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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1 #
2 :     # Chunk a fasta file into pieces suitable for cluster BLAST calculations.
3 :     #
4 :     # We are provided the NR and peg.synonyms files that should be used for this.
5 :     #
6 :     # Usage: rp_chunk_sims fasta-file nr peg.synonyms sims-job-dir
7 :     #
8 :     # We write a file task.list into sims-job-dir that contains the list of work units.
9 :     #
10 :     # The work units will write raw sims into sims-job-dir/sims.raw
11 :     #
12 :    
13 :     use strict;
14 :     use File::Basename;
15 :     use Cwd 'abs_path';
16 :    
17 :     @ARGV == 4 or die "Usage: $0 fasta-file nr peg.synonyms sims-job-dir\n";
18 :    
19 :     my $fasta = shift;
20 :     my $nr_file = shift;
21 :     my $pegsyn = shift;
22 :     my $jobdir = shift;
23 :    
24 :     -d $jobdir or mkdir $jobdir or die "Cannot mkdir $jobdir: $!\n";
25 :    
26 :     my $max_size = 20_000;
27 :     my $next_task = 1;
28 :     my $last_task;
29 :    
30 :     my $task_file = "$jobdir/task.list";
31 :     my $input_dir = "$jobdir/sims.in";
32 :     my $output_dir = "$jobdir/sims.raw";
33 :     my $error_dir = "$jobdir/sims.err";
34 :    
35 :     -d $input_dir or mkdir $input_dir or die "Cannot mkdir $input_dir: $!\n";
36 :     -d $output_dir or mkdir $output_dir or die "Cannot mkdir $output_dir: $!\n";
37 :     -d $error_dir or mkdir $error_dir or die "Cannot mkdir $error_dir: $!\n";
38 :    
39 :     my $flags = "-m 8 -e 1.0e-5 -FF -p blastp";
40 :    
41 :     my @fasta_files = ($fasta);
42 :    
43 :     open(TASK, ">$task_file") or die "Cannot write $task_file: $!";
44 :    
45 :     #
46 :     # Buzz through once to ensure we can open them.
47 :     #
48 :     for my $file (@fasta_files)
49 :     {
50 :     open(F, "<$file") or die "Cannot open $file: $!\n";
51 :     close(F);
52 :     }
53 :    
54 :     for my $file (@fasta_files)
55 :     {
56 :     my $cur_size = 0;
57 :     my $cur_input = '';
58 :    
59 :     my $base = basename($file);
60 :     $file = abs_path($file);
61 :    
62 :     open(F, "<$file") or die "Cannot open $file: $!\n";
63 :    
64 :     print "Chunk file $file\n";
65 :    
66 :     while (<F>)
67 :     {
68 :     if (/^>/)
69 :     {
70 :     if ($cur_size >= $max_size)
71 :     {
72 :     write_task($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $cur_input);
73 :     $cur_size = 0;
74 :     $cur_input = '';
75 :     }
76 :     $cur_input .= $_;
77 :     $cur_size += length($_);
78 :     }
79 :     else
80 :     {
81 :     $cur_input .= $_;
82 :     $cur_size += length($_);
83 :     }
84 :     }
85 :     if ($cur_size >= 0)
86 :     {
87 :     write_task($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $cur_input);
88 :     $cur_size = 0;
89 :     $cur_input = '';
90 :     }
91 :     close(F);
92 :     }
93 :     close(TASK);
94 :    
95 :     print "tasks\t1\t$last_task\n";
96 :    
97 :     #
98 :     # Write an input chunk to $dir.
99 :     # Write a line on the
100 :     sub write_task
101 :     {
102 :     my($base, $input_dir, $output_dir, $error_dir, $fasta) = @_;
103 :    
104 :     my $task = $next_task++;
105 :    
106 :     my $idir = "$input_dir/$base";
107 :     my $odir = "$output_dir/$base";
108 :     my $edir = "$error_dir/$base";
109 :    
110 :     -d $idir or mkdir($idir) or die "Cannot mkdir $idir: $!\n";
111 :     -d $odir or mkdir($odir) or die "Cannot mkdir $odir: $!\n";
112 :     -d $edir or mkdir($edir) or die "Cannot mkdir $edir: $!\n";
113 :    
114 :     my $in = "$idir/in.$task";
115 :     my $out = "$odir/out.$task";
116 :     my $err = "$edir/err.$task";
117 :    
118 :     open(I, ">$in") or die "Cannot write $in: $!";
119 :     print I $fasta;
120 :     close(I);
121 :     print TASK join("\t", $task, $in, $nr_file, $flags, $out, $err), "\n";
122 :     $last_task = $task;
123 :     }

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