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Revision 1.3 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # Chunk a fasta file into pieces suitable for cluster BLAST calculations.
3 :     #
4 :     # We are provided the NR and peg.synonyms files that should be used for this.
5 :     #
6 :     # Usage: rp_chunk_sims fasta-file nr peg.synonyms sims-job-dir
7 :     #
8 :     # We write a file task.list into sims-job-dir that contains the list of work units.
9 :     #
10 :     # The work units will write raw sims into sims-job-dir/sims.raw
11 :     #
12 :    
13 :     use strict;
14 :     use File::Basename;
15 :     use Cwd 'abs_path';
16 :    
17 : olson 1.3 my $usage = "Usage: $0 [-size max-size] fasta-file nr peg.synonyms sims-job-dir";
18 :    
19 :     my $max_size = 10_000;
20 :    
21 :     while (@ARGV > 0 and $ARGV[0] =~ /^-/)
22 :     {
23 :     my $arg = shift @ARGV;
24 :     if ($arg =~ /^-size/)
25 :     {
26 :     $max_size = shift @ARGV;
27 :     }
28 :     else
29 :     {
30 :     die $usage;
31 :     }
32 :     }
33 :    
34 :     @ARGV == 4 or die $usage;
35 : olson 1.1
36 :     my $fasta = shift;
37 :     my $nr_file = shift;
38 :     my $pegsyn = shift;
39 :     my $jobdir = shift;
40 :    
41 :     -d $jobdir or mkdir $jobdir or die "Cannot mkdir $jobdir: $!\n";
42 :    
43 :     my $next_task = 1;
44 :     my $last_task;
45 :    
46 :     my $task_file = "$jobdir/task.list";
47 :     my $input_dir = "$jobdir/sims.in";
48 :     my $output_dir = "$jobdir/sims.raw";
49 :     my $error_dir = "$jobdir/sims.err";
50 :    
51 :     -d $input_dir or mkdir $input_dir or die "Cannot mkdir $input_dir: $!\n";
52 :     -d $output_dir or mkdir $output_dir or die "Cannot mkdir $output_dir: $!\n";
53 :     -d $error_dir or mkdir $error_dir or die "Cannot mkdir $error_dir: $!\n";
54 :    
55 :     my $flags = "-m 8 -e 1.0e-5 -FF -p blastp";
56 :    
57 :     my @fasta_files = ($fasta);
58 :    
59 :     open(TASK, ">$task_file") or die "Cannot write $task_file: $!";
60 :    
61 :     #
62 :     # Buzz through once to ensure we can open them.
63 :     #
64 :     for my $file (@fasta_files)
65 :     {
66 :     open(F, "<$file") or die "Cannot open $file: $!\n";
67 :     close(F);
68 :     }
69 :    
70 :     for my $file (@fasta_files)
71 :     {
72 :     my $cur_size = 0;
73 :     my $cur_input = '';
74 :    
75 :     my $base = basename($file);
76 :     $file = abs_path($file);
77 :    
78 :     open(F, "<$file") or die "Cannot open $file: $!\n";
79 :    
80 :     print "Chunk file $file\n";
81 :    
82 :     while (<F>)
83 :     {
84 :     if (/^>/)
85 :     {
86 :     if ($cur_size >= $max_size)
87 :     {
88 :     write_task($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $cur_input);
89 :     $cur_size = 0;
90 :     $cur_input = '';
91 :     }
92 :     $cur_input .= $_;
93 :     $cur_size += length($_);
94 :     }
95 :     else
96 :     {
97 :     $cur_input .= $_;
98 :     $cur_size += length($_);
99 :     }
100 :     }
101 :     if ($cur_size >= 0)
102 :     {
103 :     write_task($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $cur_input);
104 :     $cur_size = 0;
105 :     $cur_input = '';
106 :     }
107 :     close(F);
108 :     }
109 :     close(TASK);
110 :    
111 :     print "tasks\t1\t$last_task\n";
112 :    
113 :     #
114 :     # Write an input chunk to $dir.
115 :     # Write a line on the
116 :     sub write_task
117 :     {
118 :     my($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $fasta) = @_;
119 :    
120 :     my $task = $next_task++;
121 :    
122 :     my $idir = "$input_dir/$base";
123 :     my $odir = "$output_dir/$base";
124 :     my $edir = "$error_dir/$base";
125 :    
126 :     -d $idir or mkdir($idir) or die "Cannot mkdir $idir: $!\n";
127 :     -d $odir or mkdir($odir) or die "Cannot mkdir $odir: $!\n";
128 :     -d $edir or mkdir($edir) or die "Cannot mkdir $edir: $!\n";
129 :    
130 :     my $in = "$idir/in.$task";
131 :     my $out = "$odir/out.$task";
132 :     my $err = "$edir/err.$task";
133 :    
134 :     open(I, ">$in") or die "Cannot write $in: $!";
135 :     print I $fasta;
136 :     close(I);
137 :     print TASK join("\t", $task, $in, $nr_file, $flags, $out, $err), "\n";
138 :     $last_task = $task;
139 :     }

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