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Annotation of /SubsystemEditor/WebPage/ShowVariants.pm

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Revision 1.11 - (view) (download) (as text)

1 : bartels 1.1 package SubsystemEditor::WebPage::ShowVariants;
2 :    
3 :     use strict;
4 :     use warnings;
5 :     use URI::Escape;
6 :     use HTML;
7 :     use Data::Dumper;
8 :    
9 :     use FIG;
10 :    
11 :     use base qw( WebPage );
12 :    
13 :     1;
14 :    
15 :     ##################################################
16 :     # Method for registering components etc. for the #
17 :     # application #
18 :     ##################################################
19 :     sub init {
20 :     my ( $self ) = @_;
21 :    
22 : bartels 1.8 $self->application->register_component( 'Table', 'ShowVariantsTable' );
23 :     $self->application->register_component( 'Table', 'FRTable' );
24 :     $self->application->register_component( 'Table', 'VarDescTable' );
25 :     $self->application->register_component( 'Info', 'CommentInfo');
26 : bartels 1.1 }
27 :    
28 :     sub require_javascript {
29 :    
30 :     return [ './Html/showfunctionalroles.js' ];
31 :    
32 :     }
33 :    
34 :     ##############################################
35 :     # Website content is returned by this method #
36 :     ##############################################
37 :     sub output {
38 :     my ( $self ) = @_;
39 :    
40 : bartels 1.5 my $can_alter = 0;
41 :     my $user = $self->application->session->user;
42 : bartels 1.1
43 :     my $fig = new FIG;
44 :     my $cgi = $self->application->cgi;
45 :    
46 :     my $name = $cgi->param( 'subsystem' );
47 :     my $ssname = $name;
48 : bartels 1.8 $name = uri_unescape( $name );
49 : bartels 1.1 $ssname =~ s/\_/ /g;
50 :    
51 : bartels 1.7 my $esc_name = uri_escape($name);
52 :    
53 : paczian 1.11 my $dbmaster = $self->application->dbmaster;
54 :     my $ppoapplication = $self->application->backend;
55 : bartels 1.5
56 :     # get a seeduser #
57 :     my $seeduser = '';
58 :     if ( defined( $user ) && ref( $user ) ) {
59 :     my $preferences = $dbmaster->Preferences->get_objects( { user => $user,
60 :     name => 'SeedUser',
61 :     application => $ppoapplication } );
62 :     if ( defined( $preferences->[0] ) ) {
63 :     $seeduser = $preferences->[0]->value();
64 :     }
65 :     }
66 :    
67 :     if ( $user && $user->has_right( $self->application, 'edit', 'subsystem', $name ) ) {
68 :     $can_alter = 1;
69 :     $fig->set_user( $seeduser );
70 :     }
71 :    
72 : bartels 1.1 ######################
73 :     # Construct the menu #
74 :     ######################
75 :    
76 :     my $menu = $self->application->menu();
77 :    
78 :     # Build nice tab menu here
79 : bartels 1.7 $menu->add_category( 'Subsystem Info', "SubsysEditor.cgi?page=ShowSubsystem&subsystem=$esc_name" );
80 :     $menu->add_category( 'Functional Roles', "SubsysEditor.cgi?page=ShowFunctionalRoles&subsystem=$esc_name" );
81 :     $menu->add_category( 'Diagram', "SubsysEditor.cgi?page=ShowDiagram&subsystem=$esc_name" );
82 :     $menu->add_category( 'Illustrations', "SubsysEditor.cgi?page=ShowIllustrations&subsystem=$esc_name" );
