[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/subsys.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.28, Sun Jan 23 17:15:00 2005 UTC revision 1.29, Sun Jan 23 23:53:16 2005 UTC
# Line 897  Line 897 
897    
898  }  }
899    
900    
901    #-----------------------------------------------------------------------------
902    #  Selection list of complete genomes not in spreadsheet:
903    #-----------------------------------------------------------------------------
904    
905  sub format_extend_with {  sub format_extend_with {
906      my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;      my($fig,$cgi,$html,$subsystem) = @_;
     my($org,$gs);  
907    
908      my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();      my %genomes = map { $_ => 1 } $subsystem->get_genomes();
909    
910      my @orgs = sort map { $org = $_; $gs = &ext_genus_species($fig,$org); "$gs ($org)" }      my @orgs = map { [ $_ , &ext_genus_species( $fig, $_ ) ] }
911                 grep { ! $genomes{$_} }                 grep { ! $genomes{$_} }
912                 $fig->genomes("complete",undef);                 $fig->genomes("complete",undef);
913    
914      push(@$html,      my $pick_order = $cgi->param('pick_order') || 'Alphabetic';
915                  $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'),      if ( $pick_order eq "Phylogenetic" )
916                  $cgi->scrolling_list(-name => 'new_genome',      {
917            @orgs = sort { $a->[2] cmp $b->[2] }
918                    map  { push @$_, $fig->taxonomy_of( $_->[0] ); $_ }
919                    @orgs;
920        }
921        elsif ( $pick_order eq "Genome ID" )
922        {
923            @orgs = sort { $a->[2]->[0] <=> $b->[2]->[0] || $a->[2]->[1] <=> $b->[2]->[1] }
924                    map  { push @$_, [ split /\./ ]; $_ }
925                    @orgs;
926        }
927        else
928        {
929            $pick_order = 'Alphabetic';
930            @orgs = sort { $a->[1] cmp $b->[1] } @orgs;
931        }
932    
933        @orgs = map { "$_->[1] ($_->[0])" } @orgs;
934    
935        my @order_opt = $cgi->radio_group( -name     => 'pick_order',
936                                           -values   => [ 'Alphabetic', 'Phylogenetic', 'Genome ID' ],
937                                           -default  => $pick_order,
938                                           -override => 1
939                                         );
940    
941        push( @$html, $cgi->h1('Pick Organisms to Extend with'), "\n",
942                      "<TABLE>\n",
943                      "  <TR>\n",
944                      "    <TD>",
945                      $cgi->scrolling_list( -name     => 'korgs',
946                                       -values => [@orgs],                                       -values => [@orgs],
947                                       -size => 10,                                       -size => 10,
948                                       -multiple => 1                                       -multiple => 1
949                                       ),                                       ),
950                      "    </TD>\n",
951                      "    <TD>", join( "<BR>\n", "Order of selection list:", @order_opt ),
952                      "    </TD>\n",
953                      "  </TR>\n",
954                      "</TABLE>\n",
955                  $cgi->hr                  $cgi->hr
956           );           );
957  }  }
958    
959    
960  sub format_roles {  sub format_roles {
961      my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;      my($fig,$cgi,$html,$subsystem,$can_alter) = @_;
962      my($i);      my($i);

Legend:
Removed from v.1.28  
changed lines
  Added in v.1.29

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3