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Annotation of /FortyEightMeta/mg_postproc_taxa_sims.pl

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Revision 1.5 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Postprocess the metagenome LSU/SSU/Greengene sims runs.
4 :     #
5 :    
6 :     use DB_File;
7 :     use Data::Dumper;
8 :    
9 :     use Job48;
10 :     use strict;
11 :     use FIG;
12 :     use FIGV;
13 :     use FIG_Config;
14 :     use File::Basename;
15 :     use File::Copy;
16 :     use GenomeMeta;
17 :     use Carp 'croak';
18 :     use FortyEightMeta::ExpandSims;
19 :    
20 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
21 :    
22 :     my $blast2gff_exe = "$FIG_Config::bin/blast2gff";
23 :     -x $blast2gff_exe or &fatal("Executable $blast2gff_exe missing");
24 :    
25 :     my $correct_contigs_exe = "$FIG_Config::bin/correct_gff_missing_contigs";
26 :     -x $correct_contigs_exe or &fatal("Executable $correct_contigs_exe missing");
27 :    
28 :     my $gff2seed_exe = "$FIG_Config::bin/gff2seed";
29 :     -x $gff2seed_exe or &fatal("Executable $gff2seed_exe missing");
30 :    
31 :     my $get_ss_conns_exe = "$FIG_Config::bin/get_ss_connections";
32 :     -x $get_ss_conns_exe or &fatal("Executable $get_ss_conns_exe missing");
33 :    
34 :     my $summarize_exe = "$FIG_Config::bin/summarize_taxonomy_by_blast";
35 :     -x $summarize_exe or &fatal("Executable $summarize_exe missing");
36 :    
37 :     my $jobdir = shift;
38 :    
39 :     my $job_id = basename($jobdir);
40 :     my $job = new Job48($job_id);
41 :    
42 :     my $meta = $job->meta;
43 : olson 1.3 my $genome = $job->genome_id();
44 : olson 1.1
45 :     print "Running job! $jobdir\n";
46 :    
47 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "in_progress");
48 :    
49 :     &process_rdp();
50 :     &create_seed_gff();
51 :     &install_seed_gff();
52 :    
53 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "complete");
54 :     $meta->set_metadata("sims_postprocess.running", "no");
55 :    
56 :     exit(0);
57 :    
58 :     #
59 :     # Process the seed blastx results into an organism directory.
60 :     #
61 :     sub create_seed_gff
62 :     {
63 :    
64 :     #
65 :     # consolidate all the blastx generated sims into a single file
66 :     #
67 :    
68 :     my $sims = "$jobdir/proc/sims.seed.raw";
69 :     consolidate_sims("$jobdir/proc/sims.seed", $sims);
70 :    
71 :     my $gff = "$jobdir/proc/$genome.gff";
72 :     my $out_sims = "$jobdir/proc/$genome.sims";
73 :    
74 :     #
75 : olson 1.5 # Use the btree-indexed NR from the data directory if possible.
76 :     #
77 :    
78 :     my $nr = "$FIG_Config::fortyeight_data/nr.btree";
79 :     my @nrarg;
80 :     if (-f $nr)
81 :     {
82 :     @nrarg = ('-nr', $nr);
83 :     }
84 :    
85 :    
86 :     #
87 : olson 1.1 # Verify we have the inputs we need for generating the orgdir.
88 :     #
89 :    
90 :     my $fasta = $meta->get_metadata("preprocess.fasta_file");
91 :     ($fasta and -f $fasta) or &fatal("fasta not found: '$fasta'");
92 :    
93 :     my $taxonomy = &FIG::file_head("$jobdir/TAXONOMY", 1);
94 :     my $project = &FIG::file_head("$jobdir/PROJECT", 1);
95 :     chomp $taxonomy;
96 :     chomp $project;
97 :    
98 :     #
99 :     # Start the process.
100 :     #
101 :    
102 :     my @args = (-f => $fasta,
103 :     -s => $out_sims,
104 :     -o => $gff,
105 :     -gs => $job->genome_name(),
106 :     -taxonomy => $taxonomy,
107 :     -proj => $project,
108 :     -g => $genome,
109 : olson 1.5 @nrarg,
110 : olson 1.1 $sims);
111 :    
112 :     my $pid = open(BOUT, "-|");
113 :     if ($pid == 0)
114 :     {
115 :     exec { $blast2gff_exe } $blast2gff_exe, @args;
116 :     die "Failed: $!: $blast2gff_exe @args";
117 :     }
118 :    
119 :     print "Started pid=$pid $blast2gff_exe @args\n";
120 :    
121 :     while (<BOUT>)
122 :     {
123 :     print "Blast2gff: $_";
124 :     }
125 :    
126 :     if (!close(BOUT))
127 :     {
128 :     &fatal("Failed with \$!=$! \$?=$?: $blast2gff_exe @args");
129 :     }
130 :     }
131 :    
132 :     #
133 :     # Unpack the gff file into the organism directory, do the rest of the post-install cleanup.
