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Annotation of /FigWebServices/wc.cgi

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Revision 1.9 - (view) (download)

1 : overbeek 1.1 ########################################################################
2 :     # -*- perl -*-
3 :     #
4 :     # Copyright (c) 2003-2006 University of Chicago and Fellowship
5 :     # for Interpretations of Genomes. All Rights Reserved.
6 :     #
7 :     # This file is part of the SEED Toolkit.
8 :     #
9 :     # The SEED Toolkit is free software. You can redistribute
10 :     # it and/or modify it under the terms of the SEED Toolkit
11 :     # Public License.
12 :     #
13 :     # You should have received a copy of the SEED Toolkit Public License
14 :     # along with this program; if not write to the University of Chicago
15 :     # at info@ci.uchicago.edu or the Fellowship for Interpretation of
16 :     # Genomes at veronika@thefig.info or download a copy from
17 :     # http://www.theseed.org/LICENSE.TXT.
18 :     #
19 :    
20 : olson 1.9 eval {
21 :     require FIG_Config;
22 :     };
23 :    
24 : overbeek 1.1 use URI::Escape; # uri_escape
25 :     use gjoseqlib;
26 :     use HTML;
27 :     use strict;
28 :     use CGI;
29 :     my $cgi = new CGI;
30 :     use SeedEnv;
31 :     use tree_utilities;
32 :     use CloseStrains;
33 :    
34 :     if (0) {
35 :     print $cgi->header;
36 :     my @params = $cgi->param;
37 :     print "<pre>\n";
38 :     foreach $_ (@params) {
39 :     print "$_\t:",join(",",$cgi->param($_)),":\n";
40 :     }
41 :     print "\n",join('&',map { "$_=" . $cgi->param($_) } @params),"\n";
42 :     exit;
43 :     }
44 :    
45 :     my $html = [];
46 :    
47 :     my $node = $cgi->param('node');
48 :     my $family = $cgi->param('family');
49 :     my $ali = $cgi->param('alignment');
50 :     my $tree = $cgi->param('tree');
51 :     my $request = $cgi->param('request');
52 :     my $keywords = $cgi->param('keywords');
53 :     my $function = $cgi->param('function');
54 :     my $dataD = $cgi->param('dataD');
55 : olson 1.9
56 :     #
57 :     # If we are operating in RAST, the csD sits within the
58 :     # RAST job directory and the dataD setting is the
59 :     # RAST job number.
60 :     #
61 :    
62 : overbeek 1.2 my $csD = "/homes/overbeek/Ross/MakeCS.Kbase/Data/CS";
63 : olson 1.9
64 :     if ($FIG_Config::rast_jobs)
65 :     {
66 :     $csD = "$FIG_Config::rast_jobs/$dataD/CloseStrains";
67 :     }
68 : overbeek 1.2 my $dataDF = "$csD/$dataD";
69 :    
70 :     my $parms = {};
71 :    
72 :     $parms->{genome_types} = &CloseStrains::genome_types($dataDF);
73 :     $parms->{dataDF} = $dataDF;
74 : overbeek 1.1
75 :     if ($request eq "show_otus")
76 :     {
77 :     &show_otus($cgi,$csD);
78 :     exit;
79 :     }
80 :     elsif (($request eq "show_options_for_otu") && $dataD)
81 :     {
82 :     $html = &CloseStrains::show_options_for_otu($cgi,$dataD);
83 :     }
84 :     elsif ($request eq "show_signatures")
85 :     {
86 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_signatures($cgi,$parms,$html);
87 : overbeek 1.1 }
88 :     elsif ($request eq "compute_sigs")
89 :     {
90 : overbeek 1.2 &CloseStrains::compute_signatures($cgi,$parms,$html);
91 : overbeek 1.1 }
92 :     elsif (($request eq "show_func") && $function)
93 :     {
94 :     $function =~ s/^\s+//;
95 :     $function =~ s/\s+$//;
96 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_func($cgi,$parms,$html,$function);
97 : overbeek 1.1 }
98 :     elsif (($request eq "show_family_pegs") && $family)
99 :     {
100 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_family_pegs($cgi,$parms,$html,$family);
101 : overbeek 1.1 }
102 :     elsif (($request eq "show_virulence_functions") && (-s "$dataDF/virulence.functions"))
103 :     {
104 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_virulence_functions($cgi,$parms,$html);
105 : overbeek 1.1 }
106 :     elsif (($request eq 'show_indexed_funcs') && $keywords)
107 :     {
