[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Wed Feb 2 15:43:10 2011 UTC revision 1.10, Sun Feb 13 13:02:30 2011 UTC
# Line 130  Line 130 
130  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],
131                                             {                                             {
132                                                trace => ["3", "tracing level"],                                                trace => ["3", "tracing level"],
133                                                output => [$FIG_Config::sproutData, "output directory for alias files"],                                                output => ["$FIG_Config::saplingData/AliasData", "output directory for alias files"],
134                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],
135                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],
136                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]
# Line 329  Line 329 
329                                  WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                                  WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
330                              } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {                              } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {
331                                  # No, but this is a specially-marked locus tag.                                  # No, but this is a specially-marked locus tag.
332                                  $normalized = $1;                                  $normalized = "LocusTag:$1";
333                                  $stats->Add(orgDirLocus => 1);                                  $stats->Add(orgDirLocus => 1);
334                                  WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'LocusTag', $fid);                                  WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'LocusTag', $fid);
335                              } elsif ($normalized = AliasAnalysis::IsNatural(LocusTag => $alias)) {                              } elsif ($normalized = AliasAnalysis::IsNatural(LocusTag => $alias)) {
# Line 350  Line 350 
350                                  $normalized = $1;                                  $normalized = $1;
351                                  $stats->Add(orgDirProtein => 1);                                  $stats->Add(orgDirProtein => 1);
352                                  WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);                                  WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);
353                                } elsif ($alias =~ /^geneId\|(.+)/) {
354                                    # Here we have an alternate-form Gene ID.
355                                    $normalized = "GeneID:$1";
356                                    $stats->Add(orgDirGeneID => 1);
357                                    WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'GeneID', $fid);
358                              } elsif ($alias =~ /[:|]/) {                              } elsif ($alias =~ /[:|]/) {
359                                  # Here it's an alias of an unknown type.                                  # Here it's an alias of an unknown type.
360                                  $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                                  $stats->Add(orgDirUnknown => 1);

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.10

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3