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revision 1.1, Mon Oct 26 21:23:37 2009 UTC revision 1.2, Thu Oct 29 21:21:37 2009 UTC
# Line 30  Line 30 
30  # export  # export
31  #  #
32    
33    
34  @ARGV == 1 or die "Usage: $0 jobdir\n";  @ARGV == 1 or die "Usage: $0 jobdir\n";
35    
36  my $job_dir = shift;  my $job_dir = shift;
37    
38  my $job = new Job48($job_dir);  my $job = new Job48($job_dir);
39    
40    my $sims_data_dir = $FIG_Config::rast_sims_data;
41    
42    if (!defined($sims_data_dir))
43    {
44        $sims_data_dir = $FIG_Config::fortyeight_data;
45    }
46    
47    my $sims_nr = "$sims_data_dir/nr";
48    my $sims_peg_synonyms = "$sims_data_dir/peg.synonyms";
49    my $sims_keep_count = 300;
50    
51    
52  &do_upload($job);  &do_upload($job);
53  &do_rp($job);  &do_rp($job);
54  &do_qc($job);  &do_qc($job);
# Line 95  Line 108 
108  sub do_sims_preprocess  sub do_sims_preprocess
109  {  {
110      my($job) = @_;      my($job) = @_;
111    
112        &run("$FIG_Config::bin/rp_preprocess_sims", $job->dir, $sims_nr, $sims_peg_synonyms);
113    
114  }  }
115    
116  sub do_sims  sub do_sims
117  {  {
118      my($job) = @_;      my($job) = @_;
119    
120        if (!open(CHUNK, "<", $job->dir.  "/sims.job/chunk.out"))
121        {
122            die "Error opening $job_dir/sims.job/chunk.out: $!";
123        }
124    
125        #
126        # Extract created task ids
127        #
128    
129        my($task_start, $task_end);
130        while (<CHUNK>)
131        {
132            print;
133            chomp;
134            if (/^tasks\s+(\d+)\s+(\d+)/)
135            {
136                $task_start = $1;
137                $task_end = $2;
138            }
139        }
140        close(CHUNK);
141    
142        if (!defined($task_start))
143        {
144            die "Tasks not found";
145        }
146    
147        my $sims_nr_len = $sims_nr;
148        if (-f "$sims_nr-len.btree")
149        {
150            $sims_nr_len = "$sims_nr-len.btree";
151        }
152    
153        for my $task ($task_start .. $task_end)
154        {
155            $ENV{SGE_TASK_ID} = $task;
156            &run("$FIG_Config::bin/rp_compute_sims", $job->dir);
157        }
158        &run("$FIG_Config::bin/rp_postproc_sims", $job->dir, $sims_nr_len, $sims_peg_synonyms, $sims_keep_count);
159  }  }
160    
161  sub do_bbhs  sub do_bbhs
162  {  {
163      my($job) = @_;      my($job) = @_;
164        &run("$FIG_Config::bin/rp_compute_bbhs", $job->dir);
165  }  }
166    
167  sub do_auto_assign  sub do_auto_assign
168  {  {
169      my($job) = @_;      my($job) = @_;
170        &run("$FIG_Config::bin/rp_auto_assign", $job->dir);
171  }  }
172    
173  sub do_glue_contigs  sub do_glue_contigs
174  {  {
175      my($job) = @_;      my($job) = @_;
176        &run("$FIG_Config::bin/rp_glue_contigs", $job->dir);
177  }  }
178    
179  sub do_pchs  sub do_pchs
180  {  {
181      my($job) = @_;      my($job) = @_;
182        &run("$FIG_Config::bin/rp_compute_pchs", $job->dir);
183  }  }
184    
185  sub do_scenario  sub do_scenario
186  {  {
187      my($job) = @_;      my($job) = @_;
188        &run("$FIG_Config::bin/rp_scenarios", $job->dir);
189  }  }
190    
191  sub do_export  sub do_export
192  {  {
193      my($job) = @_;      my($job) = @_;
194        &run("$FIG_Config::bin/rp_write_exports", $job->dir);
195  }  }
196    
197    

Legend:
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changed lines
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