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revision 1.7, Thu Feb 5 07:25:34 2009 UTC revision 1.8, Mon Mar 2 22:34:44 2009 UTC
# Line 122  Line 122 
122                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastp $options',                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastp $options',
123                                      output => \&blastXML,                                      output => \&blastXML,
124                                      inputType => 'prot',                                      inputType => 'prot',
125                                      extras => [[evalue => 0, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],                                      extras => [[hitLoc => 0, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
126                                                   [evalue => undef, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],
127                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
                                                [hitLoc => undef, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],  
128                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],
129                                      buttonName => 'BLAST',                                      buttonName => 'BLAST',
130                                      targetRelationship => 'HasFeature',                                      targetRelationship => 'HasFeature',
# Line 134  Line 134 
134                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastx $options',                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastx $options',
135                                      output => \&blastXML,                                      output => \&blastXML,
136                                      inputType => 'prot',                                      inputType => 'prot',
137                                      extras => [[evalue => 0, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],                                      extras => [[hitLoc => 0, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
138                                                   [evalue => undef, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],
139                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
                                                [hitLoc => undef, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],  
140                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],
141                                      buttonName => 'BLAST',                                      buttonName => 'BLAST',
142                                      targetRelationship => 'HasFeature',                                      targetRelationship => 'HasFeature',
# Line 146  Line 146 
146                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastn $options',                                      exec => 'blastall -i $seqFile -d $db -m 7 -FF -p blastn $options',
147                                      output => \&blastXML,                                      output => \&blastXML,
148                                      inputType => 'dna',                                      inputType => 'dna',
149                                      extras => [[evalue => 0, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],                                      extras => [[hitLoc => 0, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
150                                                   [evalue => undef, title => "eValue", style => "leftAlign", download => 'num'],
151                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],                                                 [queryLoc => undef, title => "Query Location", style => "leftAlign", download => 'text'],
                                                [hitLoc => undef, title => "Hit Location", style => "leftAlign", download => 'text'],  
152                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],                                                 [alignment => undef, title => "Alignment", style => "code", download => 'align']],
153                                      buttonName => 'BLAST',                                      buttonName => 'BLAST',
154                                      targetRelationship => 'HasContig',                                      targetRelationship => 'HasContig',

Legend:
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changed lines
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