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1 : arodri7 1.1
2 :     #
3 :     # Perform subsystem coverage.
4 :     #
5 :    
6 :     use strict;
7 :     use FIG;
8 :     use FIG_Config;
9 :     use File::Basename;
10 :     use GenomeMeta;
11 :     use Carp 'croak';
12 :    
13 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
14 :    
15 :     my $jobdir = shift;
16 :    
17 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
18 :    
19 :     my $hostname = `hostname`;
20 :     chomp $hostname;
21 :    
22 :     my $genome = &FIG::file_head("$jobdir/GENOME_ID");
23 :     chomp $genome;
24 :     $genome =~ /^\d+\.\d+/ or die "$0: Cannnot find genome ID for jobdir $jobdir\n";
25 :    
26 :     my $job = basename($jobdir);
27 :    
28 :     my $meta_file = "$jobdir/meta.xml";
29 :     my $meta = new GenomeMeta($genome, $meta_file);
30 :    
31 :     my $raw_dir = "$jobdir/raw/$genome";
32 :     my $rp_dir = "$jobdir/rp/$genome";
33 :    
34 :     my $errdir = "$jobdir/rp.errors";
35 :     &FIG::verify_dir($errdir);
36 :    
37 :     if (! -d $raw_dir)
38 :     {
39 :     &fatal("raw genome directory $raw_dir does not exist");
40 :     }
41 :    
42 :     $meta->set_metadata("rp.hostname", $hostname);
43 :    
44 :     #
45 :     # Do the subsytem coverage.
46 :     #
47 :    
48 :     my $tmp = "tmprp.job$job.$$";
49 :     my $tmpdir = "/scratch/$tmp";
50 :    
51 :     &FIG::verify_dir("$jobdir/rp");
52 :    
53 :     #my $reformat_log = "$errdir/subsytem_coverage.stderr";
54 :    
55 :    
56 :    
57 :     my $cmd = "cat $rp_dir/proposed*functions | $FIG_Config::bin/rapid_subsystem_inference $rp_dir/Subsystems 2> $errdir/rapid_subsystem_inference.stderr";
58 :    
59 :    
60 :    
61 :     print "Run $cmd\n";
62 :     $meta->add_log_entry($0, ['running', $cmd]);
63 :    
64 :     $rc = system($cmd);
65 :    
66 :     if ($rc != 0)
67 :     {
68 :     &fatal("rapid_propagation_plasmid command failed with rc=$rc: $cmd\n");
69 :     }
70 :    
71 :    
72 :     $meta->add_log_entry($0, "rapid_subsystem_coverage completed\n");
73 :     $meta->set_metadata("rp.subsystem_coverage", "no");
74 :     $meta->set_metadata("status.subsystem_coverage", "complete");
75 :    
76 :     exit;
77 :    
78 :     sub fatal
79 :     {
80 :     my($msg) = @_;
81 :    
82 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
83 :     $meta->set_metadata("rp.error", $msg);
84 :     $meta->set_metadata("rp.running", "no");
85 :     $meta->set_metadata("status.rp", "error");
86 :    
87 :     croak "$0: $msg";
88 :     }
89 :    

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