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revision 1.2, Thu Feb 15 17:29:30 2007 UTC revision 1.3, Tue Feb 27 21:00:27 2007 UTC
# Line 97  Line 97 
97      {      {
98          $status = "NAME_IN_SEED";          $status = "NAME_IN_SEED";
99          @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});          @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});
100            $job->meta->set_metadata("seed.genome_id", $sname);
101            $job->meta->set_metadata("seed.genome_name", $genome_to_name{$sname});
102      }      }
103      else      else
104      {      {
# Line 110  Line 112 
112              {              {
113                  my $seedname = $genome_to_name{$seedg};                  my $seedname = $genome_to_name{$seedg};
114                  push(@inseed, $seedg, $seedname);                  push(@inseed, $seedg, $seedname);
115                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_id", $seedg);
116                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_name", $seedname);
117              }              }
118          }          }
119          else          else
# Line 118  Line 122 
122              {              {
123                  $status = "NORMALIZED_NAME_IN_SEED";                  $status = "NORMALIZED_NAME_IN_SEED";
124                  @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});                  @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});
125                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_id", $sname);
126                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_name", $genome_to_name{$sname});
127              }              }
128              elsif (my $sname = $normalized_gs_to_genome{$gsonly})              elsif (my $sname = $normalized_gs_to_genome{$gsonly})
129              {              {
130                  $status = "NORMALIZED_GS_IN_SEED";                  $status = "NORMALIZED_GS_IN_SEED";
131                  @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});                  @inseed = ($sname, $genome_to_name{$sname});
132                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_id", $sname);
133                    $job->meta->set_metadata("seed.genome_name", $genome_to_name{$sname});
134              }              }
135    
136              #              #
137              # Search for contig names that map.              # Search for contig names that map.
138              #              #
139    
140                my @clist;
141              for my $contig ($job->contigs())              for my $contig ($job->contigs())
142              {              {
143                  my $glist = $contig_to_genome{$contig};                  my $glist = $contig_to_genome{$contig};
# Line 137  Line 147 
147                      for my $sg (@$glist)                      for my $sg (@$glist)
148                      {                      {
149                          push(@inseed, $sg, $genome_to_name{$sg});                          push(@inseed, $sg, $genome_to_name{$sg});
150                            push(@clist, [$sg, $genome_to_name{$sg}]);
151                      }                      }
152                      last;                      last;
153                  }                  }
154              }              }
155                $job->meta->set_metadata("seed.matching_contigs", \@clist) if @clist;
156    
157              if ($status eq 'UNKNOWN')              if ($status eq 'UNKNOWN')
158              {              {
# Line 148  Line 160 
160              }              }
161          }          }
162      }      }
163        $job->meta->set_metadata("seed.status", $status);
164    
165      print join("\t", $status, $job->id, $job->user, $g, $gs, @inseed), "\n";      print join("\t", $status, $job->id, $job->user, $g, $gs, @inseed), "\n";
166    
167  }  }

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
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