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Revision 1.4 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Compute glimmer calls.
4 :     #
5 :    
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use Carp;
8 :     use strict;
9 :     use Job48;
10 :     use FIGV;
11 :     use FIG;
12 :     use FIG_Config;
13 :     use File::Basename;
14 :     use GenomeMeta;
15 :     use Sim;
16 :    
17 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
18 :    
19 :     my $jobdir = shift;
20 :    
21 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
22 :    
23 :     my $job = new Job48($jobdir);
24 :     $job or die "cannot create job for $jobdir";
25 :    
26 :     my $hostname = `hostname`;
27 :     chomp $hostname;
28 :    
29 :     my $genome = $job->genome_id();
30 :     my $meta = $job->meta();
31 :    
32 :     $meta->add_log_entry($0, "start Glimmer processing on $hostname in $jobdir");
33 :    
34 :     my $work = "$jobdir/glimmer_work";
35 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
36 :     my $contigs = "$orgdir/contigs";
37 :    
38 : olson 1.4 $ENV{PATH} = join(":", $ENV{PATH}, $FIG_Config::bin, $FIG_Config::ext_bin);
39 :    
40 : olson 1.1 &FIG::verify_dir($work);
41 :     chdir $work or &fatal("chdir $work failed: $!");
42 :    
43 :     my $code = $meta->get_metadata("genome.genetic_code");
44 :     $code = 11 unless $code;
45 :    
46 :     &run("$FIG_Config::bin/run_glimmer2 $genome $contigs -code=$code > $work/glimmer2.out 2> $work/glimmer2.err");
47 :    
48 :     open(GLIM, "<$work/glimmer2.out") or &fatal("$work/glimmer2.out not readable: $!");
49 :    
50 :     my $fdir = "$orgdir/Features/glimmer";
51 :     &FIG::verify_dir($fdir);
52 :    
53 :     open(TBL, ">$fdir/tbl") or &fatal("Cannot open $fdir/tbl for writing: $!");
54 :     open(FA, ">$fdir/fasta") or &fatal("Cannot open $fdir/fasta for writing: $!");
55 :    
56 :     my $next_id = 1;
57 :    
58 :     my $figv = $job->get_figv();
59 :    
60 :     my $code_table = &FIG::genetic_code($code);
61 :    
62 :     while (<GLIM>)
63 :     {
64 :     chomp;
65 :    
66 :     my($id, $loc) = split(/\t/);
67 :    
68 :     my $dna = $figv->dna_seq($genome, $loc);
69 :    
70 :     my $trans = &FIG::translate($dna, $code_table, 1);
71 :    
72 :     $trans =~ s/\*$//;
73 :    
74 :     my $cid = "fig|$genome.glimmer.$next_id";
75 :     $next_id++;
76 :     print TBL "$cid\t$loc\n";
77 :     &FIG::display_id_and_seq($cid, \$trans, \*FA);
78 :     }
79 :    
80 :     close(GLIM);
81 :     close(TBL);
82 :     close(FA);
83 :    
84 :     $meta->add_log_entry($0, "finish glimmer computation on $jobdir");
85 :     $meta->set_metadata("status.glimmer", "complete");
86 : olson 1.3 $meta->set_metadata("glimmer.running", "no");
87 : olson 1.1 exit(0);
88 :    
89 :     sub run
90 :     {
91 :     my(@cmd) = @_;
92 :     print "Run @cmd\n";
93 :     my $rc = system(@cmd);
94 :     $rc == 0 or &fatal("Cmd failed with rc=$rc: @cmd");
95 :     }
96 :    
97 :     sub fatal
98 :     {
99 :     my($msg) = @_;
100 :    
101 :     if ($meta)
102 :     {
103 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
104 : olson 1.2 $meta->set_metadata("status.glimmer", "error");
105 : olson 1.3 $meta->set_metadata("glimmer.running", "no");
106 : olson 1.1 }
107 :    
108 :     croak "$0: $msg";
109 :     }
110 :    

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