[Bio] / FortyEightMeta / mg_postproc_taxa_sims.pl Repository:
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Annotation of /FortyEightMeta/mg_postproc_taxa_sims.pl

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Revision 1.3 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Postprocess the metagenome LSU/SSU/Greengene sims runs.
4 :     #
5 :    
6 :     use DB_File;
7 :     use Data::Dumper;
8 :    
9 :     use Job48;
10 :     use strict;
11 :     use FIG;
12 :     use FIGV;
13 :     use FIG_Config;
14 :     use File::Basename;
15 :     use File::Copy;
16 :     use GenomeMeta;
17 :     use Carp 'croak';
18 :     use FortyEightMeta::ExpandSims;
19 :    
20 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
21 :    
22 :     my $blast2gff_exe = "$FIG_Config::bin/blast2gff";
23 :     -x $blast2gff_exe or &fatal("Executable $blast2gff_exe missing");
24 :    
25 :     my $correct_contigs_exe = "$FIG_Config::bin/correct_gff_missing_contigs";
26 :     -x $correct_contigs_exe or &fatal("Executable $correct_contigs_exe missing");
27 :    
28 :     my $gff2seed_exe = "$FIG_Config::bin/gff2seed";
29 :     -x $gff2seed_exe or &fatal("Executable $gff2seed_exe missing");
30 :    
31 :     my $get_ss_conns_exe = "$FIG_Config::bin/get_ss_connections";
32 :     -x $get_ss_conns_exe or &fatal("Executable $get_ss_conns_exe missing");
33 :    
34 :     my $summarize_exe = "$FIG_Config::bin/summarize_taxonomy_by_blast";
35 :     -x $summarize_exe or &fatal("Executable $summarize_exe missing");
36 :    
37 :     my $jobdir = shift;
38 :    
39 :     my $job_id = basename($jobdir);
40 :     my $job = new Job48($job_id);
41 :    
42 :     my $meta = $job->meta;
43 : olson 1.3 my $genome = $job->genome_id();
44 : olson 1.1
45 :     print "Running job! $jobdir\n";
46 :    
47 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "in_progress");
48 :    
49 :     &process_rdp();
50 :     &create_seed_gff();
51 :     &install_seed_gff();
52 :    
53 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "complete");
54 :     $meta->set_metadata("sims_postprocess.running", "no");
55 :    
56 :     exit(0);
57 :    
58 :     #
59 :     # Process the seed blastx results into an organism directory.
60 :     #
61 :     sub create_seed_gff
62 :     {
63 :    
64 :     #
65 :     # consolidate all the blastx generated sims into a single file
66 :     #
67 :    
68 :     my $sims = "$jobdir/proc/sims.seed.raw";
69 :     consolidate_sims("$jobdir/proc/sims.seed", $sims);
70 :    
71 :     my $gff = "$jobdir/proc/$genome.gff";
72 :     my $out_sims = "$jobdir/proc/$genome.sims";
73 :    
74 :     #
75 :     # Verify we have the inputs we need for generating the orgdir.
76 :     #
77 :    
78 :     my $fasta = $meta->get_metadata("preprocess.fasta_file");
79 :     ($fasta and -f $fasta) or &fatal("fasta not found: '$fasta'");
80 :    
81 :     my $taxonomy = &FIG::file_head("$jobdir/TAXONOMY", 1);
82 :     my $project = &FIG::file_head("$jobdir/PROJECT", 1);
83 :     chomp $taxonomy;
84 :     chomp $project;
85 :    
86 :     #
87 :     # Start the process.
88 :     #
89 :    
90 :     my @args = (-f => $fasta,
91 :     -s => $out_sims,
92 :     -o => $gff,
93 :     -gs => $job->genome_name(),
94 :     -taxonomy => $taxonomy,
95 :     -proj => $project,
96 :     -g => $genome,
97 :     $sims);
98 :    
99 :     my $pid = open(BOUT, "-|");
100 :     if ($pid == 0)
101 :     {
102 :     exec { $blast2gff_exe } $blast2gff_exe, @args;
103 :     die "Failed: $!: $blast2gff_exe @args";
104 :     }
105 :    
106 :     print "Started pid=$pid $blast2gff_exe @args\n";
107 :    
108 :     while (<BOUT>)
109 :     {
110 :     print "Blast2gff: $_";
111 :     }
112 :    
113 :     if (!close(BOUT))
114 :     {
115 :     &fatal("Failed with \$!=$! \$?=$?: $blast2gff_exe @args");
116 :     }
117 :     }
118 :    
119 :     #
120 :     # Unpack the gff file into the organism directory, do the rest of the post-install cleanup.
