[Bio] / FortyEight / SeedExport.pm Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FortyEight/SeedExport.pm

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.11, Wed Feb 13 18:02:11 2008 UTC revision 1.12, Fri Sep 25 13:40:30 2009 UTC
# Line 186  Line 186 
186              $loc =~ /^(.*)\_(\d+)\_(\d+)$/;              $loc =~ /^(.*)\_(\d+)\_(\d+)$/;
187              ($contig, $start, $stop) = ($1, $2, $3);              ($contig, $start, $stop) = ($1, $2, $3);
188              my $original_contig = $contig;              my $original_contig = $contig;
189              my $strand = '1';              my $strand = '+';
190              my $frame = $start % 3;              my $frame = $start % 3;
191              if ($start > $stop) {              if ($start > $stop) {
192                  $frame = $stop % 3;                  $frame = $stop % 3;
193                  ($start, $stop, $strand) = ($stop, $start, '-1');                  ($start, $stop, $strand) = ($stop, $start, '-');
194              } elsif ($start == $stop) {              } elsif ($start == $stop) {
195                  $strand = ".";                  $strand = ".";
196                  $frame = ".";                  $frame = ".";
# Line 238  Line 238 
238    
239              # work around to get annotations into gff              # work around to get annotations into gff
240              # this is probably still wrong for split locations.              # this is probably still wrong for split locations.
241                $func_ok =~ s/ #.+//;
242                $func_ok =~ s/;/%3B/g;
243                $func_ok =~ s/,/2C/g;
244                $func_ok =~ s/=//g;
245              for my $l (@loc_info)              for my $l (@loc_info)
246              {              {
247                  my $ec = "";
248                  my @ecs = ($func =~ /[\(\[]*EC[\s:]?(\d+\.[\d-]+\.[\d-]+\.[\d-]+)[\)\]]*/ig);
249                  if (scalar(@ecs)) {
250                    $ec = ";Ontology_term=".join(',', map { "KEGG_ENZYME:" . $_ } @ecs);
251                  }
252                  my($contig, $start, $stop, $strand, $frame) = @$l;                  my($contig, $start, $stop, $strand, $frame) = @$l;
253                  push @$gff_export, "$contig\t$source\tCDS\t$start\t$stop\t.\t$strand\t$frame\t$func\n";                push @$gff_export, "$contig\t$source\tCDS\t$start\t$stop\t.\t$strand\t$frame\tID=".$peg.";Name=".$func_ok.$ec."\n";
254              }              }
255    
256    
# Line 262  Line 271 
271                                                       },                                                       },
272    
273                                                      );                                                      );
274                $func_ok =~ s/ #.+//;
275                $func_ok =~ s/;/%3B/g;
276                $func_ok =~ s/,/2C/g;
277                $func_ok =~ s/=//g;
278              foreach my $tagtype (keys %$note) {              foreach my $tagtype (keys %$note) {
279                  $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});                  $feature->add_tag_value($tagtype, @{$note->{$tagtype}});
280    
# Line 269  Line 282 
282                  for my $l (@loc_info)                  for my $l (@loc_info)
283                  {                  {
284                      my($contig, $start, $stop, $strand, $frame) = @$l;                      my($contig, $start, $stop, $strand, $frame) = @$l;
285                      push @$gff_export, "$contig\t$source\t$primary\t$start\t$stop\t.\t$strand\t.\t$func\n";                      push @$gff_export, "$contig\t$source\t$primary\t$start\t$stop\t.\t$strand\t.\tID=$peg;Name=$func_ok\n";
286                  }                  }
287              }              }
288    

Legend:
Removed from v.1.11  
changed lines
  Added in v.1.12

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3