[Bio] / Sprout / SproutLoad.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/SproutLoad.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Thu Sep 15 23:07:59 2005 UTC revision 1.12, Fri Sep 16 02:09:47 2005 UTC
# Line 676  Line 676 
676          for my $genomeID (@genomes) {          for my $genomeID (@genomes) {
677              # Only process this genome if it's one of ours.              # Only process this genome if it's one of ours.
678              if (exists $genomeHash->{$genomeID}) {              if (exists $genomeHash->{$genomeID}) {
679                    Trace("Processing genome $genomeID for subsystem $subsysID.");
680                  # Connect the genome to the subsystem.                  # Connect the genome to the subsystem.
681                  $loadParticipatesIn->Put($genomeID, $subsysID);                  $loadParticipatesIn->Put($genomeID, $subsysID);
682                    # Count the PEGs and cells found for verification purposes.
683                    my $pegCount = 0;
684                    my $cellCount = 0;
685                  # Loop through the subsystem's roles. We use an index because it is                  # Loop through the subsystem's roles. We use an index because it is
686                  # part of the spreadsheet cell ID.                  # part of the spreadsheet cell ID.
687                  for (my $i = 0; $i <= $#roles; $i++) {                  for (my $i = 0; $i <= $#roles; $i++) {
# Line 687  Line 691 
691                      # Only proceed if features exist.                      # Only proceed if features exist.
692                      if (@pegs > 0) {                      if (@pegs > 0) {
693                          # Create the spreadsheet cell.                          # Create the spreadsheet cell.
694                            $cellCount++;
695                          my $cellID = "$subsysID:$genomeID:$i";                          my $cellID = "$subsysID:$genomeID:$i";
696                          $loadSSCell->Put($cellID);                          $loadSSCell->Put($cellID);
697                          $loadIsGenomeOf->Put($genomeID, $cellID);                          $loadIsGenomeOf->Put($genomeID, $cellID);
# Line 695  Line 700 
700                          # Attach the features to it.                          # Attach the features to it.
701                          for my $pegID (@pegs) {                          for my $pegID (@pegs) {
702                              $loadContainsFeature->Put($cellID, $pegID);                              $loadContainsFeature->Put($cellID, $pegID);
703                                $pegCount++;
704                          }                          }
705                      }                      }
706                  }                  }
707                    Trace("$pegCount PEGs found in $cellCount cells.") if T(3);
708              }              }
709          }          }
710      }      }

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.12

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3