[Bio] / SeedViewer / seedviewer.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /SeedViewer/seedviewer.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.4, Wed Nov 7 17:09:12 2007 UTC revision 1.32, Wed Aug 26 20:33:50 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  use strict;  use strict;
2  use warnings;  use warnings;
3    no warnings 'once';
4    
5    my $have_fcgi;
6    eval {
7        require CGI::Fast;
8        $have_fcgi = 1;
9    };
10    
11    use IO::Handle;
12    #open(TICKLOG, ">/dev/pts/9") or open(TICKLOG, ">&STDERR");
13    #TICKLOG->autoflush(1);
14    
15    use Time::HiRes 'gettimeofday';
16    my $start = gettimeofday;
17    my $time_last;
18    sub tick {
19        my($w) = @_;
20        my $now = gettimeofday;
21        my $t = $now - $start;
22        my $tms = int(($now - $time_last) * 1000);
23        $time_last = $now;
24        my ($package, $filename, $line) = caller;
25        if (1)
26        {
27            $filename =~ s,.*/common/lib,/lib,;
28            $filename =~ s,.*/CGI,/CGI,;
29            $filename =~ s/WebApplication/WA/;
30            $filename =~ s/WebComponent/WC/;
31        }
32    
33        printf TICKLOG "$$ %-40s %5d %8d %.3f\n", $filename, $line, $tms, $t;
34        TICKLOG->flush();
35    }
36    
37    
38  use DBMaster;  use DBMaster;
39  use WebApplication;  use WebApplication;
40  use WebMenu;  use WebMenu;
41  use WebLayout;  use WebLayout;
42    use Tracer;
43    use FIGRules;
44    use FIG_Config;
45    use WebConfig;
46    
47    #
48    # If no CGI vars, assume we are invoked as a fastcgi service.
49    #
50    my $n_requests = 0;
51    if ($have_fcgi && $ENV{REQUEST_METHOD} eq '')
52    {
53        #
54        # Precompile modules. Find where we found one, and use that path
55        # to walk for the rest.
56        #
57    
58        my $mod_path = $INC{"WebComponent/Ajax.pm"};
59        if ($mod_path && $mod_path =~ s,WebApplication/WebComponent/Ajax\.pm$,,)
60        {
61            local $SIG{__WARN__} = sub {};
62            for my $what (qw(SeedViewer RAST WebApplication))
63            {
64                for my $which (qw(WebPage WebComponent DataHandler))
65                {
66                    opendir(D, "$mod_path/$what/$which") or next;
67                    my @x = grep { /^[^.]/ } readdir(D);
68                    for my $mod (@x)
69                    {
70                        $mod =~ s/\.pm$//;
71                        my $fullmod = join("::", $what, $which, $mod);
72                        eval " require $fullmod; ";
73                    }
74                    closedir(D);
75                }
76            }
77        }
78        my $max_requests = 100;
79        while ((my $cgi = new CGI::Fast()) &&
80               ($max_requests == 0 || $n_requests++ < $max_requests))
81        {
82  eval {  eval {
83      &main;              &main($cgi);
84  };  };
   