83 :     $menu->add_category( 'Spreadsheet', "SubsysEditor.cgi?page=ShowSpreadsheet&subsystem=$esc_name" );
84 :     $menu->add_category( 'Show Check', "SubsysEditor.cgi?page=ShowCheck&subsystem=$esc_name" );
85 :     $menu->add_category( 'Show Connections', "SubsysEditor.cgi?page=ShowTree&subsystem=$esc_name" );
86 : bartels 1.1
87 :    
88 :     ##############################
89 :     # Construct the page content #
90 :     ##############################
91 :     my $comment;
92 :     my $error;
93 :    
94 :     my $content = "<H1>Variants for Subsystem: $ssname</H1>";
95 :    
96 :     if ( !defined( $name ) ) {
97 :     $content .= "<B>No subsystem given</B>";
98 :     return $content;
99 :     }
100 :    
101 : bartels 1.9 $content .= $self->start_form();
102 :    
103 :     #### 100x100 ####
104 :     if ( defined( $cgi->param( 'on100x100' ) ) ) {
105 :     $cgi->param( 'hundred_hundred', 1 );
106 :     }
107 :     if ( defined( $cgi->param( 'off100x100' ) ) ) {
108 :     $cgi->param( 'hundred_hundred', 0 );
109 :     }
110 :    
111 :    
112 :     if ( !defined( $cgi->param( 'hundred_hundred' ) ) || $cgi->param( 'hundred_hundred' ) != 1 ) {
113 :     $content .= $cgi->submit( -name => "on100x100", -value => "Show only 100x100" );
114 :     }
115 :     else {
116 :     $content .= $cgi->submit( -name => "off100x100", -value => "Show all genomes" );
117 :     }
118 :    
119 : bartels 1.5 my $subsystem = $fig->get_subsystem( $name );
120 : bartels 1.6
121 : bartels 1.9 my $datahash = get_data( $fig, $cgi, $subsystem );
122 : bartels 1.1
123 :     my $application = $self->application;
124 :    
125 :     if ( $cgi->param( 'set_variants' ) ) {
126 :     $comment .= '<BR>';
127 :     $comment .= set_variants( $cgi, $fig, $name, $subsystem, $application, $datahash );
128 : bartels 1.9 $datahash = get_data( $fig, $cgi, $subsystem );
129 : bartels 1.1 }
130 : bartels 1.5 elsif ( $cgi->param( 'addsave_variants' ) ) {
131 :     my @varcodes = $cgi->param( 'VARIANT' );
132 :     my @vardescs = $cgi->param( 'VARIANTDESC' );
133 :     my %varhash;
134 :    
135 :     for ( my $i = 0; $i < scalar( @varcodes ); $i++ ) {
136 :    
137 :     if ( $varcodes[$i] eq '' ) {
138 :     if ( $vardescs[$i] ne '' ) {
139 :     $comment .= "No Variant Code given for description ".$vardescs[$i].", so this variant could not be saved.<BR>\n";
140 :     }
141 :     next;
142 :     }
143 :     if ( defined( $varhash{ $varcodes[$i] } ) ) {
144 :     $comment .= "Variant ".$varcodes[$i]." already has the description ".$varhash{ $varcodes[$i] }.", so description ".$vardescs[$i]." was ignored.<BR>\n";
145 :     next;
146 :     }
147 : bartels 1.1
148 : bartels 1.5 $varhash{ $varcodes[$i] } = $vardescs[$i];
149 :     }
150 :     my $newvarcode = $cgi->param( 'NEWVARIANT' );
151 :     my $newvardesc = $cgi->param( 'NEWVARIANTDESC' );
152 :     if ( defined( $newvarcode ) && $newvarcode ne '' && defined( $newvardesc ) && $newvardesc ne '' ) {
153 :     if ( $newvarcode eq '' ) {
154 :     if ( $newvarcode ne '' ) {
155 :     $comment .= "No Variant Code given for description $newvardesc, so this variant could not be saved.<BR>\n";
156 :     }
157 :     }
158 :     elsif ( defined( $varhash{ $newvarcode } ) ) {
