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Revision 1.12 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Perform auto-assignment on unassigned pegs.
4 :     #
5 :    
6 :     use strict;
7 :     use FIG;
8 :     use FIG_Config;
9 :     use File::Basename;
10 :     use GenomeMeta;
11 : olson 1.5 use Carp 'croak';
12 : olson 1.11 use Job48;
13 : olson 1.1
14 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
15 :    
16 :     my $jobdir = shift;
17 :    
18 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
19 :    
20 :     my $genome = &FIG::file_head("$jobdir/GENOME_ID");
21 :     chomp $genome;
22 :     $genome =~ /^\d+\.\d+/ or die "$0: Cannnot find genome ID for jobdir $jobdir\n";
23 :    
24 :     my $meta = new GenomeMeta($genome, "$jobdir/meta.xml");
25 :    
26 :     my $tbl = "$jobdir/rp/$genome/Features/peg/tbl";
27 :     -f $tbl or die "$0: Cannot find tbl file $tbl\n";
28 :    
29 :     my $proposed = "$jobdir/rp/$genome/proposed_functions";
30 :    
31 :     my %done;
32 :    
33 :     if (!open(PROP, "<$proposed"))
34 :     {
35 :     warn "could not open proposed functions $proposed: $!";
36 :     $meta->add_log_entry($0, "could not open proposed fucntions $proposed");
37 :     }
38 :     else
39 :     {
40 :     while (<PROP>)
41 :     {
42 :     chomp;
43 :     my($peg, $assign) = split;
44 :     $done{$peg} = $assign;
45 :     }
46 :     close(PROP);
47 :     }
48 :    
49 : olson 1.4 my $simfile = "$jobdir/rp/$genome/expanded_similarities";
50 : olson 1.1
51 :     open(TBL, "<$tbl") or &fatal("Cannot open tbl file $tbl: $!");
52 :    
53 : olson 1.6 my $cmd = "$FIG_Config::bin/auto_assign -orgdir $jobdir/rp/$genome > $jobdir/rp/$genome/proposed_non_ff_functions";
54 : olson 1.1 print "running $cmd\n";
55 :     open(AA, "| $cmd")
56 :     or &fatal("aa failed: $!");
57 :    
58 :     my $peg_count = 0;
59 :     while (<TBL>)
60 :     {
61 :     chomp;
62 :     my($peg, @rest) = split(/\t/);
63 :     if (!$done{$peg})
64 :     {
65 :     $peg_count++;
66 :     print AA "$peg\n";
67 :     }
68 :     }
69 :     close(TBL);
70 :    
71 :     $meta->add_log_entry($0, "computing auto_assign on $peg_count pegs");
72 :    
73 :     if (!close(AA))
74 :     {
75 :     &fatal("error on close \$?=$? \$!=$!");
76 :     }
77 :    
78 : olson 1.8 #
79 :     # When auto assign is complete, we are able to submit the model computation.
80 :     #
81 :    
82 :     if ($meta->get_metadata("model_build.enabled"))
83 :     {
84 : olson 1.11 my $userid;
85 :     my $link;
86 :     eval {
87 :     my $job = Job48->new($jobdir);
88 : olson 1.12 my $uo = $job->getUserObject;
89 : olson 1.11 if ($uo)
90 :     {
91 :     $userid = $uo->_id;
92 :     }
93 :     };
94 :    
95 :     if (defined($userid))
96 :     {
97 :     $link = "http://seed-viewer.theseed.org/seedviewer.cgi?model=Seed${genome}.${userid}&page=ModelView";
98 :     }
99 :     else
100 :     {
101 :     $meta->add_log_entry($0, "Could not get user id");
102 :     }
103 :    
104 :    
105 : olson 1.9 my $user = &FIG::file_head("$jobdir/USER", 1);
106 :     chomp $user;
107 : olson 1.10 my $cmd = ("/vol/model-prod/FIGdisk/bin/ModelDriver.sh 'createmodelfile?$genome?1?$user' > $jobdir/rp.errors/create_model.stderr 2>&1");
108 : olson 1.9 my $rc = system($cmd);
109 :     if ($rc != 0)
110 :     {
111 :     $meta->add_log_entry($0, ['error creating model', $rc]);
112 :     }
113 :     else
114 :     {
115 :     $meta->add_log_entry($0, ['model submitted']);
116 :    
117 : olson 1.11 if (defined($link))
118 :     {
119 :     $meta->set_metadata("model_build.viewing_link", $link) ;
120 :     }
121 : olson 1.9 }
122 : olson 1.8 }
123 :    
124 :    
125 : olson 1.1 $meta->add_log_entry($0, "auto_assign completed\n");
126 :     $meta->set_metadata("status.auto_assign", "complete");
127 : olson 1.7 $meta->set_metadata("auto_assign.running", "no");
128 : olson 1.1
129 :     sub fatal
130 :     {
131 :     my($msg) = @_;
132 :    
133 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
134 :     $meta->set_metadata("status.auto_assign", "error");
135 :    
136 :     croak "$0: $msg";
137 :     }
138 :    

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