[Bio] / Sprout / SproutLoad.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/SproutLoad.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.64, Sat Aug 12 08:43:37 2006 UTC revision 1.65, Sun Aug 27 00:05:45 2006 UTC
# Line 120  Line 120 
120                      # an omitted access code can be defaulted to 1.                      # an omitted access code can be defaulted to 1.
121                      for my $genomeLine (@genomeList) {                      for my $genomeLine (@genomeList) {
122                          my ($genomeID, $accessCode) = split("\t", $genomeLine);                          my ($genomeID, $accessCode) = split("\t", $genomeLine);
123                          if (undef $accessCode) {                          if (! defined($accessCode)) {
124                              $accessCode = 1;                              $accessCode = 1;
125                          }                          }
126                          $genomes{$genomeID} = $accessCode;                          $genomes{$genomeID} = $accessCode;
# Line 609  Line 609 
609              Trace("Processing features for genome $genomeID.") if T(3);              Trace("Processing features for genome $genomeID.") if T(3);
610              # Get the feature list for this genome.              # Get the feature list for this genome.
611              my $features = $fig->all_features_detailed($genomeID);              my $features = $fig->all_features_detailed($genomeID);
612                # Count the BBHs we find.
613                my $bbhCount = 0;
614              # Loop through the features.              # Loop through the features.
615              for my $featureData (@{$features}) {              for my $featureData (@{$features}) {
616                  # Split the tuple.                  # Split the tuple.
# Line 624  Line 626 
626                      if ($genomeHash->{$targetGenomeID}) {                      if ($genomeHash->{$targetGenomeID}) {
627                          $loadIsBidirectionalBestHitOf->Put($featureID, $targetID, $targetGenomeID,                          $loadIsBidirectionalBestHitOf->Put($featureID, $targetID, $targetGenomeID,
628                                                             $score);                                                             $score);
629                            $bbhCount++;
630                      }                      }
631                  }                  }
632              }              }
633                Trace("$bbhCount BBHs found for $genomeID.") if T(3);
634          }          }
635      }      }
636      # Finish the loads.      # Finish the loads.

Legend:
Removed from v.1.64  
changed lines
  Added in v.1.65

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3