159 :     $comment .= "Variant $newvarcode already has the description $newvardesc, so description $newvardesc was ignored.<BR>\n";
160 :     }
161 :     else {
162 :     $varhash{ $newvarcode } = $newvardesc;
163 :     }
164 :     }
165 :    
166 :     $subsystem->set_variants( \%varhash );
167 :     $subsystem->incr_version();
168 :     $subsystem->db_sync();
169 :     $subsystem->write_subsystem();
170 :     }
171 :    
172 : bartels 1.8 if ( defined( $comment ) && $comment ne '' ) {
173 :     my $info_component = $application->component( 'CommentInfo' );
174 :    
175 :     $info_component->content( $comment );
176 :     $info_component->default( 0 );
177 :     $content .= $info_component->output();
178 :     }
179 :    
180 : bartels 1.9
181 : bartels 1.5 $content .= show_variants( $self, $cgi, $fig, $name, $subsystem, $can_alter, $datahash );
182 : bartels 1.1
183 :     ###############################
184 :     # Display errors and comments #
185 :     ###############################
186 :    
187 :     if ( defined( $error ) && $error ne '' ) {
188 :     $self->application->add_message( 'warning', $error );
189 :     }
190 :     return $content;
191 :     }
192 :    
193 : bartels 1.2 ###############
194 :     # data method #
195 :     ###############
196 : bartels 1.1 sub get_data {
197 : bartels 1.9 my ( $fig, $cgi, $subsystem ) = @_;
198 : bartels 1.1
199 :     my $datahash = {};
200 :    
201 :     my @genomes = $subsystem->get_genomes;
202 : bartels 1.9
203 :     my %thesegenomes;
204 :    
205 :     if ( defined( $cgi->param( 'hundred_hundred' ) ) && $cgi->param( 'hundred_hundred' ) == 1 ) {
206 :     my %orgs = map { $_->[0] => 1 } grep { $_->[0] =~ /^\d+\.\d+$/ } $fig->get_attributes( undef, 'collection', 'hundred_hundred' );
207 :    
208 :     foreach my $g ( @genomes ) {
209 :     if ( defined( $orgs{ $g } ) ) {
210 :     $thesegenomes{ $g } = 1;
211 :     }
212 :     }
213 :     @genomes = keys %thesegenomes;
214 :     }
215 :    
216 : bartels 1.1 my %variant_codes = map { $_ => $subsystem->get_variant_code( $subsystem->get_genome_index( $_ ) ) } @genomes;
217 :     my @roles = $subsystem->get_roles;
218 :    
219 :     $datahash->{ 'genomes' } = \@genomes;
220 :     $datahash->{ 'varcodes' } = \%variant_codes;
221 :     $datahash->{ 'roles' } = \@roles;
222 :    
223 : bartels 1.6 return $datahash;
224 : bartels 1.1 }
225 :    
226 : bartels 1.2 #########################################################
227 :     # show table with variants and button for changing them #
228 :     #########################################################
229 : bartels 1.1 sub show_variants {
230 : bartels 1.5 my ( $self, $cgi, $fig, $name, $sub, $can_alter, $datahash ) = @_;
231 : bartels 1.1
232 :     my $application = $self->application();
233 :    
234 :     my $cont = '';
235 :    
236 :     # get some datapoints #
237 :     my @genomes = @{ $datahash->{ 'genomes' } };
238 :     my %variant_codes = %{ $datahash->{ 'varcodes' } };
239 :     my @roles = @{ $datahash->{ 'roles' } };
240 :    
241 :     my ( $abbrev, $frtable ) = format_roles( $application, $fig, $cgi, $sub );
242 :    
243 :     my( @has, $role, %has_filled );
244 :     foreach my $genome ( @genomes ) {
245 :     @has = ();
246 :     foreach $role (@roles)
247 :     {
