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Annotation of /MGRASTBackend/MGRASTPipeline.pm

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Revision 1.3 - (view) (download) (as text)

1 : jared 1.1 package MGRASTBackend::MGRASTPipeline;
2 :    
3 :     use ClusterStage;
4 :     use Filesys::DfPortable;
5 :     use Mail::Mailer;
6 :     use Job48;
7 :     use FIG;
8 :    
9 :     use strict;
10 :     use warnings;
11 :    
12 :     use base qw( Exporter );
13 :     our @EXPORT = qw ( check_free_space get_jobs get_pipeline_for_job process_upload mark_job_done);
14 :    
15 :     1;
16 :    
17 :    
18 :     ########################################
19 :     #
20 :     # Basic methods
21 :     #
22 :     #########################################
23 :    
24 :     sub check_free_space {
25 :     my ($job_spool_dir) = @_;
26 :     my $df = dfportable($job_spool_dir, 1024*1024*1024);
27 :     if (!defined($df)){
28 :     die "dfportable call failed on $job_spool_dir: $!";
29 :     }
30 :     if ($df->{bavail} < 10){
31 :     die sprintf "Not enough free space available (%.1f GB) in $job_spool_dir", $df->{bavail};
32 :     }
33 :     return;
34 :     }
35 :    
36 :     sub get_jobs {
37 :     my ($job_spool_dir) = @_;
38 :     opendir(D, $job_spool_dir) or die "Cannot open job directory $job_spool_dir: $!\n";
39 :     my @jobs = sort { $a <=> $b } grep { /^\d+$/ and -d "$job_spool_dir/$_" } readdir(D);
40 :     return \@jobs;
41 :     }
42 :    
43 :     sub get_pipeline_for_job {
44 :     my ($job_dir) = @_;
45 :     if(! -f "$job_dir/Pipeline"){
46 :     return &{&pipeline("default")};
47 :     } else {
48 :     my $pipe = &FIG::file_head("$job_dir/Pipeline", 1);
49 :     chomp $pipe;
50 :     if (ref(&pipeline($pipe)) eq 'CODE'){
51 :     return &{&pipeline($pipe)};
52 :     } else {
53 :     return undef;
54 :     }
55 :     }
56 :     }
57 :    
58 :     ########################################
59 :     #
60 :     # Pipelines
61 :     #
62 :     #########################################
63 :    
64 :     sub pipeline {
65 :     my ($name) = @_;
66 :     my %pipelines = (
67 :     default => \&default_process,
68 :     other => \&other_process,
69 :     alt_export => \&alt_export_process
70 :     );
71 :    
72 :     if(defined $pipelines{$name}){
73 :     return $pipelines{$name};
74 :     } else {
75 :     return undef;
76 :     }
77 :     }
78 :    
79 :     sub default_process {
80 :     return [[uploaded => \&process_upload],
81 :     [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',
82 :     sge_flag => "-l mg_preprocess",
83 :     )],
84 :     [sims => ClusterStage->new('mg_sims',
85 :     start_locally => 1,
86 :     )],
87 :     [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',
88 :     start_locally => 1,
89 :     )],
90 :     [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',
91 :     sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
92 :     )],
93 :     [export => ClusterStage->new('mg_export',
94 :     sge_flag => "-l mg_export",
95 :     )],
96 :     ];
97 :     }
98 :    
99 :     sub alt_export_process {
100 :     return [[uploaded => \&process_upload],
101 :     [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',
102 :     sge_flag => "-l mg_preprocess",
103 :     )],
104 :     [sims => ClusterStage->new('mg_sims',
105 :     start_locally => 1,
106 :     )],
107 :     [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',
108 :     start_locally => 1,
109 :     )],
110 :     [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',
111 :     sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
112 :     )],
113 : jared 1.3 [export => ClusterStage->new('mg_sim_to_gff_and_gbk',
114 :     start_locally => 1,
115 : jared 1.1 )],
116 :     ];
117 :     }
118 :    
119 :     sub other_process {
120 :     return [[uploaded => \&process_upload],
121 :     [preprocess => ClusterStage->new('mg_preprocess',
122 :     sge_flag => "-l mg_preprocess",
123 :     )],
124 :     [sims => ClusterStage->new('mg_sims',
125 :     start_locally => 1,
126 :     )],
127 :     [check_sims => ClusterStage->new('mg_check_sims',
128 :     start_locally => 1,
129 :     )],
130 :     [create_seed_org => ClusterStage->new('mg_create_seed_org',
131 :     sge_flag => "-l mg_postproc_taxa_sims",
132 :     )],
133 : jared 1.3 [export => ClusterStage->new('mg_sim_to_gff_and_gbk',
134 :     start_locally => 1,
135 : jared 1.1 )],
136 :     ];
137 :     }
138 :    
139 :     ########################################
140 :     #
141 :     # Pipeline Stages
142 :     #
143 :     #########################################
144 :    
145 :     sub process_upload
146 :     {
147 :     return;
148 :     }
149 :    
150 :     sub mark_job_done
151 :     {
152 :    
153 :     print "Attempting to Email user\n";
154 : jared 1.2
155 : jared 1.1 my($job_id, $job_dir, $meta, $req) = @_;
156 :    
157 :     if (open(D, ">$job_dir/DONE"))
158 :     {
159 :     print D time . "\n";
160 :     close(D);
161 :     }
162 :     else
163 :     {
164 :     warn "Error opening $job_dir/DONE: $!\n";
165 :     }
166 :    
167 :     my $job = new Job48($job_id);
168 :    
169 :     my $userobj = $job->getUserObject();
170 :    
171 :     print "setting meta $meta\n";
172 :     $meta->set_metadata("status.final","complete");
173 :     print "setting meta $meta .. done\n";
174 :    
175 :     if ($userobj)
176 :     {
177 :     my $email = $userobj->email();
178 :     my $name = join(" " , $userobj->firstname(), $userobj->lastname());
179 :    
180 :     my $full = $name ? "$name <$email>" : $email;
181 :     print "send email to $full\n";
182 :    
183 :     my $mail = Mail::Mailer->new();
184 :     $mail->open({
185 :     To => $full,
186 :     From => 'Metagenome RAST server <mg-rast@mcs.anl.gov>',
187 :     Subject => "MG-RAST job completed"
188 :     });
189 :    
190 :     my $gname = $job->genome_name;
191 :     my $entry = $FIG_Config::fortyeight_home;
192 :     $entry = "http://metagenomics.nmpdr.org/" if $entry eq '';
193 :     print $mail "The annotation job that you submitted for $gname has completed.\n";
194 :     print $mail "It is available for browsing at $entry as job number $job_id.\n";
195 :     $mail->close();
196 :     }
197 :     }

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