121 :    
122 :     #
123 :     sub install_seed_gff
124 :     {
125 :     my $genome = $job->genome_id();
126 :     my $gff = "$jobdir/proc/$genome.gff";
127 :     my $out_sims = "$jobdir/proc/$genome.sims";
128 :    
129 :     -f $gff or &fatal("gff file $gff does not exist");
130 :    
131 :     makedir("$jobdir/rp");
132 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
133 :    
134 :     my $fasta = $meta->get_metadata("preprocess.fasta_file");
135 :     ($fasta and -f $fasta) or &fatal("fasta not found: '$fasta'");
136 :    
137 :     #
138 :     # seed2gff won't run if the orgdir exists
139 :     #
140 :    
141 :     if (-d $orgdir)
142 :     {
143 :     my $new = "$orgdir." . time;
144 :     print "Moving $orgdir to $new\n";
145 :     rename $orgdir, $new or &fatal("Cannot rename $orgdir to $new: $!");
146 :     }
147 :    
148 :     #
149 :     # Create seed dir
150 :     #
151 :     my @args = ("-debug", $gff, "$jobdir/rp");
152 :     &run_pipe(\*STDOUT, $gff2seed_exe, @args);
153 :    
154 :     #
155 :     # Copy in missing contigs
156 :     #
157 :    
158 :     &run_pipe(\*STDOUT, $correct_contigs_exe, "-orgdir", $orgdir, $fasta, $genome);
159 :    
160 :     #
161 :     # Copy sims.
162 :     #
163 :     copy($out_sims, "$orgdir/similarities");
164 :    
165 :     #
166 :     # Expand sims.
167 :     #
168 :    
169 :     my $fig = new FIGV($orgdir);
170 :    
171 :     my $peg_syns = "$FIG_Config::fortyeight_data/peg.synonyms";
172 :    
173 :     my $syns_fh = new FileHandle($peg_syns);
174 :     $syns_fh or &fatal("cannot open $peg_syns: $!");
175 :    
176 :     my $syns = load_peg_syns($syns_fh);
177 :    
178 :     my $exp_sims = "$orgdir/expanded_similarities";
179 :     eval {
180 :     expand_sims($fig, $out_sims, $exp_sims, $syns);
181 :     };
182 :     if ($@)
183 :     {
184 :     &fatal("error in expand_sims: $@");
185 :     }
186 :    
187 :     #
188 :     # Set up to compute subsys mappings.
189 :     #
190 :    
191 :     makedir("$orgdir/Subsystems");
192 :     my $bindings = "$orgdir/Subsystems/bindings";
193 :     my $subsystems = "$orgdir/Subsystems/subsystems";
194 :    
195 :     &touch($bindings);
196 :     &touch($subsystems);
197 :    
198 :     my $fh = new FileHandle(">$orgdir/ss.attributes");
199 :     $fh or &fatal("Cannot write $orgdir/ss.attributes: $!");
200 :    
201 :     &run_pipe($fh,
202 :     $get_ss_conns_exe,
203 :     "-figv", $bindings, $subsystems,
204 :     "-orgdir", $orgdir,
205 :     "-g", $genome);
206 :     close($fh);
207 :    
208 :     my $fh = new FileHandle(">$orgdir/taxa_summary_by_blast");
209 :     $fh or &fatal("Cannot write $orgdir/taxa_summary_by_blast: $!");
210 :    
211 :     &run_pipe($fh,
212 :     $summarize_exe,
213 :     "-orgdir", $orgdir,
214 :     $genome);
215 :     close($fh);
216 :     }
217 :    
218 :     #
219 :     # If we are running here, we should have generated sims in the proc/sims.{16s,gg,lsu,ssu} directories.
220 :     # Scan the task.list files in each of them, and concatenate the output into files proc/sims.WHAT.raw.