248 :     push(@has,($sub->get_pegs_from_cell($genome,$role) > 0) ? $abbrev->{$role} : ());
249 :     }
250 :     $has_filled{join(",",@has)}->{$variant_codes{$genome}}++;
251 :     }
252 :    
253 : bartels 1.6 my ( $col_hdrs, $pattern_uq );
254 :     if ( $can_alter ) {
255 :     $col_hdrs = [ { name => "Pattern" }, { name => "# Genomes with Pattern" },
256 :     { name => "Existing Variant Code" }, { name => "Set To" } ];
257 :     }
258 :     else {
259 :     $col_hdrs = [ { name => "Pattern" }, { name => "# Genomes with Pattern" },
260 :     { name => "Existing Variant Code" } ];
261 :     }
262 :    
263 :     my $tab = [];
264 :     foreach $pattern_uq ( sort keys( %has_filled ) ) {
265 :    
266 :     my $pattern = quotemeta( $pattern_uq );
267 : bartels 1.1
268 : bartels 1.6 my @codes = keys( %{ $has_filled{ $pattern_uq } } );
269 : bartels 1.1 my $code;
270 :     my $nrow = @codes;
271 :     if ( @codes > 0 ) {
272 :     $code = shift @codes;
273 : bartels 1.6 if ( $can_alter ) {
274 :     push( @$tab, [ $pattern_uq,
275 :     $has_filled{ $pattern_uq }->{ $code },
276 :     $code,
277 :     $cgi->textfield(-name => "p##:##$pattern##:##$code", -size => 5, -value => $code, -override => 1)
278 :     ]);
279 :     }
280 :     else {
281 :     push( @$tab, [ $pattern_uq,
282 :     $has_filled{ $pattern_uq }->{ $code },
283 :     $code
284 :     ]);
285 :     }
286 : bartels 1.1 }
287 : bartels 1.8
288 : bartels 1.1 foreach $code ( @codes ) {
289 : bartels 1.6 if ( $can_alter ) {
290 :     push( @$tab, [ $pattern_uq,
291 :     $has_filled{ $pattern_uq }->{ $code },
292 :     $code,
293 :     $cgi->textfield(-name => "p##:##$pattern##:##$code", -size => 5, -value => $code, -override => 1)
294 :     ]);
295 :     }
296 :     else {
297 :     push( @$tab, [ $pattern_uq,
298 :     $has_filled{ $pattern_uq }->{ $code },
299 :     $code
300 :     ]);
301 :     }
302 : bartels 1.1 }
303 :     }
304 : bartels 1.6
305 : bartels 1.1 $cont .= $frtable;
306 :    
307 : bartels 1.8 my $thistable = create_table( $self, $fig, \%has_filled, $col_hdrs, $tab );
308 :    
309 : bartels 1.5 ############################################
310 :     # Variant Descriptions from the Notes file #
311 :     ############################################
312 :     $cont .= "<H2>Variant descriptions</H2>\n";
313 :     my $variants = $sub->get_variants();
314 :    
315 :     my $infotable = '';
316 :     if ( $can_alter ) {
317 : bartels 1.8 $infotable .= "<TABLE class='table_table'><TR><TD class='table_first_row'>Variant</TD><TD class='table_first_row'>Description</TD></TR>";
318 : bartels 1.5 foreach my $kv ( sort keys %$variants ) {
319 : bartels 1.8 $infotable .= "<TR><TD class='table_odd_row'><INPUT TYPE=TEXT NAME='VARIANT' ID='VARIANT".$kv."' VALUE='$kv'></TD><TD class='table_odd_row'><INPUT TYPE=TEXT NAME='VARIANTDESC' ID='VARIANTDESC".$kv."' VALUE='".$variants->{ $kv }."' STYLE='width: 500px;'></TD></TR>";
320 : bartels 1.5 }
321 : bartels 1.8 $infotable .= "<TR><TD class='table_odd_row'><INPUT TYPE=TEXT NAME='NEWVARIANT' ID='NEWVARIANT'></TD><TD class='table_odd_row'><INPUT TYPE=TEXT NAME='NEWVARIANTDESC' ID='NEWVARIANTDESC' STYLE='width: 500px;'></TD></TR>";
322 : bartels 1.5 $infotable .= "<TR><TD>";
