[Bio] / RecoElemSBW / SBMLtoRecoElem.cc Repository:
ViewVC logotype

Annotation of /RecoElemSBW/SBMLtoRecoElem.cc

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 1.6 - (view) (download) (as text)

1 : hwang 1.1 #include <stdio.h>
2 :     #include <string>
3 :    
4 :     #include "RecoReadout/RecoElem.hh"
5 :     #include "RecoReadout/Reaction.hh"
6 :     #include "MExplorer/xduGen.hh"
7 :    
8 : efrank 1.5 #include "RecoElemSBW/SbwFactory.hh"
9 : efrank 1.4
10 : hwang 1.1
11 :    
12 :     using namespace std;
13 :    
14 :     //************************************************************************
15 :     void printList (RecoElem& elem);
16 :     //************************************************************************
17 :    
18 :    
19 :    
20 :    
21 :     //************************************************************************
22 :     int
23 :     main(int argc, char* argv[] ) {
24 :     //************************************************************************
25 : efrank 1.5 SbwFactory sbwFactory;
26 : hwang 1.1
27 : efrank 1.4 if (argc != 2) {
28 : hwang 1.1 printf("usage: readSBML <filename>\n");
29 :     return 1;
30 :     }
31 :    
32 :    
33 : efrank 1.5 RecoElem* elem = sbwFactory.getRecoElemFromSbmlFile( argv[1] );
34 : hwang 1.1
35 :     cout << "************************" << endl;
36 :     printList(*elem);
37 :     cout << "************************" << endl;
38 :    
39 : efrank 1.4 std::string path="";
40 : hwang 1.1 xduGen( *elem, path );
41 : hwang 1.6
42 :     cout << "printing to a file" << endl;
43 :    
44 :     char * filename;
45 :     filename = "newfile.txt";
46 :     sbwFactory.writeSbmlFile(*elem, filename);
47 : hwang 1.1
48 :     return 0;
49 :     }
50 :    
51 :    
52 :    
53 :    
54 :     //************************************************************************
55 :     void printList (RecoElem& elem)
56 :     //************************************************************************
57 :     {
58 :    
59 :     // I don't think there's any subelements. Model w/ one subelement, and 1 kid
60 :    
61 :     vector<RecoElem>& subElem = elem.getSubElements();
62 :     vector<Reaction>& rxns = elem.getReactions();
63 :    
64 :     int nrxns= rxns.size ();
65 :     int nkids= subElem.size ();
66 :    
67 :     cout << "MY NAME: " << elem.getName() << endl;
68 :     cout << " No. of reactions " << nrxns << endl;
69 :     cout << " No. of kids: " << nkids << endl;
70 :    
71 :    
72 :     for (int l=0; l< nrxns ; l++) {
73 : efrank 1.2 cout << rxns[l].asString( ) << endl;
74 : hwang 1.1 }
75 :    
76 :    
77 :     for (int i=0; i<nkids; i++){
78 :     cout << "in deeper **** " << endl;
79 :     printList(subElem[i]);
80 :     cout << "back up *** " << endl;
81 :     }
82 : hwang 1.6
83 :    
84 :    
85 : hwang 1.1
86 :     return;
87 :     }

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3