[Bio] / MGRASTBackend / MGRASTPipeline.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /MGRASTBackend/MGRASTPipeline.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.12, Fri Jul 24 04:01:05 2009 UTC revision 1.13, Tue Mar 16 04:11:08 2010 UTC
# Line 65  Line 65 
65    my ($name) = @_;    my ($name) = @_;
66    my %pipelines = (    my %pipelines = (
67                     default => \&default_process,                     default => \&default_process,
68                     figfams => \&figfam_process,                     old     => \&old_default_process,
69                    );                    );
70    
71    if(defined $pipelines{$name}){    if(defined $pipelines{$name}){
# Line 81  Line 81 
81                                             sge_flag => "-l mg_preprocess",                                             sge_flag => "-l mg_preprocess",
82                                            )],                                            )],
83            [sims => ClusterStage->new('mg_sims',            [sims => ClusterStage->new('mg_sims',
84                                       start_locally => 1,                                       sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
85                                      )],                                      )],
86            [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',            [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',
                                            start_locally => 1,  
                                           )],  
           [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',  
87                                                  sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",                                                  sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
88                                                 )],                                                 )],
89            [export_to_genbank => ClusterStage->new('mg_sims_to_gff_and_gbk',  
90                                          start_locally => 1,            [export => ClusterStage->new('mg_export',
91                                           sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
92                                        )],                                        )],
93           ];           ];
94  }  }
95    
96  sub figfam_process {  sub old_default_process {
97      return [[uploaded => \&process_upload],      return [[uploaded => \&process_upload],
98              [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',              [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',
99                                               sge_flag => "-l mg_preprocess",                                               sge_flag => "-l mg_preprocess",
100                                               )],                                               )],
101              [dereplication => ClusterStage->new('mg_check_sequence_distribution',            [sims => ClusterStage->new('mg_sims',
                                                 start_locally => 1,  
                                             )],  
             [figfam_server => ClusterStage->new('mg_ff_server',  
                                                 sge_flag => "-l mg_ff_server",  
                                                 )],  
             [figfam_sims => ClusterStage->new('mg_figfam_sims',  
                                               start_locally => 1,  
                                               )],  
             [non_figfam_sims => ClusterStage->new('mg_non_figfam_sims',  
                                                   start_locally => 1,  
                                                   )],  
             [non_seed_sims => ClusterStage->new('mg_non_seed_sims',  
102                                         start_locally => 1,                                         start_locally => 1,
103                                         )],                                         )],
104              [check_all_sims => ClusterStage->new('mg_check_all_sims',            [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',
105                                               start_locally => 1,                                               start_locally => 1,
106                                               )],                                               )],
107              [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',              [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',
# Line 127  Line 113 
113              ];              ];
114  }  }
115    
   
116  ########################################  ########################################
117  #  #
118  #  Pipeline Stages  #  Pipeline Stages

Legend:
Removed from v.1.12  
changed lines
  Added in v.1.13

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3