[Bio] / Sprout / SHSigGenes.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/SHSigGenes.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.20, Mon Jan 19 21:56:19 2009 UTC revision 1.22, Mon Mar 16 00:24:23 2009 UTC
# Line 116  Line 116 
116                                                   -checked => $statistical,                                                   -checked => $statistical,
117                                                   -value => 1,                                                   -value => 1,
118                                                   -label => 'Use Statistical Algorithm') .                                                   -label => 'Use Statistical Algorithm') .
119                                    SearchHelper::Hint("SigGenes",                                    SearchHelper::Hint("SigGenes", 24),
                                                      "When two sets of genomes are specified, check this " .  
                                                      "box to use a statistical algorithm designed " .  
                                                      "specifically to choose differentiating genes. " .  
                                                      "This box has no effect when looking for genes " .  
                                                      "in common."),  
120                                    CGI::checkbox(-name => 'useSims',                                    CGI::checkbox(-name => 'useSims',
121                                                   -checked => $useSims,                                                   -checked => $useSims,
122                                                   -value => 1,                                                   -value => 1,
123                                                   -label => 'Use Similarities') .                                                   -label => 'Use Similarities') .
124                                    SearchHelper::Hint("SigGenes",                                    SearchHelper::Hint("SigGenes", 25)))),
                                                      "Normally, Bidirectional Best Hits are used to " .  
                                                      "find matching genes. Check this box to use " .  
                                                      "similarities instead.")))),  
125                  CGI::Tr(CGI::td(), CGI::td(join(" ",                  CGI::Tr(CGI::td(), CGI::td(join(" ",
126                                    CGI::checkbox(-name => 'showMatch',                                    CGI::checkbox(-name => 'showMatch',
127                                                   -checked => $showMatch,                                                   -checked => $showMatch,
128                                                   -value => 1,                                                   -value => 1,
129                                                   -label => 'Show Matching Genes') .                                                   -label => 'Show Matching Genes') .
130                                    SearchHelper::Hint("SigGenes",                                    SearchHelper::Hint("SigGenes", 26)))),
                                                      "Check this button to display the genes matching " .  
                                                      "each gene displayed in the results.")))),  
131                  CGI::Tr(CGI::td("Cutoff"),                  CGI::Tr(CGI::td("Cutoff"),
132                           CGI::td(CGI::textfield(-name => 'cutoff',                           CGI::td(CGI::textfield(-name => 'cutoff',
133                                                    -value => $cutoff,                                                    -value => $cutoff,
# Line 203  Line 193 
193          }          }
194          # Only proceed if the filtering parameters are valid.          # Only proceed if the filtering parameters are valid.
195          if ($rhelp->Valid()) {          if ($rhelp->Valid()) {
             # Start the output session.  
             $self->OpenSession($rhelp);  
196              # Now we need to gather and validate the genome sets.              # Now we need to gather and validate the genome sets.
197              $self->PrintLine("Gathering the target genomes.  ");              $self->PrintLine("Gathering the target genomes.  ");
198              my ($givenGenomeID) = $self->GetGenomes('given');              my ($givenGenomeID) = $self->GetGenomes('given');
199                Trace("Given genome is $givenGenomeID.") if T(3);
200              my %targetGenomes = map { $_ => 1 } $self->GetGenomes('target');              my %targetGenomes = map { $_ => 1 } $self->GetGenomes('target');
201                Trace("Target genomes are " . join(", ", sort keys %targetGenomes) . ".") if T(3);
202              $self->PrintLine("Gathering the exclusion genomes.  ");              $self->PrintLine("Gathering the exclusion genomes.  ");
203              my %exclusionGenomes = map { $_ => 1 } $self->GetGenomes('exclusion');              my %exclusionGenomes = map { $_ => 1 } $self->GetGenomes('exclusion');
204                Trace("Exclusion genomes are " . join(", ", sort keys %exclusionGenomes) . ".") if T(3);
205              $self->PrintLine("Validating the genome sets.<br />");              $self->PrintLine("Validating the genome sets.<br />");
206              # Insure the given genome is not in the exclusion set.              # Insure the given genome is not in the exclusion set.
207              if ($exclusionGenomes{$givenGenomeID}) {              if ($exclusionGenomes{$givenGenomeID}) {
208                  $self->SetMessage("The given genome ($givenGenomeID) cannot be in the exclusion set.");                  $self->SetMessage("The given genome ($givenGenomeID) cannot be in the exclusion set.");
209              } else {              } else {
210                    # Start the output session.
211                    $self->OpenSession($rhelp);
212                  # Insure the given genome is in the target set.                  # Insure the given genome is in the target set.
213                  $targetGenomes{$givenGenomeID} = 1;                  $targetGenomes{$givenGenomeID} = 1;
214              }                  Trace("$givenGenomeID added to target set.") if T(3);
215              # Find out if we want to use a statistical analysis.              # Find out if we want to use a statistical analysis.
216              my $statistical = $cgi->param('statistical') || 1;              my $statistical = $cgi->param('statistical') || 1;
217              # Denote we have not yet found any genomes.              # Denote we have not yet found any genomes.
# Line 393  Line 386 
386              $putTimer += time() - $saveTime;              $putTimer += time() - $saveTime;
387          }          }
388      }      }
389        }
390      # Trace the timers.      # Trace the timers.
391      Trace("Time spent: Put = $putTimer, Query = $queryTimer, BBH = $bbhTimer.") if T(3);      Trace("Time spent: Put = $putTimer, Query = $queryTimer, BBH = $bbhTimer.") if T(3);
392      # Return the result count.      # Return the result count.

Legend:
Removed from v.1.20  
changed lines
  Added in v.1.22

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3