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revision 1.25, Wed Oct 4 16:02:41 2006 UTC revision 1.26, Sun Oct 8 05:44:55 2006 UTC
# Line 111  Line 111 
111                                              linkCGI => ['../FIG/genome_statistics.cgi',                                              linkCGI => ['../FIG/genome_statistics.cgi',
112                                                          'path to CGI script for detailed statistics'],                                                          'path to CGI script for detailed statistics'],
113                                              groupFile => ["$FIG_Config::sproutData/groups.tbl",                                              groupFile => ["$FIG_Config::sproutData/groups.tbl",
114                                                            "location of the NMPDR group description file"],                                                            'location of the NMPDR group description file'],
115                                              noNewCheck => [0, 'if specified, skips the check for new genomes'],                                              noNewCheck => [0, 'if specified, skips the check for new genomes'],
116                                                targetDir => ["$FIG_Config::nmpdr_base/next/html/includes",
117                                                              'target directory'],
118                                              },                                              },
119                                             "<targetDir>",                                             "",
120                                             @ARGV);                                             @ARGV);
121  # Verify the directory name.  # Verify the directory name.
122  my $targetDir = $parameters[0];  my $targetDir = $options->{targetDir};
123  if (! $targetDir) {  if (! $targetDir) {
124      Confess("No target directory specified.");      Confess("No target directory specified.");
125  } elsif (! -d $targetDir) {  } elsif (! -d $targetDir) {
# Line 140  Line 142 
142          # Get the old Sprout.          # Get the old Sprout.
143          my $oldSprout = SFXlate->new_sprout_only($FIG_Config::oldSproutDB);          my $oldSprout = SFXlate->new_sprout_only($FIG_Config::oldSproutDB);
144          # Extract the genome group data from the old Sprout.          # Extract the genome group data from the old Sprout.
145          my %oldGroupHash = $oldSprout->GetGroups();          %oldGroupHash = $oldSprout->GetGroups();
146          if (! $options->{strict}) {          if (! $options->{strict}) {
147              %oldGroupHash = Sprout::Fix(%oldGroupHash);              %oldGroupHash = Sprout::Fix(%oldGroupHash);
148          }          }

Legend:
Removed from v.1.25  
changed lines
  Added in v.1.26

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