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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     #
3 :     # Compute sims for the NR build.
4 :     #
5 :     # This
6 :     #
7 :    
8 :     use strict;
9 :     use FIG;
10 :     use FIG_Config;
11 :     use File::Basename;
12 :     use ImportJob;
13 :     use GenomeMeta;
14 :     use JobStage;
15 :    
16 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 job-dir\n";
17 :    
18 :     my $jobdir = shift;
19 :    
20 :     -d $jobdir or die "$0: job dir $jobdir does not exist\n";
21 :    
22 :     my $stage = new JobStage('ImportJob', 'build_nr', $jobdir);
23 :    
24 :     $stage or die "$0: Could not create job object";
25 :    
26 :     $stage->log("Running on " . $stage->hostname);
27 :    
28 :     $stage->set_status("running");
29 :     $stage->set_running("yes");
30 :    
31 :     $stage->set_qualified_metadata("host", $stage->hostname);
32 :    
33 :     my @cmd = ("$FIG_Config::bin/build_nr",
34 :     "-emit-singleton-sets",
35 :     "-skip-duplicates",
36 :     "$jobdir/nr.sources",
37 :     "$jobdir/prev_nr",
38 :     "$jobdir/prev_syn",
39 :     "$jobdir/nr",
40 :     "$jobdir/peg.synonyms");
41 :    
42 :     $stage->log("Run @cmd");
43 :    
44 :     my $pid = open(P, "-|");
45 :     $stage->log("created child $pid");
46 :    
47 :     my $errfh = $stage->open_error_file("build_nr", "w");
48 :     $errfh->autoflush(1);
49 :    
50 :     if ($pid == 0)
51 :     {
52 :     open(STDERR, ">&STDOUT");
53 :     exec(@cmd);
54 :     die "Cmd failed: $!\n";
55 :     }
56 :    
57 :    
58 :     while (<P>)
59 :     {
60 :     print "Rec $_\n";
61 :     print $errfh $_;
62 :     }
63 :    
64 :     if (!close(P))
65 :     {
66 :     my $msg = "error closing build_nr pipe: \$?=$? \$!=$!";
67 :     print $errfh "$msg\n";
68 :     close($errfh);
69 :     print "$msg\n";
70 :     $stage->fatal($msg);
71 :     }
72 :    
73 :     close($errfh);
74 :    
75 :    
76 :     $stage->log("completed");
77 :     $stage->set_running("no");
78 :     $stage->set_status("complete");
79 :    

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