[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Wed Jun 9 20:04:54 2010 UTC revision 1.8, Wed Feb 2 15:43:10 2011 UTC
# Line 301  Line 301 
301          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);
302          # We need to process all of this organism's TBL files.          # We need to process all of this organism's TBL files.
303          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";
304            if (! -d $orgDirDir) {
305                Trace("No feature directory found for $orgDir.") if T(1);
306                $stats->Add(orgDirMissing => 1);
307            } else {
308          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {
309              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";
310              if (-s $tblFileName) {              if (-s $tblFileName) {
# Line 323  Line 327 
327                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);
328                              # Yes. Write it normally.                              # Yes. Write it normally.
329                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
330                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/) {                              } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {
331                              # No, but this is a specially-marked locus tag.                              # No, but this is a specially-marked locus tag.
332                              $normalized = $1;                              $normalized = $1;
333                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);
# Line 341  Line 345 
345                              # of some sort. We only take these from the corresponding ID                              # of some sort. We only take these from the corresponding ID
346                              # table.                              # table.
347                              $stats->Add(orgDirSkip => 1);                              $stats->Add(orgDirSkip => 1);
348                                } elsif ($alias =~ /^protein_id\|(.+)/) {
349                                    # Here we have a REFSEQ protein ID.
350                                    $normalized = $1;
351                                    $stats->Add(orgDirProtein => 1);
352                                    WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);
353                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {
354                              # Here it's an alias of an unknown type.                              # Here it's an alias of an unknown type.
355                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);
356                          } else {                          } else {
357                              # Here it's a miscellaneous type.                              # Here it's a miscellaneous type.
358                                    $stats->Add(orgDirMisc => 1);
359                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);
360                          }                          }
361                      }                      }
# Line 353  Line 363 
363              }              }
364          }          }
365      }      }
366        }
367      Trace("Organism directories complete.") if T(2);      Trace("Organism directories complete.") if T(2);
368  }  }
369    

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.8

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3