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Annotation of /FigWebServices/subsystem_server_sapling.cgi

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Revision 1.3 - (view) (download)

1 : disz 1.1 use strict;
2 :     use Data::Dumper;
3 :     use FIG;
4 :     use CGI::Fast;
5 :     use CGI;
6 :     use Sapling;
7 :     use SaplingSubsys;
8 :     use YAML;
9 :     use ERDB;
10 :    
11 :     my $fig = new FIG;
12 :     my $sapling = ERDB::GetDatabase('Sapling');
13 :    
14 :    
15 :     #
16 :     # If no CGI vars, assume we are invoked as a fastcgi service.
17 :     #
18 :     if ($ENV{REQUEST_METHOD} eq '')
19 :     {
20 :     while (my $cgi = new CGI::Fast())
21 :     {
22 :     eval {
23 :     &process_request($cgi);
24 :     };
25 :     if ($@)
26 :     {
27 :     if (ref($@) ne 'ARRAY')
28 :     {
29 :     warn "code died, returning error\n";
30 :     print $cgi->header(-status => '500 error in body of cgi processing');
31 :     print $@;
32 :     }
33 :     }
34 :     }
35 :     }
36 :     else
37 :     {
38 :     my $cgi = new CGI();
39 :     print $cgi->header();
40 :     &process_request($cgi);
41 :     }
42 :    
43 :     exit;
44 :    
45 :     sub process_request
46 :     {
47 :     my($cgi) = @_;
48 :    
49 :    
50 :     my $i = 0;
51 :     my $result = [];
52 :     my $function = $cgi->param('function');
53 :     $function or myerror($cgi, "500 missing argument", "subsystem server missing function argument");
54 :    
55 :    
56 :     if ($function eq "is_in_subsystem") {
57 :     my $ids = &YAML::Load($cgi->param('args'));
58 :     $ids or myerror($cgi, "500 missing id", "subsystem server missing id argument");
59 :     foreach my $fid (@$ids) {
60 :     my @resultRows = $sapling->GetAll("Subsystem Includes Role IsRoleOf MachineRole Contains Feature",
61 :     'Feature(id) = ?', [$fid],
62 :     [qw(Subsystem(id) Role(id) Feature(id))]);
63 :     push (@$result, \@resultRows);
64 :     }
65 :     print $cgi->header();
66 :     print &YAML::Dump($result);
67 :    
68 :     } elsif ($function eq "is_in_subsystem_with") {
69 :     print $cgi->header();
70 :     my $ids = &YAML::Load($cgi->param('args'));
71 :     $ids or myerror($cgi, "500 missing id", "subsystem server missing id argument");
72 :     my $result = [];
73 :     foreach my $fid (@$ids) {
74 :     # if this is not a fig id, look up the fig id equivalent
75 :     my @resultRows = $sapling->GetAll("Feature IsContainedIn MachineRole IsRoleFor MolecularMachine Implements Variant IsDescribedBy Subsystem AND MolecularMachine IsMachineOf MachineRole2 Contains Feature2 AND MachineRole2 HasRole Role",
76 :     'Feature(id) = ? ',
77 :     [$fid], [qw(Subsystem(id)
78 :     Variant(id) Feature(id) Feature2(id) Feature2(function) Role(id))]);
79 :     push (@$result, \@resultRows);
80 :     }
81 :     print &YAML::Dump($result);
82 :    
83 :     } elsif ($function eq "all_subsystems") {
84 : disz 1.3 #print $cgi->header();
85 : disz 1.1
86 :     my @resultRows = $sapling->GetAll("Subsystem Includes Role",
87 :     'ORDER BY Subsystem(id)', [], [qw(Subsystem(id) Subsystem(curator)
88 :     Role(id))]);
89 :     print &YAML::Dump(\@resultRows);
90 :    
91 :     } elsif ($function eq "subsystem_spreadsheet") {
92 :     print $cgi->header();
93 :     my $names = &YAML::Load($cgi->param('args'));
94 :     $names or myerror($cgi, "500 missing id", "subsystem server missing id argument");
95 :     my $result = [];
96 :     foreach my $subsysName (@$names) {
97 :     my @resultRows = $sapling->GetAll("Subsystem Describes Variant IsImplementedBy MolecularMachine IsMachineOf MachineRole Contains Feature AND MachineRole HasRole Role",
98 :     'Subsystem(id) = ? ORDER BY Feature(id)',
99 :     [$subsysName], [qw(Subsystem(id) Variant(id)
100 :     Feature(id) Feature(function) Role(id))]);
101 :     push (@$result, \@resultRows);
102 :     }
103 :     print &YAML::Dump($result);
104 :    
105 : disz 1.3 } elsif ($function eq "pegs_in_subsystems") {
106 :     my $result = [];
107 :     my (@args) = &YAML::Load($cgi->param('args'));
108 :     my @genomes = $args[0];
109 :     my @subs = $args[1];
110 :     foreach my $sub (@subs) {
111 :     #print STDERR "SUB,", Dumper $sub;
112 :     my $ss = SaplingSubsys->new($sub->[0], $sapling);