134 :    
135 :     #
136 :     sub install_seed_gff
137 :     {
138 :     my $genome = $job->genome_id();
139 :     my $gff = "$jobdir/proc/$genome.gff";
140 :     my $out_sims = "$jobdir/proc/$genome.sims";
141 :    
142 :     -f $gff or &fatal("gff file $gff does not exist");
143 :    
144 :     makedir("$jobdir/rp");
145 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
146 :    
147 :     my $fasta = $meta->get_metadata("preprocess.fasta_file");
148 :     ($fasta and -f $fasta) or &fatal("fasta not found: '$fasta'");
149 :    
150 :     #
151 :     # seed2gff won't run if the orgdir exists
152 :     #
153 :    
154 :     if (-d $orgdir)
155 :     {
156 :     my $new = "$orgdir." . time;
157 :     print "Moving $orgdir to $new\n";
158 :     rename $orgdir, $new or &fatal("Cannot rename $orgdir to $new: $!");
159 :     }
160 :    
161 :     #
162 :     # Create seed dir
163 :     #
164 :     my @args = ("-debug", $gff, "$jobdir/rp");
165 :     &run_pipe(\*STDOUT, $gff2seed_exe, @args);
166 :    
167 :     #
168 :     # Copy in missing contigs
169 :     #
170 :    
171 :     &run_pipe(\*STDOUT, $correct_contigs_exe, "-orgdir", $orgdir, $fasta, $genome);
172 :    
173 :     #
174 :     # Copy sims.
175 :     #
176 :     copy($out_sims, "$orgdir/similarities");
177 :    
178 :     #
179 :     # Expand sims.
180 :     #
181 :    
182 :     my $fig = new FIGV($orgdir);
183 :    
184 :     my $peg_syns = "$FIG_Config::fortyeight_data/peg.synonyms";
185 :    
186 :     my $syns_fh = new FileHandle($peg_syns);
187 :     $syns_fh or &fatal("cannot open $peg_syns: $!");
188 :    
189 :     my $syns = load_peg_syns($syns_fh);
190 :    
191 :     my $exp_sims = "$orgdir/expanded_similarities";
192 :     eval {
193 :     expand_sims($fig, $out_sims, $exp_sims, $syns);
194 :     };
195 :     if ($@)
196 :     {
197 :     &fatal("error in expand_sims: $@");
198 :     }
199 :    
200 :     #
201 :     # Set up to compute subsys mappings.
202 :     #
203 :    
204 :     makedir("$orgdir/Subsystems");
205 :     my $bindings = "$orgdir/Subsystems/bindings";
206 :     my $subsystems = "$orgdir/Subsystems/subsystems";
207 :    
208 :     &touch($bindings);
209 :     &touch($subsystems);
210 :    
211 :     my $fh = new FileHandle(">$orgdir/ss.attributes");
212 :     $fh or &fatal("Cannot write $orgdir/ss.attributes: $!");
213 :    
214 :     &run_pipe($fh,
215 :     $get_ss_conns_exe,
216 :     "-figv", $bindings, $subsystems,
217 :     "-orgdir", $orgdir,
218 :     "-g", $genome);
219 :     close($fh);
220 :    
221 :     my $fh = new FileHandle(">$orgdir/taxa_summary_by_blast");
222 :     $fh or &fatal("Cannot write $orgdir/taxa_summary_by_blast: $!");
223 :    
224 :     &run_pipe($fh,
225 :     $summarize_exe,
226 :     "-orgdir", $orgdir,
227 :     $genome);
228 :     close($fh);
229 : olson 1.4
230 :     #
231 :     # Copy in the taxa hits that we computed earlier.
232 :     #
233 :     system("cp $jobdir/proc/taxa*hits $orgdir/.");
234 : olson 1.1 }
235 :    
236 :     #
237 :     # If we are running here, we should have generated sims in the proc/sims.{16s,gg,lsu,ssu} directories.