323 :     $infotable .= $cgi->submit( -name => "addsave_variants", -value => "Add/Save Variants" );
324 :     $infotable .= "</TD></TR></TABLE>";
325 :    
326 :     $cont .= $infotable;
327 :     }
328 :     else {
329 :     my $infotable = $application->component( 'VarDescTable' );
330 :     $infotable->columns( [ { name => "Variant" }, { name => "Description" } ] );
331 :    
332 :     my $vardata;
333 :     foreach my $kv ( sort keys %$variants ) {
334 :     push @$vardata, [ $kv, $variants->{ $kv } ];
335 :     }
336 :     $infotable->data( $vardata );
337 :     $cont .= $infotable->output();
338 :     }
339 :    
340 : bartels 1.7 my $esc_name = uri_escape($name);
341 : bartels 1.5
342 : bartels 1.1 $cont .= "<H2>Variant groups</H2>\n";
343 : bartels 1.8 # $cont .= $application->component( 'ShowVariantsTable' )->output();
344 :     $cont .= $thistable;
345 :    
346 : bartels 1.1 $cont .= $cgi->hidden(-name => 'request', -value => 'set_variants', -override => 1);
347 : bartels 1.9 $cont .= $cgi->hidden(-name => 'subsystem', -value => $name, -override => 1 );
348 :    
349 :     if ( defined( $cgi->param( 'hundred_hundred' ) ) ) {
350 :     $cont .= $cgi->hidden(-name => 'hundred_hundred', -value => $cgi->param( 'hundred_hundred' ), -override => 1 );
351 :     }
352 :    
353 : bartels 1.6 if ( $can_alter ) {
354 :     $cont .= $cgi->br;
355 :     }
356 : bartels 1.1 $cont .= $cgi->submit( -name => "set_variants", -value => "Set Variants" );
357 :     $cont .= $self->end_form();
358 :    
359 :     return $cont;
360 :     }
361 :    
362 :    
363 : bartels 1.2 ###############################
364 :     # get a functional role table #
365 :     ###############################
366 : bartels 1.1 sub format_roles {
367 :     my( $application, $fig, $cgi, $subsystem ) = @_;
368 :     my( $i );
369 :    
370 :     my $col_hdrs = [ "Column", "Abbrev", "Functional Role" ];
371 :    
372 : bartels 1.10 my ( $tab, $abbrevP ) = format_existing_roles( $fig, $subsystem );
373 : bartels 1.1
374 :     # create table from parsed data
375 :     my $table = $application->component( 'FRTable' );
376 :     $table->columns( $col_hdrs );
377 :     $table->data( $tab );
378 :    
379 :     my $formatted = '<H2>Functional Roles</H2>';
380 :     $formatted .= $application->component( 'FRTable' )->output();
381 :    
382 :     $formatted .= "<BR><BR>";
383 :     return ( $abbrevP, $formatted );
384 :     }
385 :    
386 : bartels 1.2 #########################################
387 :     # get rows of the functional role table #
388 :     #########################################
389 : bartels 1.1 sub format_existing_roles {
390 : bartels 1.10 my ( $fig, $subsystem ) = @_;
391 : bartels 1.1 my $tab = [];
392 :     my $abbrevP = {};
393 :    
394 :     foreach my $role ( $subsystem->get_roles ) {
395 :     my $i = $subsystem->get_role_index( $role );
396 :     my $abbrev = $role ? $subsystem->get_role_abbr( $i ) : "";
397 :     $abbrevP->{ $role } = $abbrev;
398 : bartels 1.10 push( @$tab, [ $i + 1, $abbrev, $role ] );
399 : bartels 1.1 }
400 :    
401 :     return ( $tab, $abbrevP );
402 :     }
403 :    
404 : bartels 1.2
405 :     ##############################################
406 :     # change the variants in the subsystems file #
407 :     ##############################################
