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1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Compute glimmer calls.
4 :     #
5 :    
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use Carp;
8 :     use strict;
9 :     use Job48;
10 :     use FIGV;
11 :     use FIG;
12 :     use FIG_Config;
13 :     use File::Basename;
14 :     use GenomeMeta;
15 :     use Sim;
16 :    
17 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
18 :    
19 :     my $jobdir = shift;
20 :    
21 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
22 :    
23 :     my $job = new Job48($jobdir);
24 :     $job or die "cannot create job for $jobdir";
25 :    
26 :     my $hostname = `hostname`;
27 :     chomp $hostname;
28 :    
29 :     my $genome = $job->genome_id();
30 :     my $meta = $job->meta();
31 :    
32 :     $meta->add_log_entry($0, "start Glimmer processing on $hostname in $jobdir");
33 :    
34 :     my $work = "$jobdir/glimmer_work";
35 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
36 :     my $contigs = "$orgdir/contigs";
37 :    
38 :     &FIG::verify_dir($work);
39 :     chdir $work or &fatal("chdir $work failed: $!");
40 :    
41 :     my $code = $meta->get_metadata("genome.genetic_code");
42 :     $code = 11 unless $code;
43 :    
44 :     &run("$FIG_Config::bin/run_glimmer2 $genome $contigs -code=$code > $work/glimmer2.out 2> $work/glimmer2.err");
45 :    
46 :     open(GLIM, "<$work/glimmer2.out") or &fatal("$work/glimmer2.out not readable: $!");
47 :    
48 :     my $fdir = "$orgdir/Features/glimmer";
49 :     &FIG::verify_dir($fdir);
50 :    
51 :     open(TBL, ">$fdir/tbl") or &fatal("Cannot open $fdir/tbl for writing: $!");
52 :     open(FA, ">$fdir/fasta") or &fatal("Cannot open $fdir/fasta for writing: $!");
53 :    
54 :     my $next_id = 1;
55 :    
56 :     my $figv = $job->get_figv();
57 :    
58 :     my $code_table = &FIG::genetic_code($code);
59 :    
60 :     while (<GLIM>)
61 :     {
62 :     chomp;
63 :    
64 :     my($id, $loc) = split(/\t/);
65 :    
66 :     my $dna = $figv->dna_seq($genome, $loc);
67 :    
68 :     my $trans = &FIG::translate($dna, $code_table, 1);
69 :    
70 :     $trans =~ s/\*$//;
71 :    
72 :     my $cid = "fig|$genome.glimmer.$next_id";
73 :     $next_id++;
74 :     print TBL "$cid\t$loc\n";
75 :     &FIG::display_id_and_seq($cid, \$trans, \*FA);
76 :     }
77 :    
78 :     close(GLIM);
79 :     close(TBL);
80 :     close(FA);
81 :    
82 :     $meta->add_log_entry($0, "finish glimmer computation on $jobdir");
83 :     $meta->set_metadata("status.glimmer", "complete");
84 :     exit(0);
85 :    
86 :     sub run
87 :     {
88 :     my(@cmd) = @_;
89 :     print "Run @cmd\n";
90 :     my $rc = system(@cmd);
91 :     $rc == 0 or &fatal("Cmd failed with rc=$rc: @cmd");
92 :     }
93 :    
94 :     sub fatal
95 :     {
96 :     my($msg) = @_;
97 :    
98 :     if ($meta)
99 :     {
100 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
101 : olson 1.2 $meta->set_metadata("status.glimmer", "error");
102 : olson 1.1 }
103 :    
104 :     croak "$0: $msg";
105 :     }
106 :    

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