[Bio] / Sprout / NMPDRSetup.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/NMPDRSetup.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Thu Dec 6 21:23:06 2007 UTC revision 1.4, Tue Feb 5 05:24:51 2008 UTC
# Line 100  Line 100 
100    
101  =item server  =item server
102    
103  Name of the server that contains the NMPDR cover pages.  Server path to the cover pages. This indicates the type of NMPDR being created,
104    and is usually the name of a symlink known to the Apache configuration. The
105    default is C<next>, which indicates the development version. For the experimental
106    version, it should be C<dev>.
107    
108  =back  =back
109    
# Line 117  Line 120 
120  use strict;  use strict;
121  use Tracer;  use Tracer;
122  use DocUtils;  use DocUtils;
 use TestUtils;  
123  use Cwd;  use Cwd;
124  use File::Copy;  use File::Copy;
125  use File::Path;  use File::Path;
# Line 143  Line 145 
145                                                         'force an update over a possible existing SEED'],                                                         'force an update over a possible existing SEED'],
146                                            group =>    ['fig',                                            group =>    ['fig',
147                                                         'group to be given write permission for the new files'],                                                         'group to be given write permission for the new files'],
148                                            server =>   ['nmpdr-1.nmpdr.org',                                            server =>   ['next',
149                                                         'name of the server containing the development NMPDR cover pages'],                                                         'server path to the cover pages'],
150                                          },                                          },
151                                              '<versionNumber>',                                              '<versionNumber>',
152                                              @ARGV);                                              @ARGV);
# Line 319  Line 321 
321          Trace("CVS checkout would be to " . getcwd() . ".") if T(2);          Trace("CVS checkout would be to " . getcwd() . ".") if T(2);
322      } else {      } else {
323          Trace("Checking out from CVS.") if T(2);          Trace("Checking out from CVS.") if T(2);
324          my $rc = system("cvs -d $cvsroot co $cvs_packages >$lf 2>&1 ");          my $rc = system("cvs -d $cvsroot co -P $cvs_packages >$lf 2>&1 ");
325          if ($? != 0) {          if ($? != 0) {
326              # Here the checkout failed.              # Here the checkout failed.
327              Confess("Error during CVS checkout for $cvsroot.");              Confess("Error during CVS checkout for $cvsroot.");
# Line 375  Line 377 
377                     temp_url          => "\$nmpdr_site_url/FIG-Tmp",                     temp_url          => "\$nmpdr_site_url/FIG-Tmp",
378                     cgi_url           => "\$nmpdr_site_url/FIG",                     cgi_url           => "\$nmpdr_site_url/FIG",
379                     template_url      => "\$nmpdr_site_url/templates",                     template_url      => "\$nmpdr_site_url/templates",
                    java              => $FIG_Config::java,  
380                     dbms              => "mysql",                     dbms              => "mysql",
381                     sproutDbms        => "mysql",                     sproutDbms        => "mysql",
382                     db                => $FIG_Config::db,                     db                => $FIG_Config::db,
# Line 391  Line 392 
392                     sproutSock        => "",                     sproutSock        => "",
393                     sproutPort        => 3306,                     sproutPort        => 3306,
394                     nmpdr_version     => $version_rel,                     nmpdr_version     => $version_rel,
395                       nmpdr_release     => $version,
396                     nmpdr_base        => $FIG_Config::nmpdr_base,                     nmpdr_base        => $FIG_Config::nmpdr_base,
397                     nmpdr_pages       => "$version_dir/html",                     nmpdr_pages       => "$version_dir/html",
398                     preIndex          => 1,                     preIndex          => 1,
# Line 400  Line 402 
402                     blast_limit       => 1000,                     blast_limit       => 1000,
403                     prop_search_limit => 4,                     prop_search_limit => 4,
404                     drug_directory    => "\$var/DrugTargets",                     drug_directory    => "\$var/DrugTargets",
405                     dockLimit         => "00000030",                     dockLimit         => "00000100",
406                     advanced_class    => "FidSearch BlastSearch",                     advanced_class    => "FidSearch BlastSearch",
407                     splitter          => " : ",                     splitter          => " : ",
408                     attrURL           => "http://anno-3.nmpdr.org/attrib_server/AttribXMLRPC.cgi",                     attrURL           => "http://anno-3.nmpdr.org/attrib_server/AttribXMLRPC.cgi",
# Line 414  Line 416 
416                     attrDBD           => "/disks/nmpdr/v$version/FIGdisk/FIG/AttributesDBD.xml",                     attrDBD           => "/disks/nmpdr/v$version/FIGdisk/FIG/AttributesDBD.xml",
417                     phone             => "{ user => 'BruceTheHumanPet', password => 'STARl00k', api_id => '2561022' }",                     phone             => "{ user => 'BruceTheHumanPet', password => 'STARl00k', api_id => '2561022' }",
418                     nmpdr_mode        => 1,                     nmpdr_mode        => 1,
419                       lib               => "\$FIG_Config::fig_disk/dist/releases/$version_rel/$FIG_Config::arch/lib",
420                       wiki_data         => "\$FIG_Config::fig/WikiData",
421                       web_app_db        => "{ -database => 'WebAppBackend', -host => 'bioseed.mcs.anl.gov', -user => 'root' };",
422                       live_server       => 0,
423                       sprout_host       => "localhost",
424                    );                    );
425      # Pull forward the server values from the current version.      # Pull forward the server values from the current version.
426      for my $serverKey (qw(bbh_server_url sim_server_url pin_server_url pch_server_url use_pch_server)) {      for my $serverKey (qw(bbh_server_url sim_server_url pin_server_url pch_server_url use_pch_server)) {
# Line 424  Line 431 
431      }      }
432    
433      # Create a list of lines to be added to the front.      # Create a list of lines to be added to the front.
434        my $nmpdr_url = "http://" . $ENV{'HTTP-HOST'} . "/$options->{server}";
435        Trace("URL for this NMPDR release is $nmpdr_url") if T(2);
436      my $inserts = [      my $inserts = [
437                     "",                     "",
438                     "\$nmpdr_site_url = \"http://$options->{server}/next\";",                     "\$nmpdr_site_url = \"$nmpdr_url\";",
439                    ];                    ];
440      if ($options->{test}) {      if ($options->{test}) {
441          Trace("Configuration file update would run from " . getcwd() . ".") if T(2);          Trace("Configuration file update would run from " . getcwd() . ".") if T(2);

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.4

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3