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Revision 1.3 - (view) (download)

1 : olson 1.1 [% form.jshead %]
2 : olson 1.3 <script type="text/javascript">
3 :     function lookup_taxid(form)
4 :     {
5 :     var id = form.elements['taxonomy_id'].value;
6 :    
7 :     var http_request;
8 :     var agt=navigator.userAgent.toLowerCase();
9 :     if (agt.indexOf("msie") != -1) {
10 :     no_load_image = 1;
11 :     try {
12 :     http_request = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP");
13 :     }
14 :     catch (err) {
15 :     alert('You must enable ActiveX in your security settings to view all features of this page.');
16 :     }
17 :     } else {
18 :     http_request = new XMLHttpRequest();
19 :     http_request.overrideMimeType('text/plain');
20 :     }
21 :    
22 :     var parameters = "";
23 :    
24 :     parameters = parameters + "tax_id=" + encodeURIComponent(id);
25 :    
26 :     var script_url = form.elements['ajax_url'].value;
27 :     http_request.onreadystatechange = function() { ajax_result(http_request, id, form); };
28 :    
29 :     form.elements['lookup'].value = "Lookup in progress...";
30 :     http_request.open('POST', script_url, true);
31 :     http_request.setRequestHeader("Content-type", "application/x-www-form-urlencoded");
32 :     http_request.send(parameters);
33 :     }
34 :    
35 :     function ajax_result (http_request, tax_id, form) {
36 :     if (http_request.readyState == 4) {
37 :     // alert("state=" +http_request.readyState + " " + http_request.responseText);
38 :     var obj = JSON.parse(http_request.responseText);
39 :     form.elements['lookup'].value = "Look up taxonomy ID at NCBI.";
40 :     if (obj == null || obj.domain == "")
41 :     {
42 :     alert("Could not find taxonomy id " + tax_id + " at NCBI.");
43 :     return;
44 :     }
45 :     set_radio(form, "domain", obj.domain);
46 :     set_form_field(form, "taxonomy_string", obj.taxonomy);
47 :     set_radio(form, "genetic_code", obj.genetic_code);
48 :     set_form_field(form, "genus", obj.genus);
49 :     set_form_field(form, "species", obj.species);
50 :     set_form_field(form, "strain", obj.strain);
51 :     }
52 :     }
53 :    
54 :     function set_form_field(form, name, val)
55 :     {
56 :     var elt = form.elements[name];
57 :     if (elt == null)
58 :     {
59 :     return;
60 :     }
61 :    
62 :     elt.value = val;
63 :     }
64 :    
65 :     function set_radio(form, name, val) {
66 :     var elt = form.elements[name];
67 :     if (elt == null)
68 :     {
69 :     return;
70 :     }
71 :    
72 :     for (var loop = 0; loop < elt.length; loop++)
73 :     {
74 :     if (elt[loop].value == val)
75 :     {
76 :     elt[loop].checked = 1;
77 :     }
78 :     else
79 :     {
80 :     elt[loop].checked = 0;
81 :     }
82 :     }
83 :     }
84 :    
85 :     </script>
86 :    
87 : olson 1.1 <h1> Upload a Genome </h1>
88 :     <h2>Review genome data</h2>
89 :     <p>
90 :     <strong>We have analyzed your upload and have computed the following information.</strong>
91 :     </p>
92 :     [% statistics %]
93 :    
94 :     <p>
95 :     <strong>Please enter or verify the following information about this organism:</strong>
96 :     </p>
97 :    
98 :     [% form.start %]
99 : olson 1.3 [% form.field.ajax_url.field %]
100 : olson 1.1 <fieldset>
101 :     <legend>Required information:</legend>
102 :     <div id="organism">
103 :     <table>
104 :     <tr>
105 :     <td> <strong>Taxonomy ID:</strong> </td>
106 : olson 1.2 <td> [% form.field.taxonomy_id.field %] <i>(leave blank if NCBI Taxonomy ID unknown)</i> </td>
107 : olson 1.1 </tr>
108 :     <tr>
109 :     <td></td>
110 : olson 1.3 <td><input type="button" onclick="lookup_taxid(this.form)" name="lookup" value="Look up taxonomy ID at NCBI.">
111 :     <tr>
112 :     <td></td>
113 : olson 1.1 <td> Find the taxonomy id for your organism by searching for its name in the
114 :     <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html/">
115 :     NCBI taxonomy browser</a>. </td>
116 :     </tr>
117 :     <tr>
118 : olson 1.3 <td><strong>Taxonomy string:</strong></td>
119 :     <td>[% form.field.taxonomy_string.field %] </td>
120 :     </tr>
121 :     <tr>
122 : olson 1.1 <td><strong>Domain:</strong></td>
123 :     <td>[% form.field.domain.field %] </td>
124 :     </tr>
125 :     <tr>
126 :     <td> <strong>Genus:</strong></td>
127 :     <td> [% form.field.genus.field %] </td>
128 :     </tr>
129 :     <tr>
130 :     <td> <strong>Species:</strong></td>
131 :     <td> [% form.field.species.field %] </td>
132 :     </tr>
133 :     <tr>
134 :     <td> <strong>Strain:</strong></td>
135 :     <td> [% form.field.strain.field %] </td>
136 :     </tr>
137 :     <tr>
138 :     <td> <strong>Genetic Code:</strong></td>
139 :     <td> [% form.field.genetic_code.field %] </td>
140 :     </tr>
141 :     </table>
142 :     </div>
143 :     </fieldset>
144 :     [% form.submit %]
145 :     [% form.end %]
146 :    

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