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1 : mkubal 1.1
2 :     #
3 :     # Compute cell localization of proteins using CELLO server and create attribute data.
4 :     #
5 :    
6 :     use Data::Dumper;
7 :     use Carp;
8 :     use strict;
9 :     use FIG;
10 :     use FIG_Config;
11 :     use File::Basename;
12 :     use GenomeMeta;
13 :     use Sim;
14 :    
15 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
16 :    
17 :     my $jobdir = shift;
18 :    
19 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
20 :    
21 :     my $hostname = `hostname`;
22 :     chomp $hostname;
23 :    
24 :     my $genome = &FIG::file_head("$jobdir/GENOME_ID");
25 :     chomp $genome;
26 :     $genome =~ /^\d+\.\d+/ or die "$0: Cannnot find genome ID for jobdir $jobdir\n";
27 :    
28 :     my $meta = new GenomeMeta($genome, "$jobdir/meta.xml");
29 :    
30 :     my $genome_dir = "$jobdir/rp/$genome";
31 :    
32 :     my @apps = qw(rp_CELLO_search
33 :     rp_make_CELLO_attributes
34 : olson 1.2 rp_index_attributes
35 : mkubal 1.1 );
36 :    
37 :     $meta->set_metadata("cello.hostname", $hostname);
38 :    
39 :     for my $app (@apps)
40 :     {
41 :     $meta->add_log_entry($0, "start $app on $hostname in $jobdir");
42 :    
43 :     my $cmd = "$FIG_Config::bin/$app $jobdir $genome > $jobdir/rp.errors/$app.stderr 2>&1";
44 :     warn "Compute: $cmd\n";
45 :     my $rc = system($cmd);
46 :     if ($rc != 0)
47 :     {
48 :     &fatal("$app computation failed with rc=$rc");
49 :     }
50 :     }
51 :    
52 :     $meta->add_log_entry($0, "finish cello computation on $jobdir");
53 :     $meta->set_metadata("status.cello", "complete");
54 :     exit(0);
55 :    
56 :     sub fatal
57 :     {
58 :     my($msg) = @_;
59 :    
60 :     if ($meta)
61 :     {
62 :     $meta->add_log_entry($0, ['fatal error', $msg]);
63 :     $meta->set_metadata("status.cello", "error");
64 :     }
65 :    
66 :     croak "$0: $msg";
67 :     }
68 :    

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