[Bio] / FigWebServices / tyra_sequence.cgi Repository:
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Annotation of /FigWebServices/tyra_sequence.cgi

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Revision 1.1 - (view) (download)

1 : hwang 1.1
2 :     #/usr/bin/perl
3 :     use FIG;
4 :     use strict;
5 :     use CGI;
6 :    
7 :    
8 :     my $cgi = new CGI;
9 :     print $cgi->header;
10 :     my @params = $cgi->param;
11 :    
12 :     print "
13 :    
14 :     Show Group <form method=post action=tyra_sequence.cgi>
15 :     <select name=group>
16 :     <option value=CG1>TyrCG-1
17 :     <option value=CG2>TyrCG-2
18 :     <option value=CG3>TyrCG-3
19 :     <option value=CG4>TyrCG-4
20 :     <option value=CG5>TyrCG-5
21 :     <option value=CG6>TyrCG-6
22 :     <option value=CG7>TyrCG-7
23 :     <option value=CG8>TyrCG-8
24 :     <option value=CG9>TyrCG-9
25 :     <option value=CG10>TyrCG-10
26 :     <option value=CG11>TyrCG-11
27 :     <option value=CG12>TyrCG-12
28 :     <option value=CG13>TyrCG-13
29 :     <option value=CG14>TyrCG-14
30 :     <option value=CG15>TyrCG-15
31 :     <option value=CG16>TyrCG-16
32 :     <option value=CG17>TyrCG-17
33 :     <option value=CG18>TyrCG-18
34 :     <option value=CG19>TyrCG-19
35 :     <option value=CG20>TyrCG-20
36 :     <option value=CG21>TyrCG-21
37 :     <option value=CG22>TyrCG-22
38 :     <option value=CG23>TyrCG-23
39 :     <option value=CG24>TyrCG-24
40 :     <option value=CG25>TyrCG-25
41 :     <option value=CG26>TyrCG-26
42 :     <option value=CG27>TyrCG-27
43 :     <option value=CG28>TyrCG-28
44 :     <option value=CG29>TyrCG-29
45 :     <option value=CG30>TyrCG-30
46 :     <option value=CG31>TyrCG-31
47 :     <option value=CG_Orphans>TyrCG_Orphans
48 :     <option value=CG80>TyrCG-80
49 :     <option value=CG81>TyrCG-81
50 :     <option value=CG82>TyrCG-82
51 :     <option value=CG83>TyrCG-83
52 :     <option value=CG84>TyrCG-84
53 :     <option value=CG85>TyrCG-85
54 :     <option value=CG86>TyrCG-86
55 :     <option value=CG95>TyrCG-95
56 :     <option value=CG98>TyrCG-98
57 :     </select>
58 :     <input type=submit value=Go>.
59 :     </form>
60 :    
61 :     ";
62 :     print $cgi->hr();
63 :     my $seq_string = $cgi->param("seq");
64 :     my $group_string = $cgi->param("group");
65 :    
66 :    
67 :     if ((!$seq_string) && (!$group_string)) {
68 :     print "Check your query";
69 :     exit;
70 :     }
71 :    
72 :     open (SEQFILE, "Html/group_name_desc_seq.html") or print "Can't find file";
73 :     my @seqfile = <SEQFILE>;
74 :    
75 :     print "<pre>";
76 :     if(defined ($seq_string)) {
77 :     my ($name_in, $group_in) = split(/%/,$seq_string);
78 :     print "$name_in is in $group_in<p>";
79 :     print $cgi->hr();
80 :     }
81 :    
82 :     if(defined ($group_string)) {
83 :     print "Group: $group_string<p>";
84 :     print $cgi->hr();
85 :     }
86 :    
87 :     foreach (@seqfile) {
88 :     my ($group, $name, $desc, $theseq) = split(/\t/,$_);
89 :     $group =~ s/\s/_/g;
90 :     $theseq=~ s/^\s+//;
91 :    
92 :    
93 :     for (my $i=53; $i<length($theseq); $i+=57) {
94 :     substr($theseq, $i, 0) = "<br>";
95 :     }
96 :    
97 :     if(defined ($seq_string)) {
98 :     #$seq_string=~ s/.*-//;
99 :     #print $seq_string;
100 :     my ($name_in, $group_in) = split(/%/,$seq_string);
101 :    
102 :     if ($group_in eq $group) {
103 :    
104 :     my $bgcolor = "white";
105 :     my $short_name = $name;
106 :     $short_name=~ s/_.*//g;
107 :     if ($name_in eq $short_name) {
108 :     $bgcolor = "#D2E6F0";
109 :     }
110 :     print "<div id=$seq_string style=\"background-color:$bgcolor\">";
111 :     print ">$name $desc<br>$theseq";
112 :     print "</div>";
113 :     }
114 :     }
115 :     else {
116 :     if ($group_string eq $group) {
117 :     my $bgcolor = "white";
118 :     my $short_name = $name;
119 :     $short_name=~ s/_.*//g;
120 :     if ($seq_string eq $short_name) {
121 :     $bgcolor = "#D2E6F0";
122 :     }
123 :     print "<div id=$seq_string style=\"background-color:$bgcolor\">";
124 :     print ">$name $desc<br>$theseq";
125 :     print "</div>";
126 :     }
127 :    
128 :     }
129 :    
130 :     }
131 :     print "</pre>";

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