[Bio] / FortyEightMeta / mg_export.pl Repository:
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1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Create export files.
4 :     #
5 :    
6 :     use DB_File;
7 :     use Data::Dumper;
8 :    
9 :     use Job48;
10 :     use strict;
11 :     use FIG;
12 :     use FIGV;
13 :     use FIG_Config;
14 :     use File::Basename;
15 :     use File::Copy;
16 :     use GenomeMeta;
17 :     use Carp 'croak';
18 :    
19 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
20 :    
21 :     my $jobdir = shift;
22 :    
23 :     my $job_id = basename($jobdir);
24 :     my $job = new Job48($job_id);
25 :    
26 :     $job or die "could not create job for $job\n";
27 :    
28 :     my $meta = $job->meta;
29 :     my $genome = $job->genome_id();
30 :    
31 :     print "Running job! $jobdir\n";
32 :    
33 :     $meta->set_metadata("status.export", "in_progress");
34 :     $meta->set_metadata("export.running", "yes");
35 :    
36 :     #
37 :     # Create genbank and gff exports
38 :     #
39 :    
40 :     my $orgdir = $job->orgdir();
41 :     chdir($jobdir) or &fatal("cannot chdir $jobdir: $!");
42 :     my @cmd = ("$FIG_Config::bin/seed2genbank",
43 :     "-d", $orgdir,
44 :     "-g", $genome,
45 :     "-o", "$genome.gbk.gz",
46 :     "-t", "all");
47 :    
48 :     my $rc = system(@cmd);
49 :    
50 :     if ($rc != 0)
51 :     {
52 :     warn "cmd failed with rc=$rc \$?=$? \$!=$!: @cmd\n";
53 :     }
54 :    
55 :     $meta->set_metadata("status.export", "complete");
56 :     $meta->set_metadata("export.running", "no");
57 :    
58 :     exit(0);
59 :    
60 :     sub fatal
61 :     {
62 :     my($msg) = @_;
63 :    
64 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
65 :     $meta->set_metadata("status.sims_postprocess", "error");
66 :    
67 :     croak "$0: $msg";
68 :     }
69 :    

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