[Bio] / Sprout / GenomeStats.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/GenomeStats.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Sun Jun 18 07:01:33 2006 UTC revision 1.9, Sun Jun 18 08:10:42 2006 UTC
# Line 134  Line 134 
134          # Start the table.          # Start the table.
135          print GROUPFILE "<table class=\"$tableStyle\">\n";          print GROUPFILE "<table class=\"$tableStyle\">\n";
136          # Create the header row.          # Create the header row.
137          print GROUPFILE Tr( { class => 'odd' }, th("Strain annotated in NMPDR",          print GROUPFILE Tr( { class => 'odd' }, th(["Strain annotated in NMPDR",
138                                                   "Genome size, bp",                                                   "Genome size, bp",
139                                                   "Protein Encoding Genes (PEGs)",                                                   "Protein Encoding Genes (PEGs)",
140                                                   "Named genes in subsystems",            # s0                                                   "Named genes in subsystems",            # s0
141                                                   "Named genes not in subsystems",        # n0                                                   "Named genes not in subsystems",        # n0
142                                                   "Hypothetical genes in subsystems",     # s1                                                   "Hypothetical genes in subsystems",     # s1
143                                                   "Hypothetical genes not in subsystems", # n1                                                   "Hypothetical genes not in subsystems", # n1
144                                                   "RNAs")) . "\n";                                                   "RNAs",
145                                                       ])) . "\n";
146          # Set up some useful stuff for the four count columns.          # Set up some useful stuff for the four count columns.
147          my %linkParms = ( s0 => "nohypo_sub", n0 => "nohypo_nosub",          my %linkParms = ( s0 => "nohypo_sub", n0 => "nohypo_nosub",
148                            s1 => "hypo_sub", n1 => "hypo_nosub" );                            s1 => "hypo_sub", n1 => "hypo_nosub" );
# Line 190  Line 191 
191                  $counters{$ss} += 1;                  $counters{$ss} += 1;
192                  $totalFeatures++;                  $totalFeatures++;
193              }              }
194                Trace("$totalFeatures total features found for $genomeID.") if T(3);
195              # We have all our data. Next we need to compute the percentages and the links.              # We have all our data. Next we need to compute the percentages and the links.
196              # First, the link stuff.              # First, the link stuff.
197              my $linkPrefix = "$options->{linkCGI}?user=\&genome=$genomeID&SPROUT=1&request=";              my $linkPrefix = "$options->{linkCGI}?user=\&genome=$genomeID&SPROUT=1&request=";
# Line 197  Line 199 
199              for my $type (keys %linkParms) {              for my $type (keys %linkParms) {
200                  $counters{$type} = a( { href => "$linkPrefix$linkParms{$type}" },                  $counters{$type} = a( { href => "$linkPrefix$linkParms{$type}" },
201                                       sprintf("%d(%.1f%%)", $counters{$type},                                       sprintf("%d(%.1f%%)", $counters{$type},
202                                               $counters{$type} * 100 / $totalFeatures));                                               Tracer::Percent($counters{$type}, $totalFeatures)));
203              }              }
204              # Create the row text.              my @counterValues = map { $counters{$_} } @columnTypes;
205              my $rowHtml = td( "$genomeName$new", $genomeLen, $pegCount,              # Create the row text. We use a list reference to distribute the TD tag
206                                map { $counters{$_} } @columnTypes,              # across all the cells.
207                                $rnaCount );              my $rowHtml = td(["$genomeName$new", $genomeLen, $pegCount,
208                                  @counterValues, $rnaCount,
209                                 ]);
210              # Put it in the row hash.              # Put it in the row hash.
211              $rows{$genomeName} = $rowHtml;              $rows{$genomeName} = $rowHtml;
212          }          }
# Line 221  Line 225 
225              # Count the row.              # Count the row.
226              $rowCount++;              $rowCount++;
227          }          }
228          # All done, close the file.          # All done, terminate the table and close the file.
229            print GROUPFILE "</table>\n";
230          close GROUPFILE;          close GROUPFILE;
231          Trace("$rowCount genomes processed.") if T(2);          Trace("$rowCount genomes processed.") if T(2);
232      }      }
# Line 264  Line 269 
269              $realGroupID = $1;              $realGroupID = $1;
270          }          }
271          # Append this group's genomes into the result hash.          # Append this group's genomes into the result hash.
272          Tracer::AddToListMap(\%retVal, $realGroupID, $groupHash{$groupID});          Tracer::AddToListMap(\%retVal, $realGroupID, @{$groupHash{$groupID}});
273      }      }
274      # Return the result hash.      # Return the result hash.
275      return %retVal;      return %retVal;

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3