[Bio] / Sprout / NMPDRSetup.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/NMPDRSetup.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Thu Dec 6 21:23:06 2007 UTC revision 1.9, Wed May 7 23:09:47 2008 UTC
# Line 77  Line 77 
77    
78  Specify the stage at which to start. The current stages are as follows  Specify the stage at which to start. The current stages are as follows
79    
80  =over 4  =over 8
81    
82  =item 1 Set up directories and check out the source.  =item 1
83    
84  =item 2 Bootstrap and build the new FIG.  Set up directories and check out the source.
85    
86  =item 3 Perform configuration fixes.  =item 2
87    
88  =item 4 Fix file permissions.  Bootstrap and build the new FIG.
89    
90  =item 5 Copy the cover pages.  =item 3
91    
92  =item 6 Copy the drug target files.  Perform configuration fixes.
93    
94    =item 4
95    
96    Fix file permissions.
97    
98    =item 5
99    
100    Copy the cover pages.
101    
102    =item 6
103    
104    Copy the drug target files.
105    
106  =back  =back
107    
# Line 100  Line 112 
112    
113  =item server  =item server
114    
115  Name of the server that contains the NMPDR cover pages.  Server path to the cover pages. This indicates the type of NMPDR being created,
116    and is usually the name of a symlink known to the Apache configuration. The
117    default is C<next>, which indicates the development version. For the experimental
118    version, it should be C<dev>.
119    
120  =back  =back
121    
# Line 117  Line 132 
132  use strict;  use strict;
133  use Tracer;  use Tracer;
134  use DocUtils;  use DocUtils;
 use TestUtils;  
135  use Cwd;  use Cwd;
136  use File::Copy;  use File::Copy;
137  use File::Path;  use File::Path;
# Line 143  Line 157 
157                                                         'force an update over a possible existing SEED'],                                                         'force an update over a possible existing SEED'],
158                                            group =>    ['fig',                                            group =>    ['fig',
159                                                         'group to be given write permission for the new files'],                                                         'group to be given write permission for the new files'],
160                                            server =>   ['nmpdr-1.nmpdr.org',                                            server =>   ['next',
161                                                         'name of the server containing the development NMPDR cover pages'],                                                         'server path to the cover pages'],
162                                          },                                          },
163                                              '<versionNumber>',                                              '<versionNumber>',
164                                              @ARGV);                                              @ARGV);
# Line 319  Line 333 
333          Trace("CVS checkout would be to " . getcwd() . ".") if T(2);          Trace("CVS checkout would be to " . getcwd() . ".") if T(2);
334      } else {      } else {
335          Trace("Checking out from CVS.") if T(2);          Trace("Checking out from CVS.") if T(2);
336          my $rc = system("cvs -d $cvsroot co $cvs_packages >$lf 2>&1 ");          my $rc = system("cvs -d $cvsroot co -P $cvs_packages >$lf 2>&1 ");
337          if ($? != 0) {          if ($? != 0) {
338              # Here the checkout failed.              # Here the checkout failed.
