[Bio] / FortyEightMeta / mg_compute_sims_on_timelogic.pl Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FortyEightMeta/mg_compute_sims_on_timelogic.pl

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Thu Oct 11 14:38:33 2007 UTC revision 1.9, Thu Oct 11 16:37:35 2007 UTC
# Line 63  Line 63 
63          map {print OUT ">$_\n",$fa->{$_},"\n"} @subset;          map {print OUT ">$_\n",$fa->{$_},"\n"} @subset;
64          close OUT;          close OUT;
65    
66          my $job = `/decypher/cli/bin/dc_template -query sequences_to_blast -template $tempf -targ $db -priority 9`;          my $tl_job = `/decypher/cli/bin/dc_template -query sequences_to_blast -template $tempf -targ $db -priority 5`;
67          $job =~ s/^OK1\s+//;          $tl_job =~ s/^OK1\s+//;
68          chomp($job);          chomp($tl_job);
69          push(@jobs,$job);          push(@jobs,$tl_job);
70            $job->meta->set_metadata("$tl_job", "submitted");
71      }      }
72    
73      unlink "sequences_to_blast";      unlink "sequences_to_blast";
# Line 87  Line 88 
88              }              }
89              if($_ =~/Completed/){              if($_ =~/Completed/){
90                  $record_jobs = 1;                  $record_jobs = 1;
91    
92              }              }
93              if($_ =~/Running/){              if($_ =~/Running/){
94                  $record_jobs = 0;                  $record_jobs = 0;
# Line 96  Line 98 
98          close(RUN);          close(RUN);
99    
100          $jobs_not_done = 0;          $jobs_not_done = 0;
101          foreach my $job (@jobs){          foreach my $tl_job (@jobs){
102              if(!$completed_jobs{$job}){              if(!$completed_jobs{$tl_job}){
103                  $jobs_not_done = 1;                  $jobs_not_done = 1;
104              }              }
105                else{
106                    $job->meta->set_metadata("$tl_job", "completed");
107                }
108          }          }
109          sleep(60);          sleep(60);
110      }      }

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3