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Revision 1.4 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Compute critica calls.
4 :     #
5 :    
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use Carp;
8 :     use strict;
9 :     use Job48;
10 :     use FIGV;
11 :     use FIG;
12 :     use FIG_Config;
13 :     use File::Basename;
14 :     use GenomeMeta;
15 :     use Sim;
16 :    
17 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
18 :    
19 :     my $jobdir = shift;
20 :    
21 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
22 :    
23 :     my $job = new Job48($jobdir);
24 :     $job or die "cannot create job for $jobdir";
25 :    
26 :     my $hostname = `hostname`;
27 :     chomp $hostname;
28 :    
29 :     my $genome = $job->genome_id();
30 :     my $meta = $job->meta();
31 :    
32 :     $meta->add_log_entry($0, "start Critica processing on $hostname in $jobdir");
33 :    
34 :     my $nt = "/vol/critica/seed-features.nt";
35 :    
36 :     my $crit_bin = "/vol/critica/bin";
37 :     my $crit_scripts = "/vol/critica/scripts";
38 :    
39 : olson 1.4 #
40 :     # need to set up the PERL5LIB for our children so critica can find stuff
41 :     # installed in the perl environment.
42 :     #
43 :    
44 :     $ENV{PERL5LIB} = join(":", @INC);
45 :     $ENV{PATH} = join(":", $ENV{PATH}, $FIG_Config::bin, $FIG_Config::ext_bin);
46 :    
47 : olson 1.1 $ENV{CRITICA_BLASTN} = "$FIG_Config::ext_bin/blastall -p blastn";
48 :     $ENV{CRITICA_BLASTPARM} = "-gF -e1e-4";
49 :     $ENV{CRITICA_BLASTDB} = "-d $nt -i";
50 :    
51 :     $ENV{PATH} = join(":", $ENV{PATH}, $crit_bin, $crit_scripts);
52 :    
53 :     my $work = "$jobdir/critica_work";
54 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
55 :     my $contigs = "$orgdir/contigs";
56 :    
57 :     &FIG::verify_dir($work);
58 :     chdir $work or &fatal("chdir $work failed: $!");
59 :    
60 : olson 1.2 my $code = $meta->get_metadata("genome.genetic_code");
61 :     $code = 11 unless $code;
62 :    
63 : olson 1.1 if (0 or (not -s "$work/orfs3.cds"))
64 :     {
65 :     &run("$crit_scripts/blast-contigs $contigs > $work/contigs.blast");
66 :    
67 :     &run("$crit_scripts/make-blastpairs $work/contigs.blast > $work/contigs.blast.pairs");
68 :     &run("$crit_bin/scanblastpairs $contigs $work/contigs.blast.pairs $work/contigs.triplets");
69 : olson 1.2 &run("$crit_scripts/iterate-critica -genetic-code=$code $work/orfs $contigs $work/contigs.triplets");
70 : olson 1.1 }
71 :    
72 :     #
73 :     # We should have our orfs finished in orfs3.cds now. Parse that and create
74 :     # critica features.
75 :     #
76 :    
77 :     open(CRIT, "<$work/orfs3.cds") or &fatal("$work/orfs3.cds not readable: $!");
78 :    
79 :     my $fdir = "$orgdir/Features/critica";
80 :     &FIG::verify_dir($fdir);
81 :    
82 :     open(TBL, ">$fdir/tbl") or &fatal("Cannot open $fdir/tbl for writing: $!");
83 :     open(FA, ">$fdir/fasta") or &fatal("Cannot open $fdir/fasta for writing: $!");
84 :    
85 :     my $id = 1;
86 :    
87 :     my $figv = $job->get_figv();
88 :    
89 :     my $code_table = &FIG::genetic_code($code);
90 :    
91 :     while (<CRIT>)
92 :     {
93 :     chomp;
94 :    
95 :     my($contig, $start, $stop, $pval, $mval, $comp, $dicod, $init_score,
96 :     $init_seq, $sd1, $sd2, $sd3) = split(/\s+/);
97 :    
98 :     my $loc = join("_", $contig, $start, $stop);
99 :     my $dna = $figv->dna_seq($genome, $loc);
100 :    
101 :     my $trans = &FIG::translate($dna, $code_table, 1);
102 :     $trans =~ s/\*$//;
103 :    
104 :     my $cid = "fig|$genome.critica.$id";
105 :     $id++;
106 :     print TBL "$cid\t$loc\n";
107 :     &FIG::display_id_and_seq($cid, \$trans, \*FA);
108 :     }
109 :    
110 :     close(CRIT);
111 :     close(TBL);
112 :     close(FA);
113 :    
114 :     $meta->add_log_entry($0, "finish critica computation on $jobdir");
115 :     $meta->set_metadata("status.critica", "complete");
116 : olson 1.3 $meta->set_metadata("critica.running", "no");
117 : olson 1.1 exit(0);
118 :    
119 :    
120 :     sub run
121 :     {
122 :     my(@cmd) = @_;
123 :     print "Run @cmd\n";
124 :     my $rc = system(@cmd);
125 :     $rc == 0 or &fatal("Cmd failed with rc=$rc: @cmd");
126 :     }
127 :    
128 :     sub fatal
129 :     {
130 :     my($msg) = @_;
131 :    
132 :     if ($meta)
133 :     {
134 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
135 : olson 1.2 $meta->set_metadata("status.critica", "error");
136 : olson 1.3 $meta->set_metadata("critica.running", "no");
137 : olson 1.1 }
138 :    
139 :     croak "$0: $msg";
140 :     }
141 :    

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