113 :     foreach my $g (@genomes) {
114 :     my @roles = $ss->get_roles_for_genome($g->[0], 1);
115 :     #print STDERR "ROLES", Dumper @roles;
116 :     foreach my $role (@roles) {
117 :     push (@$result, [$sub->[0], $role]);
118 :     }
119 :     }
120 :     }
121 :     print &YAML::Dump($result);
122 :    
123 :     } elsif ($function eq "pegs_implementing_roles") {
124 :     my $result = [];
125 :     my (@args) = &YAML::Load($cgi->param('args'));
126 :     my $subsys = $args[0];
127 :     my @roles = $args[1];
128 :     my $ss = SaplingSubsys->new($subsys, $sapling);
129 :    
130 :     foreach my $role (@roles) {
131 :     my @pegs = $ss->pegs_for_role($role);
132 :     push (@$result, [$role, \@pegs]);
133 :     }
134 :    
135 :     print &YAML::Dump($result);
136 :    
137 : disz 1.1 } elsif ($function eq "metabolic_reconstruction") {
138 :    
139 :     #print $cgi->header();
140 :     my %big;
141 : disz 1.2 my $id_display = 1;
142 : disz 1.1 my $result = [];
143 :    
144 :     my @id_roles = &YAML::Load($cgi->param('args'));
145 : disz 1.2 #map {push(@{$big{$_}}, 1)} @id_roles;
146 : disz 1.1 #map {push(@{$big{$_->[0]}}, 1)} @id_roles;
147 : disz 1.2 map {push(@{$big{$_->[0]}}, $_->[1])} @id_roles;
148 : disz 1.1 my @resultRows = $sapling->GetFlat("Subsystem", '', [], 'Subsystem(id)');
149 :     foreach my $sub (@resultRows) {
150 :     my %ss_roles;
151 :     my $ss = SaplingSubsys->new($sub, $sapling);
152 :     if ($ss) {
153 :     foreach my $role ($ss->get_roles) {
154 :     $ss_roles{$role} = $ss->get_abbr_for_role($role);
155 :     }
156 :     } else {
157 :     die "bad subsys\n";
158 :     }
159 :     my @abbr = map{$ss_roles{$_}} grep { $big{$_}} keys %ss_roles;
160 :     my $set = join(" ", @abbr);
161 :     if (@abbr > 0) {
162 :     my ($variant, $size) = get_max_subset($sub, $set);
163 :     if ($variant) {
164 :     foreach my $role ($ss->get_roles()) {
165 :     if ($id_display) {
166 :     foreach my $id (@{$big{$role}}) {
167 : disz 1.2 push (@$result, [$variant, $role, $id]);
168 : disz 1.1 }
169 :     } else {
170 :     push (@$result, [$variant, $role]);
171 :     }
172 :     }
173 :     }
174 :     }
175 :    
176 :     #if ($i++ > 10) {
177 :     #print &YAML::Dump($result);
178 :     #exit;
179 :     #}
180 :    
181 :     }
182 :     print &YAML::Dump($result);
183 :     } else {
184 :     myerror($cgi, "500 bad function argument $function", "usage:subsystem_server function=[is-in-subsystem | is-in-subsystem-with | all-subsystems | subsystem-spreadsheet");
185 :     }
186 :     }
187 :    
188 :    
189 :    
190 :    
191 :    
192 :     sub get_max_subset {
193 :     my ($sub, $setA) = @_;
194 :     my $max_size = 0;
195 :     my $max_set;
196 :     my $max_variant;
197 :     my %set_hash;
198 :     my $qh = $sapling->Get("Subsystem Describes Variant", 'Subsystem(id) = ? AND Variant(type) = ?', [$sub, 'normal']);
199 :     while (my $resultRow = $qh->Fetch()) {
200 :     my @variantRoleRule = $resultRow->Value('Variant(role-rule)');
201 :     my $variantCode = $resultRow->Value('Variant(code)');
202 :     my $variantId = $sub.":".$variantCode;
203 :     foreach my $setB (@variantRoleRule) {
204 :     my $size = is_A_a_superset_of_B($setA, $setB);
205 :     if ($size && $size > $max_size) {
206 :     $max_size = $size;
207 :     $max_set = $setB;
208 :     $max_variant = $variantId;
209 :     }
210 :     }
211 :     }
212 :     #if ($max_size) {
213 :     #print STDERR "Success $max_variant, $max_set\n";
214 :     #}
215 :     return($max_variant, $max_size);
216 :     }
217 :    
218 :    
219 :    
220 :     sub is_A_a_superset_of_B {
221 :     my ($a, $b) = @_;
222 :     my @a = split(" ", $a);
223 :     my @b = split(" ", $b);
224 :     if (@b > @a) {
225 :     return(0);
226 :     }
227 :     my %given;
228 :     map { $given{$_} = 1} @a;
229 :     map { if (! $given{$_}) {return 0}} split(" ", $b);
230 :     my $l = scalar(@b);
231 :     return scalar(@b);
232 :     }
233 :    
234 :    
235 :     sub myerror
236 :     {
237 :     my($cgi, $stat, $msg) = @_;
238 :     print $cgi->header(-status => $stat);
239 :    
240 :     print "$msg\n";
241 :     die ['cgi error returned'];
242 :     }

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