[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.5, Fri Nov 5 16:51:17 2010 UTC revision 1.9, Wed Feb 2 15:47:25 2011 UTC
# Line 130  Line 130 
130  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],  my ($options, @parameters) = StandardSetup([qw() ],
131                                             {                                             {
132                                                trace => ["3", "tracing level"],                                                trace => ["3", "tracing level"],
133                                                output => [$FIG_Config::sproutData, "output directory for alias files"],                                                output => ["$FIG_Config::saplingData/AliasData", "output directory for alias files"],
134                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],                                                clear => ["", "if specified, existing alias files will be erased"],
135                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],                                                keepTemp => ["", "if specified, the intermediate temporary files will not be deleted"],
136                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]                                                phone => ["", "phone number (international format) to call when load finishes"]
# Line 301  Line 301 
301          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);          $stats->Add(orgDirGenomes => 1);
302          # We need to process all of this organism's TBL files.          # We need to process all of this organism's TBL files.
303          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";          my $orgDirDir = "$FIG_Config::organisms/$orgDir/Features";
304            if (! -d $orgDirDir) {
305                Trace("No feature directory found for $orgDir.") if T(1);
306                $stats->Add(orgDirMissing => 1);
307            } else {
308          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {          for my $ftype (OpenDir($orgDirDir, 1)) {
309              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";              my $tblFileName = "$orgDirDir/$ftype/tbl";
310              if (-s $tblFileName) {              if (-s $tblFileName) {
# Line 323  Line 327 
327                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);
328                              # Yes. Write it normally.                              # Yes. Write it normally.
329                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
330                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^locus\|(.+)/) {                              } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^(?:locus|locus_tag|LocusTag)\|(.+)/) {
331                              # No, but this is a specially-marked locus tag.                              # No, but this is a specially-marked locus tag.
332                              $normalized = $1;                              $normalized = $1;
333                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);
# Line 351  Line 355 
355                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);
356                          } else {                          } else {
357                              # Here it's a miscellaneous type.                              # Here it's a miscellaneous type.
358                                    $stats->Add(orgDirMisc => 1);
359                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => 'Miscellaneous', $fid);
360                          }                          }
361                      }                      }
# Line 358  Line 363 
363              }              }
364          }          }
365      }      }
366        }
367      Trace("Organism directories complete.") if T(2);      Trace("Organism directories complete.") if T(2);
368  }  }
369    

Legend:
Removed from v.1.5  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3