[Bio] / FortyEight / SeedExport.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FortyEight/SeedExport.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.8, Mon Sep 10 14:40:01 2007 UTC revision 1.9, Tue Oct 2 18:01:00 2007 UTC
# Line 214  Line 214 
214            $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});            $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});
215          }          }
216    
217          my $feature2 = Bio::SeqFeature::Annotated->new( -start    => $start,  #       my $feature2 = Bio::SeqFeature::Annotated->new( -start    => $start,
218                                                          -end      => $stop,  #                                                       -end      => $stop,
219                                                          -strand   => $strand,  #                                                       -strand   => $strand,
220                                                          -phase    => 0,  #                                                       -phase    => 0,
221                                                          -frame    => $frame,  #                                                       -frame    => $frame,
222                                                          -source   => $source,  #                                                       -source   => $source,
223                                                          -type     => "CDS",  #                                                       -type     => "CDS",
224                                                          -seq_id   => $contig );  #                                                       -seq_id   => $contig );
225    
226          push(@$bio2, $feature2);  #       push(@$bio2, $feature2);
227    
228          # work around to get annotations into gff          # work around to get annotations into gff
229          push @$gff_export, "$contig\t$source\tCDS\t$start\t$stop\t.\t$strand\t$frame\t$func\n"          push @$gff_export, "$contig\t$source\tCDS\t$start\t$stop\t.\t$strand\t$frame\t$func\n"
230    
231    
232        } elsif ($type eq "rna") {        } elsif ($type eq "rna") {
233              my $primary;
234              if ( $func =~ /tRNA/ ) {
235                  $primary = 'tRNA';
236              } elsif ( $func =~ /(Ribosomal RNA|5S RNA)/ ) {
237                  $primary = 'rRNA';
238              } else {
239                  $primary = 'RNA';
240              }
241    
242          $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(          $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(
243                                                   -start    => $start,                                                   -start    => $start,
244                                                   -end      => $stop,                                                   -end      => $stop,
245                                                   -strand   => $strand,                                                   -strand   => $strand,
246                                                   -primary  => 'RNA',                                                   -primary  => $primary,
247                                                     -tag      => {
248                                                                   product => $func,
249                                                               },
250    
251                                                  );                                                  );
252          foreach my $tagtype (keys %$note) {          foreach my $tagtype (keys %$note) {
253            $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});            $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});
254    
255            # work around to get annotations into gff
256            push @$gff_export, "$contig\t$source\t$primary\t$start\t$stop\t.\t$strand\t.\t$func\n"
257          }          }
258    
259        } else {        } else {

Legend:
Removed from v.1.8  
changed lines
  Added in v.1.9

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3