[Bio] / FortyEight / SeedExport.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FortyEight/SeedExport.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.2, Tue Jan 16 20:29:55 2007 UTC revision 1.3, Wed Jan 31 22:10:06 2007 UTC
# Line 107  Line 107 
107          # parse out the ec number if there is one          # parse out the ec number if there is one
108          my $ec;          my $ec;
109          if ($func =~ /E\.*C\.*\s+(\d+|-)\.(\d+|-)\.(\d+|-)\.(\d+|-)/) {          if ($func =~ /E\.*C\.*\s+(\d+|-)\.(\d+|-)\.(\d+|-)\.(\d+|-)/) {
110              push @{$note->{"ec_number"}}, "$1.$2.$3.$4";              push @{$note->{"EC_number"}}, "$1.$2.$3.$4";
111          }          }
112    
113          # check the aliases          # check the aliases
114          foreach my $alias ($fig->feature_aliases($peg))          foreach my $alias ($fig->feature_aliases($peg))
115          {          {
116              if ($alias =~ /^NP_/ || $alias =~ /YP_/) {push @{$note->{"Dbxref"}}, "NCBI_genpept:$alias"}              if ($alias =~ /^NP_/ || $alias =~ /YP_/) {
117                  push @{$note->{"Dbxref"}}, "genpept:$alias"
118                }
119              elsif ($alias =~ /gi\|/)              elsif ($alias =~ /gi\|/)
120              {              {
121                  $alias =~ s/^gi\|//;                  $alias =~ s/^gi\|//;
122                  push @{$note->{"Dbxref"}}, "NCBI_gi:$alias";                  push @{$note->{"Dbxref"}}, "GI:$alias";
123              }              }
124              elsif ($alias =~ /^kegg/i)              elsif ($alias =~ /^kegg/i)
125              {              {
# Line 128  Line 130 
130              elsif ($alias =~ /^uni/)              elsif ($alias =~ /^uni/)
131              {              {
132                  $alias =~ s/uni\|/UniProt:/;                  $alias =~ s/uni\|/UniProt:/;
133                  push @{$note->{"Dbxref"}}, $alias;                  push @{$note->{"Dbxref"}}, "UniProtKB/TrEMBL:$alias";
134              }              }
135              elsif ($alias =~ /^sp\|/)              elsif ($alias =~ /^sp\|/)
136              {              {
137                  $alias =~ s/sp\|/Swiss-Prot:/;                  $alias =~ s/sp\|/Swiss-Prot:/;
138                  push @{$note->{"Dbxref"}}, $alias                  push @{$note->{"Dbxref"}}, "UniProtKB/Swiss-Prot:$alias";
139              }              }
140              elsif ($alias =~ /^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9]{2,}\_[a-zA-Z]*\d+$/)              elsif ($alias =~ /^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9]{2,}\_[a-zA-Z]*\d+$/)
141              {              {

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.3

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3