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1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Perform auto-assignment on unassigned pegs.
4 :     #
5 :    
6 :     use strict;
7 :     use FIG;
8 :     use FIG_Config;
9 :     use File::Basename;
10 :     use GenomeMeta;
11 : olson 1.5 use Carp 'croak';
12 : olson 1.1
13 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
14 :    
15 :     my $jobdir = shift;
16 :    
17 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
18 :    
19 :     my $genome = &FIG::file_head("$jobdir/GENOME_ID");
20 :     chomp $genome;
21 :     $genome =~ /^\d+\.\d+/ or die "$0: Cannnot find genome ID for jobdir $jobdir\n";
22 :    
23 :     my $meta = new GenomeMeta($genome, "$jobdir/meta.xml");
24 :    
25 :     my $tbl = "$jobdir/rp/$genome/Features/peg/tbl";
26 :     -f $tbl or die "$0: Cannot find tbl file $tbl\n";
27 :    
28 :     my $proposed = "$jobdir/rp/$genome/proposed_functions";
29 :    
30 :     my %done;
31 :    
32 :     if (!open(PROP, "<$proposed"))
33 :     {
34 :     warn "could not open proposed functions $proposed: $!";
35 :     $meta->add_log_entry($0, "could not open proposed fucntions $proposed");
36 :     }
37 :     else
38 :     {
39 :     while (<PROP>)
40 :     {
41 :     chomp;
42 :     my($peg, $assign) = split;
43 :     $done{$peg} = $assign;
44 :     }
45 :     close(PROP);
46 :     }
47 :    
48 : olson 1.4 my $simfile = "$jobdir/rp/$genome/expanded_similarities";
49 : olson 1.1
50 :     open(TBL, "<$tbl") or &fatal("Cannot open tbl file $tbl: $!");
51 :    
52 : olson 1.6 my $cmd = "$FIG_Config::bin/auto_assign -orgdir $jobdir/rp/$genome > $jobdir/rp/$genome/proposed_non_ff_functions";
53 : olson 1.1 print "running $cmd\n";
54 :     open(AA, "| $cmd")
55 :     or &fatal("aa failed: $!");
56 :    
57 :     my $peg_count = 0;
58 :     while (<TBL>)
59 :     {
60 :     chomp;
61 :     my($peg, @rest) = split(/\t/);
62 :     if (!$done{$peg})
63 :     {
64 :     $peg_count++;
65 :     print AA "$peg\n";
66 :     }
67 :     }
68 :     close(TBL);
69 :    
70 :     $meta->add_log_entry($0, "computing auto_assign on $peg_count pegs");
71 :    
72 :     if (!close(AA))
73 :     {
74 :     &fatal("error on close \$?=$? \$!=$!");
75 :     }
76 :    
77 : olson 1.8 #
78 :     # When auto assign is complete, we are able to submit the model computation.
79 :     #
80 :    
81 :     if ($meta->get_metadata("model_build.enabled"))
82 :     {
83 :     my $link = '';
84 :     $meta->set_metaata("model_build.viewing_link", $link);
85 :     }
86 :    
87 :    
88 : olson 1.1 $meta->add_log_entry($0, "auto_assign completed\n");
89 :     $meta->set_metadata("status.auto_assign", "complete");
90 : olson 1.7 $meta->set_metadata("auto_assign.running", "no");
91 : olson 1.1
92 :     sub fatal
93 :     {
94 :     my($msg) = @_;
95 :    
96 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
97 :     $meta->set_metadata("status.auto_assign", "error");
98 :    
99 :     croak "$0: $msg";
100 :     }
101 :    

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