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Revision 1.2 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Compute critica calls.
4 :     #
5 :    
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use Carp;
8 :     use strict;
9 :     use Job48;
10 :     use FIGV;
11 :     use FIG;
12 :     use FIG_Config;
13 :     use File::Basename;
14 :     use GenomeMeta;
15 :     use Sim;
16 :    
17 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
18 :    
19 :     my $jobdir = shift;
20 :    
21 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
22 :    
23 :     my $job = new Job48($jobdir);
24 :     $job or die "cannot create job for $jobdir";
25 :    
26 :     my $hostname = `hostname`;
27 :     chomp $hostname;
28 :    
29 :     my $genome = $job->genome_id();
30 :     my $meta = $job->meta();
31 :    
32 :     $meta->add_log_entry($0, "start Critica processing on $hostname in $jobdir");
33 :    
34 :     my $nt = "/vol/critica/seed-features.nt";
35 :    
36 :     my $crit_bin = "/vol/critica/bin";
37 :     my $crit_scripts = "/vol/critica/scripts";
38 :    
39 :     $ENV{CRITICA_BLASTN} = "$FIG_Config::ext_bin/blastall -p blastn";
40 :     $ENV{CRITICA_BLASTPARM} = "-gF -e1e-4";
41 :     $ENV{CRITICA_BLASTDB} = "-d $nt -i";
42 :    
43 :     $ENV{PATH} = join(":", $ENV{PATH}, $crit_bin, $crit_scripts);
44 :    
45 :     my $work = "$jobdir/critica_work";
46 :     my $orgdir = "$jobdir/rp/$genome";
47 :     my $contigs = "$orgdir/contigs";
48 :    
49 :     &FIG::verify_dir($work);
50 :     chdir $work or &fatal("chdir $work failed: $!");
51 :    
52 : olson 1.2 my $code = $meta->get_metadata("genome.genetic_code");
53 :     $code = 11 unless $code;
54 :    
55 : olson 1.1 if (0 or (not -s "$work/orfs3.cds"))
56 :     {
57 :     &run("$crit_scripts/blast-contigs $contigs > $work/contigs.blast");
58 :    
59 :     &run("$crit_scripts/make-blastpairs $work/contigs.blast > $work/contigs.blast.pairs");
60 :     &run("$crit_bin/scanblastpairs $contigs $work/contigs.blast.pairs $work/contigs.triplets");
61 : olson 1.2 &run("$crit_scripts/iterate-critica -genetic-code=$code $work/orfs $contigs $work/contigs.triplets");
62 : olson 1.1 }
63 :    
64 :     #
65 :     # We should have our orfs finished in orfs3.cds now. Parse that and create
66 :     # critica features.
67 :     #
68 :    
69 :     open(CRIT, "<$work/orfs3.cds") or &fatal("$work/orfs3.cds not readable: $!");
70 :    
71 :     my $fdir = "$orgdir/Features/critica";
72 :     &FIG::verify_dir($fdir);
73 :    
74 :     open(TBL, ">$fdir/tbl") or &fatal("Cannot open $fdir/tbl for writing: $!");
75 :     open(FA, ">$fdir/fasta") or &fatal("Cannot open $fdir/fasta for writing: $!");
76 :    
77 :     my $id = 1;
78 :    
79 :     my $figv = $job->get_figv();
80 :    
81 :     my $code_table = &FIG::genetic_code($code);
82 :    
83 :     while (<CRIT>)
84 :     {
85 :     chomp;
86 :    
87 :     my($contig, $start, $stop, $pval, $mval, $comp, $dicod, $init_score,
88 :     $init_seq, $sd1, $sd2, $sd3) = split(/\s+/);
89 :    
90 :     my $loc = join("_", $contig, $start, $stop);
91 :     my $dna = $figv->dna_seq($genome, $loc);
92 :    
93 :     my $trans = &FIG::translate($dna, $code_table, 1);
94 :     $trans =~ s/\*$//;
95 :    
96 :     my $cid = "fig|$genome.critica.$id";
97 :     $id++;
98 :     print TBL "$cid\t$loc\n";
99 :     &FIG::display_id_and_seq($cid, \$trans, \*FA);
100 :     }
101 :    
102 :     close(CRIT);
103 :     close(TBL);
104 :     close(FA);
105 :    
106 :     $meta->add_log_entry($0, "finish critica computation on $jobdir");
107 :     $meta->set_metadata("status.critica", "complete");
108 :     exit(0);
109 :    
110 :    
111 :     sub run
112 :     {
113 :     my(@cmd) = @_;
114 :     print "Run @cmd\n";
115 :     my $rc = system(@cmd);
116 :     $rc == 0 or &fatal("Cmd failed with rc=$rc: @cmd");
117 :     }
118 :    
119 :     sub fatal
120 :     {
121 :     my($msg) = @_;
122 :    
123 :     if ($meta)
124 :     {
125 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
126 : olson 1.2 $meta->set_metadata("status.critica", "error");
127 : olson 1.1 }
128 :    
129 :     croak "$0: $msg";
130 :     }
131 :    

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