[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.7, Tue Dec 14 19:47:40 2010 UTC revision 1.10, Sun Feb 13 13:02:30 2011 UTC
# Line 130  Line 130 
130  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],
131                                             {                                             {
132                                                trace => ["3", "tracing level"],                                                trace => ["3", "tracing level"],
133                                                output => [$FIG_Config::sproutData, "output directory for alias files"],                                                output => ["$FIG_Config::saplingData/AliasData", "output directory for alias files"],
134                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],
135                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],
136                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]
# Line 301  Line 301 
301          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);
302          # We need to process all of this organism's TBL files.          # We need to process all of this organism's TBL files.
303          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";
304            if (! -d $orgDirDir) {
305                Trace("No feature directory found for $orgDir.") if T(1);
306                $stats->Add(orgDirMissing => 1);
307            } else {
308          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {
309              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";
310              if (-s $tblFileName) {              if (-s $tblFileName) {
# Line 325  Line 329 
329                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
330                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {
331                              # No, but this is a specially-marked locus tag.                              # No, but this is a specially-marked locus tag.
332                              $normalized = $1;                                  $normalized = "LocusTag:$1";
333                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);
334                              WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'LocusTag', $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'LocusTag', $fid);
335                          } elsif ($normalized = AliasAnalysis::IsNatural(LocusTag => $alias)) {                          } elsif ($normalized = AliasAnalysis::IsNatural(LocusTag => $alias)) {
# Line 346  Line 350 
350                              $normalized = $1;                              $normalized = $1;
351                              $stats->Add(orgDirProtein => 1);                              $stats->Add(orgDirProtein => 1);
352                              WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);
353                                } elsif ($alias =~ /^geneId\|(.+)/) {
354                                    # Here we have an alternate-form Gene ID.
355                                    $normalized = "GeneID:$1";
356                                    $stats->Add(orgDirGeneID => 1);
357                                    WriteToMerge($mergeH, $normalized, B => 'GeneID', $fid);
358                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {
359                              # Here it's an alias of an unknown type.                              # Here it's an alias of an unknown type.
360                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);
# Line 359  Line 368 
368              }              }
369          }          }
370      }      }
371        }
372      Trace("Organism directories complete.") if T(2);      Trace("Organism directories complete.") if T(2);
373  }  }
374    

Legend:
Removed from v.1.7  
changed lines
  Added in v.1.10

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3