108 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_indexed_funcs($cgi,$parms,$html,$keywords);
109 : overbeek 1.1 }
110 :     elsif (($request eq "show_ali_or_occurs_tree") && $ali)
111 :     {
112 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_ali($cgi,$parms); # NOTE: the alignment invokes Gary's alignment viewer,
113 : overbeek 1.1 # which prints the header, so we print everything in show_ali
114 :     exit;
115 :     }
116 :     elsif (($request eq "show_ali_or_occurs_tree") && $tree)
117 :     {
118 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_occurs_tree($cgi,$parms,$html);
119 : overbeek 1.1 }
120 :     elsif (($request eq "show_family_tree") && $family)
121 :     {
122 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_family_tree($cgi,$parms,$html,$family);
123 : overbeek 1.1 }
124 :     elsif (($request eq "show_node") && $node)
125 :     {
126 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_node($cgi,$parms,$html,$node);
127 : overbeek 1.1 }
128 :     elsif ($request eq "show_otu_tree")
129 :     {
130 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_otu_tree($cgi,$parms,$html,'families');
131 : overbeek 1.1 }
132 :     elsif ($request eq "show_adjacency")
133 :     {
134 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_otu_tree($cgi,$parms,$html,'adjacency');
135 : overbeek 1.1 }
136 :     elsif ($request eq "show_clusters")
137 :     {
138 : overbeek 1.2 &CloseStrains::show_clusters($cgi,$parms,$html);
139 : overbeek 1.1 }
140 : overbeek 1.3 elsif ($request eq "show_help")
141 :     {
142 :     my $type = $cgi->param('type');
143 :     if ($type eq "signatures")
144 :     {
145 :     my $help_sig = &CloseStrains::help_sig();
146 :     push(@$html,"<pre>$help_sig</pre>\n");
147 :     }
148 : overbeek 1.6 elsif ($type eq "compute_signatures")
149 :     {
150 :     my $help_sig_output = &CloseStrains::help_sig_output();
151 :     push(@$html,"<pre>$help_sig_output</pre>\n");
152 :     }
153 :     elsif ($type eq "family")
154 :     {
155 :     my $help_family_output = &CloseStrains::help_family_output();
156 :     push(@$html,"<pre>$help_family_output</pre>\n");
157 :     }
158 :     elsif ($type eq "function")
159 :     {
160 :     my $help_function_output = &CloseStrains::help_function_output();
161 :     push(@$html,"<pre>$help_function_output</pre>\n");
162 :     }
163 : overbeek 1.8 elsif ($type eq "adjacency")
164 :     {
165 :     my $help_adjacency_output = &CloseStrains::help_adjacency_output();
166 :     push(@$html,"<pre>$help_adjacency_output</pre>\n");
167 :     }
168 : overbeek 1.3 }
169 : overbeek 1.1 else
170 :     {
171 :     push(@$html,"<h1>Invalid request</h1>");
172 :     }
173 :     &HTML::show_page($cgi,$html);
174 :     exit;
175 :    
176 :     sub show_otus {
177 :     my($cgi,$datadir) = @_;
178 :    
179 :     print $cgi->header;
180 :     if (opendir(GENERA,$csD))
181 :     {
182 :     my @genera = grep { $_ !~ /^\./ } readdir(GENERA);
183 :     closedir(GENERA);
184 :     print "<h1>What Changed?</h1>\n";
185 :     print "<h2><a target=_blank href=\"http://bioseed.mcs.anl.gov/~overbeek/what_changed.html\">Getting Started: a short Tutorial</a></h2>\n";
186 :     print "<h2>Genera Available</h2>\n";
187 :     foreach my $g (sort @genera)
188 :     {
189 : olson 1.9 print "<h3><a target=_blank href=wc.cgi?request=show_options_for_otu&dataD=$g>$g</a>\n";
190 : overbeek 1.1 }
191 :     }
192 :     else
193 :     {
194 :     print "<h1>The dataD parameter is invalid\n";
195 :     }
196 :     }
197 :    
198 :     sub virulence_functions_link {
199 :     my($cgi,$dataDF) = @_;
200 :    
201 :     if ((-s "$dataDF/virulence.functions") && ($dataDF =~ /([^\/]+)$/))
202 :     {
203 :     my $dataDQ = uri_escape($1);
204 : olson 1.9 return "<a target=_blank href=wc.cgi?request=show_virulence_functions&dataD=$dataDQ>Some Posssible Functions Associated with Virulence</a>";
205 : overbeek 1.1 }
206 :     return '';
207 :     }
208 :    
209 :    

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