[Bio] / MGRASTBackend / MGRASTPipeline.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /MGRASTBackend/MGRASTPipeline.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.6, Wed May 6 19:18:29 2009 UTC revision 1.7, Wed May 6 19:21:51 2009 UTC
# Line 65  Line 65 
65    my ($name) = @_;    my ($name) = @_;
66    my %pipelines = (    my %pipelines = (
67                     default => \&default_process,                     default => \&default_process,
                    other => \&other_process,  
                    alt_export => \&alt_export_process  
68                    );                    );
69    
70    if(defined $pipelines{$name}){    if(defined $pipelines{$name}){
71      return $pipelines{$name};      return $pipelines{$name};
72    } else {    } else {
73      return undef;      return $pipelines{default};
74    }    }
75  }  }
76    
# Line 90  Line 88 
88            [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',            [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',
89                                                  sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",                                                  sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
90                                                 )],                                                 )],
           [export => ClusterStage->new('mg_export',  
                                        sge_flag => "-l mg_export",  
                                       )],  
          ];  
 }  
   
 sub alt_export_process {  
   return [[uploaded => \&process_upload],  
           [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',  
                                            sge_flag => "-l mg_preprocess",  
                                           )],  
           [sims => ClusterStage->new('mg_sims',  
                                      start_locally => 1,  
                                     )],  
           [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',  
                                            start_locally => 1,  
                                           )],  
           [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',  
                                                 sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",  
                                                )],  
91            [export_to_genbank => ClusterStage->new('mg_sims_to_gff_and_gbk',            [export_to_genbank => ClusterStage->new('mg_sims_to_gff_and_gbk',
92                                          start_locally => 1,                                          start_locally => 1,
93                                        )],                                        )],
94           ];           ];
95  }  }
96    
 sub other_process {  
   return [[uploaded => \&process_upload],  
           [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',  
                                            sge_flag => "-l mg_preprocess",  
                                           )],  
           [sims => ClusterStage->new('mg_sims',  
                                      start_locally => 1,  
                                     )],  
           [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',  
                                            start_locally => 1,  
                                           )],  
           [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',  
                                                 sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",  
                                                )],  
           [export => ClusterStage->new('mg_sim_to_gff_and_gbk',  
                                         start_locally => 1,  
                                       )],  
          ];  
 }  
   
97  ########################################  ########################################
98  #  #
99  #  Pipeline Stages  #  Pipeline Stages

Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3