[Bio] / FortyEight / batch_rast.pl Repository:
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Revision 1.1 - (view) (download) (as text)

1 : olson 1.1
2 :     use strict;
3 :     use Carp;
4 :     use Job48;
5 :     use FIG_Config;
6 :     use FIG;
7 :    
8 :     #
9 :     # Run a jobdirectory in one shot. For batch offload to a remote cluster that
10 :     # doesn't have our scheduler, etc available.
11 :     #
12 :    
13 :     #
14 :     # Stages are as follows; for now this is a copy and paste exercise from
15 :     # FortyEight/check_jobs.pl. Use caution, don't run with scissors.
16 :     #
17 :    
18 :     #
19 :     # upload
20 :     # rp
21 :     # Check status of keep_genecalls, then qc
22 :     # Check status of correction, then correction
23 :     # preprocess_sims
24 :     # sims
25 :     # bbhs
26 :     # auto_assign
27 :     # glue_contigs
28 :     # pchs
29 :     # scenario
30 :     # export
31 :     #
32 :    
33 :     @ARGV == 1 or die "Usage: $0 jobdir\n";
34 :    
35 :     my $job_dir = shift;
36 :    
37 :     my $job = new Job48($job_dir);
38 :    
39 :     &do_upload($job);
40 :     &do_rp($job);
41 :     &do_qc($job);
42 :     &do_correction($job);
43 :     &do_sims_preprocess($job);
44 :     &do_sims($job);
45 :     &do_bbhs($job);
46 :     &do_auto_assign($job);
47 :     &do_glue_contigs($job);
48 :     &do_pchs($job);
49 :     &do_scenario($job);
50 :     &do_export($job);
51 :    
52 :     sub do_upload
53 :     {
54 :     my($job) = @_;
55 :     return;
56 :     }
57 :    
58 :     sub do_rp
59 :     {
60 :     my($job) = @_;
61 :     &run("$FIG_Config::bin/rp_rapid_propagation", $job->dir);
62 :     }
63 :    
64 :     sub do_qc
65 :     {
66 :     my($job) = @_;
67 :    
68 :     if ($job->meta->get_metadata("keep_genecalls"))
69 :     {
70 :     $job->meta->add_log_entry($0, "keep_genecalls is enabled: marking qc as complete");
71 :     $job->meta->set_metadata("status.qc", "complete");
72 :     return;
73 :     }
74 :    
75 :     &run("$FIG_Config::bin/rp_quality_check", $job->dir);
76 :     }
77 :    
78 :     sub do_correction
79 :     {
80 :     my($job) = @_;
81 :    
82 :     if ($job->meta->get_metadata("keep_genecalls"))
83 :     {
84 :     $job->meta->add_log_entry($0, "keep_genecalls is enabled: marking correction as complete");
85 :     $job->meta->set_metadata("status.correction", "complete");
86 :     return;
87 :     }
88 :    
89 :     my $correction_list = $job->meta->get_metadata("correction.request");
90 :    
91 :     my $correction_str = join(",", @$correction_list);
92 :     &run("$FIG_Config::bin/rp_correction", $job->dir, $correction_str);
93 :     }
94 :    
95 :     sub do_sims_preprocess
96 :     {
97 :     my($job) = @_;
98 :     }
99 :    
100 :     sub do_sims
101 :     {
102 :     my($job) = @_;
103 :     }
104 :    
105 :     sub do_bbhs
106 :     {
107 :     my($job) = @_;
108 :     }
109 :    
110 :     sub do_auto_assign
111 :     {
112 :     my($job) = @_;
113 :     }
114 :    
115 :     sub do_glue_contigs
116 :     {
117 :     my($job) = @_;
118 :     }
119 :    
120 :     sub do_pchs
121 :     {
122 :     my($job) = @_;
123 :     }
124 :    
125 :     sub do_scenario
126 :     {
127 :     my($job) = @_;
128 :     }
129 :    
130 :     sub do_export
131 :     {
132 :     my($job) = @_;
133 :     }
134 :    
135 :    
136 :     sub run
137 :     {
138 :     my(@cmd) = @_;
139 :    
140 :     print "Start: @cmd\n";
141 :     my $rc = system(@cmd);
142 :     if ($rc != 0)
143 :     {
144 :     confess "Cmd failed with rc=$rc: @cmd\n";
145 :     }
146 :     print "Done: @cmd\n";
147 :     }

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