[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Fri Nov 5 16:51:17 2010 UTC revision 1.7, Tue Dec 14 19:47:40 2010 UTC
# Line 323  Line 323 
323                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);
324                              # Yes. Write it normally.                              # Yes. Write it normally.
325                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
326                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^locus\|(.+)/) {                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {
327                              # No, but this is a specially-marked locus tag.                              # No, but this is a specially-marked locus tag.
328                              $normalized = $1;                              $normalized = $1;
329                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);
# Line 351  Line 351 
351                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);
352                          } else {                          } else {
353                              # Here it's a miscellaneous type.                              # Here it's a miscellaneous type.
354                                $stats->Add(orgDirMisc => 1);
355                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);
356                          }                          }
357                      }                      }

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3