[Bio] / Sprout / AliasCrunch.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /Sprout/AliasCrunch.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.3, Thu Mar 25 16:19:32 2010 UTC revision 1.5, Fri Nov 5 16:51:17 2010 UTC
# Line 310  Line 310 
310                  my $ih = Open(undef, "<$tblFileName");                  my $ih = Open(undef, "<$tblFileName");
311                  while (! eof $ih) {                  while (! eof $ih) {
312                      # Get the feature ID and its aliases.                      # Get the feature ID and its aliases.
313                      my ($fid, undef, undef, undef, @aliases) = Tracer::GetLine($ih);                      my ($fid, undef, @aliases) = Tracer::GetLine($ih);
314                      $stats->Add(orgDirFeatures => 1);                      $stats->Add(orgDirFeatures => 1);
315                      # Loop through the aliases.                      # Loop through the aliases.
316                      for my $alias (@aliases) {                      for my $alias (@aliases) {
# Line 323  Line 323 
323                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);                              $stats->Add(orgDirNormal => 1);
324                              # Yes. Write it normally.                              # Yes. Write it normally.
325                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);                              WriteToMerge($mergeH, $alias, B => $aliasType, $fid);
326                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/) {                          } elsif ($alias =~ /^LocusTag:(.+)/ || $alias =~ /^locus\|(.+)/) {
327                              # No, but this is a specially-marked locus tag.                              # No, but this is a specially-marked locus tag.
328                              $normalized = $1;                              $normalized = $1;
329                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);                              $stats->Add(orgDirLocus => 1);
# Line 341  Line 341 
341                              # of some sort. We only take these from the corresponding ID                              # of some sort. We only take these from the corresponding ID
342                              # table.                              # table.
343                              $stats->Add(orgDirSkip => 1);                              $stats->Add(orgDirSkip => 1);
344                            } elsif ($alias =~ /^protein_id\|(.+)/) {
345                                # Here we have a REFSEQ protein ID.
346                                $normalized = $1;
347                                $stats->Add(orgDirProtein => 1);
348                                WriteToMerge($mergeH, $normalized, C => 'RefSeq', $fid);
349                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {                          } elsif ($alias =~ /[:|]/) {
350                              # Here it's an alias of an unknown type.                              # Here it's an alias of an unknown type.
351                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);                              $stats->Add(orgDirUnknown => 1);

Legend:
Removed from v.1.3  
changed lines
  Added in v.1.5

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3