339              Confess("Error during CVS checkout for $cvsroot.");              Confess("Error during CVS checkout for $cvsroot.");
# Line 374  Line 388 
388      my %changes = (      my %changes = (
389                     temp_url          => "\$nmpdr_site_url/FIG-Tmp",                     temp_url          => "\$nmpdr_site_url/FIG-Tmp",
390                     cgi_url           => "\$nmpdr_site_url/FIG",                     cgi_url           => "\$nmpdr_site_url/FIG",
391                       temp_base         => "/next/FIG-Tmp",
392                       cgi_base          => "/next/FIG",
393                     template_url      => "\$nmpdr_site_url/templates",                     template_url      => "\$nmpdr_site_url/templates",
                    java              => $FIG_Config::java,  
394                     dbms              => "mysql",                     dbms              => "mysql",
395                     sproutDbms        => "mysql",                     sproutDbms        => "mysql",
396                     db                => $FIG_Config::db,                     db                => $FIG_Config::db,
# Line 390  Line 405 
405                     sproutPass        => "",                     sproutPass        => "",
406                     sproutSock        => "",                     sproutSock        => "",
407                     sproutPort        => 3306,                     sproutPort        => 3306,
408                       sprout_host       => "localhost",
409                     nmpdr_version     => $version_rel,                     nmpdr_version     => $version_rel,
410                       nmpdr_release     => $version,
411                     nmpdr_base        => $FIG_Config::nmpdr_base,                     nmpdr_base        => $FIG_Config::nmpdr_base,
412                     nmpdr_pages       => "$version_dir/html",                     nmpdr_pages       => "$version_dir/html",
413                     preIndex          => 1,                     preIndex          => 1,
# Line 400  Line 417 
417                     blast_limit       => 1000,                     blast_limit       => 1000,
418                     prop_search_limit => 4,                     prop_search_limit => 4,
419                     drug_directory    => "\$var/DrugTargets",                     drug_directory    => "\$var/DrugTargets",
420                     dockLimit         => "00000030",                     dockLimit         => "00000100",
421                     advanced_class    => "FidSearch BlastSearch",                     advanced_class    => "FidSearch BlastSearch",
422                     splitter          => " : ",                     splitter          => " : ",
423                     attrURL           => "http://anno-3.nmpdr.org/attrib_server/AttribXMLRPC.cgi",                     attrURL           => "http://anno-3.nmpdr.org/attrib_server/AttribXMLRPC.cgi",
# Line 414  Line 431 
431                     attrDBD           => "/disks/nmpdr/v$version/FIGdisk/FIG/AttributesDBD.xml",                     attrDBD           => "/disks/nmpdr/v$version/FIGdisk/FIG/AttributesDBD.xml",
432                     phone             => "{ user => 'BruceTheHumanPet', password => 'STARl00k', api_id => '2561022' }",                     phone             => "{ user => 'BruceTheHumanPet', password => 'STARl00k', api_id => '2561022' }",
433                     nmpdr_mode        => 1,                     nmpdr_mode        => 1,
434                       lib               => "\$FIG_Config::fig_disk/dist/releases/$version_rel/$FIG_Config::arch/lib",
435                       wiki_data         => "\$FIG_Config::fig/WikiData",
436                       web_app_db        => "{ -database => 'WebAppBackend', -host => 'bioseed.mcs.anl.gov', -user => 'root' };",
437                       app_name          => "NMPDR",
438                       live_server       => 0,
439                       sprout_host       => "localhost",
440                       ontology_db       => "\$FIG_Config::global/Ontology/ontology.sqlite",
441                       file_images_only  => 1,
442                       error_feed        => "rss2trace.xml",
443                       nmpdr_source      => "\$FIG_Config::fig_disk/dist/releases/current",
444                    );                    );
445      # Pull forward the server values from the current version.      # Pull forward the server values from the current version.
446      for my $serverKey (qw(bbh_server_url sim_server_url pin_server_url pch_server_url use_pch_server)) {      for my $serverKey (qw(bbh_server_url sim_server_url pin_server_url pch_server_url use_pch_server)) {
# Line 424  Line 451 
451      }      }
452    
453      # Create a list of lines to be added to the front.      # Create a list of lines to be added to the front.
454        my $nmpdr_url = "http://" . $ENV{'HTTP-HOST'} . "/$options->{server}";
455        Trace("URL for this NMPDR release is $nmpdr_url") if T(2);
456      my $inserts = [      my $inserts = [
457                     "",                     "",
458                     "\$nmpdr_site_url = \"http://$options->{server}/next\";",                     "\$nmpdr_site_url = \"$nmpdr_url\";",
459                    ];                    ];
460      if ($options->{test}) {      if ($options->{test}) {
461          Trace("Configuration file update would run from " . getcwd() . ".") if T(2);          Trace("Configuration file update would run from " . getcwd() . ".") if T(2);

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3