221 :     #
222 :     sub process_rdp
223 :     {
224 : olson 1.3 my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
225 :    
226 : olson 1.1 for my $name (qw(16s gg lsu ssu))
227 :     {
228 :     my $dir = "$jobdir/proc/sims.$name";
229 :     my $sims = "$jobdir/proc/sims.$name.raw";
230 :    
231 :     consolidate_sims($dir, $sims);
232 :     #
233 :     # Now we can invoke the appropriate analysis.
234 :     #
235 : olson 1.3
236 :     my $besthits = "$orgdir/taxa.$name.besthits";
237 :     my $allhits = "$orgdir/taxa.$name.allhits";
238 : olson 1.1
239 :     if ($name eq 'gg')
240 :     {
241 : olson 1.3 my @cmd = ("$FIG_Config::bin/blast2taxa", $sims, $besthits, $allhits);
242 : olson 1.2 my $rc = system(@cmd);
243 : olson 1.1 if ($rc != 0)
244 :     {
245 :     &fatal("error running $FIG_Config::bin/blast2taxa $sims");
246 :     }
247 :     }
248 :     elsif ($name eq 'lsu' or $name eq 'ssu' or $name eq '16s')
249 :     {
250 :     my $db = $name;
251 :     $db = "rdp" if $name eq '16s';
252 :    
253 :     my @cmd = ("$FIG_Config::bin/16s_taxa_mysql",
254 :     '-d', $db,
255 :     '-b', $sims,
256 :     '-c', '1e-5',
257 :     '-l', '50',
258 : olson 1.3 '-ah', $allhits,
259 :     '-bh', $besthits);
260 : olson 1.1 print "Run @cmd\n";
261 :     my $rc = system(@cmd);
262 :     if ($rc != 0)
263 :     {
264 :     &fatal("error rc=$rc running @cmd");
265 :     }
266 :     }
267 :     }
268 :     }
269 :    
270 :     sub consolidate_sims
271 :     {
272 :     my($dir, $sims) = @_;
273 :     if (! -d $dir)
274 :     {
275 :     &fatal("Sim directory $dir not found");
276 :     }
277 :    
278 :     open(TL, "<$dir/task.list") or &fatal("Cannot open $dir/task.list: $!");
279 :    
280 :     #
281 :     # Open output file.
282 :     #
283 :     open(O, ">$sims") or &fatal("Cannot create $sims: $!");
284 :    
285 :     while (<TL>)
286 :     {
287 :     chomp;
288 :     my ($id, $in, $nr, $flags, $out, $err) = split(/\t/);
289 :    
290 :     if (! -f $out)
291 :     {
292 :     &fatal("Sims output file $out missing for sims dir $dir");
293 :     }
294 :    
295 :     copy($out, \*O);
296 :     }
297 :     close(O);
298 :     }
299 :    
300 :     sub run_pipe
301 :     {
302 :     my($outfh, $cmd, @args) = @_;
303 :    
304 :     my $pid = open(BOUT, "-|");
305 :     if ($pid == 0)
306 :     {
307 :     exec { $cmd } $cmd, @args;
308 :     die "Failed: $!: $cmd @args";
309 :     }
310 :    
311 :     print "Started pid=$pid $cmd @args\n";
312 :    
313 :     while (<BOUT>)
314 :     {
315 :     print $outfh $_;
316 :     }
317 :    
318 :     if (!close(BOUT))
319 :     {
320 :     &fatal("Failed with \$!=$! \$?=$?: $cmd @args");
321 :     }
322 :     }
323 :    
324 :     sub makedir
325 :     {
326 :     my($dir) = @_;
327 :    
328 :     if (! -d $dir)
329 :     {
330 :     mkdir($dir, 0777) or &fatal("mkdir $dir failed: $!");
331 :     }
332 :     chmod 0777, $dir;
333 :     }
334 :    
335 :     sub touch
336 :     {
337 :     my($file) = @_;
338 :     my $fh = new FileHandle(">$file") or &fatal("touch: cannot open $file for writing: $!");
339 :     close($fh);
340 :     }
341 :    
342 :     sub fatal
343 :     {
344 :     my($msg) = @_;
345 :    
346 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
347 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "error");
348 :    
349 :     croak "$0: $msg";
350 :     }
351 :    

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