SubsystemExtension: Validation Interface");
87 :     $html .= $q->h4($self->{subsystem}->get_name() ." ".$self->{organism});
88 :    
89 :    
90 :     $html .= $q->h5("Probaly variant ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant()." score ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant_score()." similar to ".$self->subsystem_candidate()->functional_variant_template());
91 :     $html .= $q->start_form($self->{controller});
92 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>$self->{subsystem}->get_name(), -name=>'subsystem'});
93 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>$self->{organism}, -name=>'genome'});
94 :     $q->input({-type=>'hidden', -value=>"add_genome", -name=>'request'});
95 :    
96 :     $html .= $self->subsystem_candidate()->to_html();
97 :    
98 :    
99 :     $html .= $q->submit(-name=>'assign',
100 :     -value=>'Just Make Assignments');
101 :     $html .= $q->submit(-name=>'extend',
102 :     -value=>'Add Genome');
103 :     $html .= $q->end_form();
104 :    
105 :     $html .= $self->{'header'} ? $q->end_html() : '';
106 :    
107 :     return $html;
108 :     }
109 :    
110 :     sub subsystem {
111 :     my ($self, $value) = @_;
112 :    
113 :     return $self->{subsystem} if (scalar(@_) == 1);
114 :     $self->{subsystem} = $value;
115 :    
116 :     }
117 :    
118 :     sub subsystem_candidate {
119 :     my ($self, $value) = @_;
120 :    
121 :     return $self->{subsystem_candidate} if (scalar(@_) == 1);
122 :     $self->{subsystem_candidate} = $value;
123 :     }
124 :    
125 :    
126 :     sub doAssignment {
127 :     my ($self, $q) = @_;
128 :    
129 :    
130 :     }
131 :    

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3