[Bio] / Sprout / GenomeStats.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/GenomeStats.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.19, Thu Aug 24 17:29:45 2006 UTC revision 1.21, Sun Aug 27 00:05:04 2006 UTC
# Line 153  Line 153 
153                                                   "Named genes not in subsystems",        # n0                                                   "Named genes not in subsystems",        # n0
154                                                   "Hypothetical genes in subsystems",     # s1                                                   "Hypothetical genes in subsystems",     # s1
155                                                   "Hypothetical genes not in subsystems", # n1                                                   "Hypothetical genes not in subsystems", # n1
156                                                   "",                                                   "Subsystems",
157                                                   "RNAs",                                                   "RNAs",
158                                                     ])) . "\n";                                                     ])) . "\n";
159          # Set up some useful stuff for the four count columns.          # Set up some useful stuff for the four count columns.
# Line 219  Line 219 
219              }              }
220              my @counterValues = map { $counters{$_} } @columnTypes;              my @counterValues = map { $counters{$_} } @columnTypes;
221              # The last link is a button to look at the subsystem summaries.              # The last link is a button to look at the subsystem summaries.
222                my $ssCount = $sprout->GetCount(['ParticipatesIn'], 'ParticipatesIn(from-link) = ?',
223                                                   [$genomeID]);
224              my $ssLink = "$options->{linkCGI}?user=\&genome=$genomeID&SPROUT=1&show_subsystems=1";              my $ssLink = "$options->{linkCGI}?user=\&genome=$genomeID&SPROUT=1&show_subsystems=1";
225              my $ssCol = "<a href=\"$ssLink\"><img src=\"../images/button-ss.gif\"></a>";              my $ssCol = "<a href=\"$ssLink\">$ssCount</a>";
226              # Create the row text. Note that we use the distributive capability of the TD              # Create the row text. Note that we use the distributive capability of the TD
227              # function to apply the same style to each one.              # function to apply the same style to each one.
228              my $rowHtml = join("",              my $rowHtml = join("",
# Line 228  Line 230 
230                                 td({ class => $numStyle }, $genomeLen),                                 td({ class => $numStyle }, $genomeLen),
231                                 td({ class => $numStyle }, $pegCount),                                 td({ class => $numStyle }, $pegCount),
232                                 td({ class => $counterStyle }, \@counterValues),                                 td({ class => $counterStyle }, \@counterValues),
233                                 td($ssCol),                                 td({ class => $numStyle }, $ssCol),
234                                 td({ class => $numStyle }, $rnaCount),                                 td({ class => $numStyle }, $rnaCount),
235                                );                                );
236              # Put it in the row hash.              # Put it in the row hash.

Legend:
Removed from v.1.19  
changed lines
  Added in v.1.21

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3