408 : bartels 1.1 sub set_variants {
409 :     my ( $cgi, $fig, $subsys, $sub, $application, $datahash ) = @_;
410 :    
411 :     my @genomes = @{ $datahash->{ 'genomes' } };
412 :     my %variant_codes = %{ $datahash->{ 'varcodes' } };
413 :     my @roles = @{ $datahash->{ 'roles' } };
414 :    
415 :     my ( $abbrev, $frtable ) = format_roles( $application, $fig, $cgi, $sub );
416 :    
417 :     my ( %genomes_with );
418 :     foreach my $genome ( @genomes ) {
419 :     my $vc = $variant_codes{ $genome };
420 :    
421 :     my @has = ();
422 :     foreach my $role ( @roles ) {
423 :     push( @has, ( $sub->get_pegs_from_cell( $genome, $role ) > 0 ) ? $abbrev->{ $role } : () );
424 :     }
425 : bartels 1.6 my $pattern = quotemeta( join( ",", @has ) );
426 : bartels 1.1 push( @{ $genomes_with{ "$pattern, $vc" } }, $genome );
427 :     }
428 :    
429 :     my $comment = '';
430 : bartels 1.6 my @params = grep { $_ =~ /^p##:##/ } $cgi->param;
431 :    
432 : bartels 1.1 foreach my $param (@params) {
433 : bartels 1.6
434 :     if ( $param =~ /^p##:##(.*)##:##(.*)$/ ) {
435 : bartels 1.1 my ( $pattern, $vc ) = ( $1, $2 );
436 : bartels 1.6
437 : bartels 1.1 $pattern =~ s/ //g;
438 :     $vc =~ s/ //g;
439 :     my $to = $cgi->param( $param );
440 :    
441 :     if ( my $x = $genomes_with{ "$pattern, $vc" } ) {
442 : bartels 1.6 foreach my $genome ( @$x ) {
443 : bartels 1.1
444 :     if ( $to ne $variant_codes{ $genome } ) {
445 : bartels 1.6
446 : bartels 1.1 my $old = $variant_codes{$genome};
447 :     my $gs = $fig->genus_species($genome);
448 :     $comment .= "resetting $genome $gs from $old to $to<BR>\n";
449 :     $sub->set_variant_code( $sub->get_genome_index( $genome ), $to );
450 :     }
451 :     }
452 :     }
453 :     }
454 :     }
455 : bartels 1.5
456 :     $sub->incr_version();
457 :     $sub->db_sync();
458 : bartels 1.1 $sub->write_subsystem();
459 :    
460 :     return $comment;
461 :     }
462 :    
463 : bartels 1.8 sub create_table {
464 :     my ($self, $fig, $has_filled, $col_hdrs, $tab ) = @_;
465 :    
466 :     my $in;
467 :     my $tabl = "<TABLE class='table_table'><TR>";
468 :    
469 :     foreach my $ch ( @$col_hdrs ) {
470 :     $tabl .= "<TD class='table_first_row'>";
471 :     $tabl .= $ch->{ name };
472 :     $tabl .= "</TD>";
473 :     }
474 :    
475 :     foreach my $r ( @$tab ) {
476 :     $tabl .= "<TR>";
477 :    
478 :     my $num = scalar( keys %{ $has_filled->{ $r->[0] } } );
479 :     my $pat = $r->[0];
480 :     if ( $num > 1 ) {
481 :     if ( !$in->{ $pat } ) {
482 :     $tabl .= "<TD rowspan=$num class='table_odd_row' STYLE='vertical-align: middle;'>".$r->[0]."</TD>";
483 :     $in->{ $pat } = 1;
484 :     }
485 :     }
486 :     else {
487 :     $tabl .= "<TD class='table_odd_row'>".$r->[0]."</TD>";
488 :     }
489 :     my $next = 0;
490 :     foreach my $cell ( @$r ) {
491 :     if ( $next == 0 ) {
492 :     $next = 1;
493 :     next;
494 :     }
495 :     else {
496 :     $tabl .= "<TD class='table_odd_row'>".$cell."</TD>";
497 :     }
498 :     }
499 :     $tabl .= "</TR>";
500 :     }
501 :    
502 :     $tabl .= "</TABLE>";
503 :    
504 :     return $tabl;
505 :     }

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