85  if ($@)  if ($@)
86  {  {
87                if ($@ =~ /^cgi_exit/)
88                {
89                    # this is ok.
90                }
91                elsif (ref($@) ne 'ARRAY')
92                {
93                    warn "code died, cgi=$cgi returning error\n";
94                    print $cgi->header(-status => '500 error in body of cgi processing');
95                    print $@;
96                }
97            }
98        endloop:
99        }
100    }
101    else
102    {
103      my $cgi = new CGI();      my $cgi = new CGI();
104        eval { &main($cgi); };
105    
106      print $cgi->header();      if ($@ && $@ !~ /^cgi_exit/)
107      print $cgi->start_html();      {
108            my $error = $@;
109            Warn("Script error: $error") if T(SeedViewer => 0);
110    
111            print CGI::header();
112            print CGI::start_html();
113    
114      # print out the error      # print out the error
115      print '<pre>'.$@.'</pre>';          print '<pre>'.$error.'</pre>';
116    
117      print $cgi->end_html();          print CGI::end_html();
118    
119  }  }
120    }
121    
122  sub main {  sub main {
123        my($cgi) = @_;
124      # initialize cgi      ETracing($cgi);
125      my $cgi = new CGI();      if (FIGRules::nmpdr_mode($cgi)) {
126            Trace("NMPDR mode selected.") if T(3);
127      # initialize db-master          my $parms = $cgi->query_string();
128      my $dbmaster = DBMaster->new(-database => 'WebAppBackend');          if ($parms) {
129                $parms = "?$parms";
130            } else {
131                $parms = "?page=Home";
132            }
133            print CGI::redirect(-uri => "$FIG_Config::cgi_url/wiki/rest.cgi/NmpdrPlugin/SeedViewer$parms",
134                                -status => 301);
135        } else {
136    
137      # initialize layout      # initialize layout
138      my $layout = WebLayout->new('./Html/SeedViewer.tmpl');          # Use the template file for the current mode-- NMPDR or SEED
139      $layout->add_css('./Html/default.css');          my $templateFile = TMPL_PATH . "/SeedViewer.tmpl";
140      $layout->add_css('./Html/seedviewer.css');          Trace("Template file is $templateFile") if T(3);
141            my $layout = WebLayout->new($templateFile);
142            # Choose the body/header style sheet according to the mode.
143            $layout->add_css("$FIG_Config::cgi_url/Html/seedviewer.css");
144            $layout->add_css("$FIG_Config::cgi_url/Html/commonviewer.css");
145            $layout->add_css("$FIG_Config::cgi_url/Html/web_app_default.css");
146      # build menu      # build menu
147      my $menu = WebMenu->new();          my $menu;
148            $menu = WebMenu->new();
149      $menu->add_category('&raquo;Navigate', '?page=Home');      $menu->add_category('&raquo;Navigate', '?page=Home');
150      $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Search', '?page=Home');          $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Startpage', '?page=Home');
     $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Subsystems', '?page=SubsystemSelect');  
151      $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Organisms', '?page=OrganismSelect');      $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Organisms', '?page=OrganismSelect');
152            $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Subsystems', '?page=SubsystemSelect');
153            $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'Scenarios', '?page=Scenarios');
154            $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'FigFams', '?page=FigFamViewer');
155            $menu->add_entry('&raquo;Navigate', 'BLAST Search', '?page=BlastRun');
156            if (defined($FIG_Config::teacher_db)) {
157      $menu->add_category('&raquo;Teacher', '?page=Teach', undef, ['edit', 'problem_list'], 96);      $menu->add_category('&raquo;Teacher', '?page=Teach', undef, ['edit', 'problem_list'], 96);
158      $menu->add_category('&raquo;Admin', '?page=Admin', undef, ['edit', 'scope', '*'], 99);              $menu->add_entry('&raquo;Teacher', 'Class Performance', '?page=Teach');
159                $menu->add_entry('&raquo;Teacher', 'Class Management', '?page=ManageClass');
160                $menu->add_entry('&raquo;Teacher', 'Problem Sets', '?page=ManageProblemSets');
161                $menu->add_entry('&raquo;Teacher', 'Annotation Resolve', '?page=ClassAnnotationResolve');
162            }
163      $menu->add_category('&raquo;Help', 'http://www.theseed.org', 'help', undef, 98);      $menu->add_category('&raquo;Help', 'http://www.theseed.org', 'help', undef, 98);
164      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'What is the SEED', 'http://www.theseed.org/wiki/Home_of_the_SEED');      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'What is the SEED', 'http://www.theseed.org/wiki/Home_of_the_SEED');
165      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'HowTo use the SEED Viewer', 'http://www.theseed.org/wiki/SEED_Viewer_Tutorial');      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'HowTo use the SEED Viewer', 'http://www.theseed.org/wiki/SEED_Viewer_Tutorial');
166      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Submitting Data to SEED', 'http://www.theseed.org/wiki/RAST_Tutorial');      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Submitting Data to SEED', 'http://www.theseed.org/wiki/RAST_Tutorial');
167      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Contact', 'http://www.theseed.org/wiki/Contact');  
168            # check which contact info to show
169            if (defined($FIG_Config::server_type) && ($FIG_Config::server_type eq 'MG-RAST')) {
170                $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Contact', 'mailto:mg-rast@mcs.anl.gov', undef, ['login']);
171            } elsif (defined($FIG_Config::server_type) && ($FIG_Config::server_type eq 'RAST')) {
172                $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Contact', 'mailto:rast@mcs.anl.gov', undef, ['login']);
173            } else {
174                $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Contact', 'mailto:info@theseed.org');
175            }
176      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Register', '?page=Register');      $menu->add_entry('&raquo;Help', 'Register', '?page=Register');
177            $menu->add_entry('&raquo;Help', 'I forgot my Password', '?page=RequestNewPassword');
178    
179      # initialize application      # initialize application
180      my $WebApp = WebApplication->new( { id => 'SeedViewer',      my $WebApp = WebApplication->new( { id => 'SeedViewer',
                                         dbmaster => $dbmaster,  
181                                          menu     => $menu,                                          menu     => $menu,
182                                          layout   => $layout,                                          layout   => $layout,
183                                          default  => 'Home',                                          default  => 'Home',
184                                                cgi => $cgi,
185                                        } );                                        } );
186    
187            my $prefix = "Seed Viewer - ";
188            $WebApp->page_title_prefix($prefix);
189            $WebApp->show_login_user_info(1);
190      # run application      # run application
191      $WebApp->run();      $WebApp->run();
192        }
193  }  }

Legend:
Removed from v.1.4  
changed lines
  Added in v.1.32

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3