238 :     # Scan the task.list files in each of them, and concatenate the output into files proc/sims.WHAT.raw.
239 :     #
240 :     sub process_rdp
241 :     {
242 : olson 1.3 my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
243 :    
244 : olson 1.1 for my $name (qw(16s gg lsu ssu))
245 :     {
246 :     my $dir = "$jobdir/proc/sims.$name";
247 :     my $sims = "$jobdir/proc/sims.$name.raw";
248 :    
249 :     consolidate_sims($dir, $sims);
250 :     #
251 :     # Now we can invoke the appropriate analysis.
252 :     #
253 : olson 1.3
254 : olson 1.4 my $besthits = "$jobdir/proc/taxa.$name.besthits";
255 :     my $allhits = "$jobdir/proc/taxa.$name.allhits";
256 : olson 1.1
257 :     if ($name eq 'gg')
258 :     {
259 : olson 1.3 my @cmd = ("$FIG_Config::bin/blast2taxa", $sims, $besthits, $allhits);
260 : olson 1.2 my $rc = system(@cmd);
261 : olson 1.1 if ($rc != 0)
262 :     {
263 :     &fatal("error running $FIG_Config::bin/blast2taxa $sims");
264 :     }
265 :     }
266 :     elsif ($name eq 'lsu' or $name eq 'ssu' or $name eq '16s')
267 :     {
268 :     my $db = $name;
269 :     $db = "rdp" if $name eq '16s';
270 :    
271 :     my @cmd = ("$FIG_Config::bin/16s_taxa_mysql",
272 :     '-d', $db,
273 :     '-b', $sims,
274 :     '-c', '1e-5',
275 :     '-l', '50',
276 : olson 1.3 '-ah', $allhits,
277 :     '-bh', $besthits);
278 : olson 1.1 print "Run @cmd\n";
279 :     my $rc = system(@cmd);
280 :     if ($rc != 0)
281 :     {
282 :     &fatal("error rc=$rc running @cmd");
283 :     }
284 :     }
285 :     }
286 :     }
287 :    
288 :     sub consolidate_sims
289 :     {
290 :     my($dir, $sims) = @_;
291 :     if (! -d $dir)
292 :     {
293 :     &fatal("Sim directory $dir not found");
294 :     }
295 :    
296 :     open(TL, "<$dir/task.list") or &fatal("Cannot open $dir/task.list: $!");
297 :    
298 :     #
299 :     # Open output file.
300 :     #
301 :     open(O, ">$sims") or &fatal("Cannot create $sims: $!");
302 :    
303 :     while (<TL>)
304 :     {
305 :     chomp;
306 :     my ($id, $in, $nr, $flags, $out, $err) = split(/\t/);
307 :    
308 :     if (! -f $out)
309 :     {
310 :     &fatal("Sims output file $out missing for sims dir $dir");
311 :     }
312 :    
313 :     copy($out, \*O);
314 :     }
315 :     close(O);
316 :     }
317 :    
318 :     sub run_pipe
319 :     {
320 :     my($outfh, $cmd, @args) = @_;
321 :    
322 :     my $pid = open(BOUT, "-|");
323 :     if ($pid == 0)
324 :     {
325 :     exec { $cmd } $cmd, @args;
326 :     die "Failed: $!: $cmd @args";
327 :     }
328 :    
329 :     print "Started pid=$pid $cmd @args\n";
330 :    
331 :     while (<BOUT>)
332 :     {
333 :     print $outfh $_;
334 :     }
335 :    
336 :     if (!close(BOUT))
337 :     {
338 :     &fatal("Failed with \$!=$! \$?=$?: $cmd @args");
339 :     }
340 :     }
341 :    
342 :     sub makedir
343 :     {
344 :     my($dir) = @_;
345 :    
346 :     if (! -d $dir)
347 :     {
348 :     mkdir($dir, 0777) or &fatal("mkdir $dir failed: $!");
349 :     }
350 :     chmod 0777, $dir;
351 :     }
352 :    
353 :     sub touch
354 :     {
355 :     my($file) = @_;
356 :     my $fh = new FileHandle(">$file") or &fatal("touch: cannot open $file for writing: $!");
357 :     close($fh);
358 :     }
359 :    
360 :     sub fatal
361 :     {
362 :     my($msg) = @_;
363 :    
364 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
365 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "error");
366 :    
367 :     croak "$0: $msg";
368 :     }
369 :    

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