[Bio] / FigWebServices / subsys.cgi Repository:
ViewVC logotype

Diff of /FigWebServices/subsys.cgi

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1.143, Wed Jan 25 16:44:56 2006 UTC revision 1.144, Sat Feb 11 13:13:49 2006 UTC
# Line 2292  Line 2292 
2292      if ($cgi->param('show_clusters'))      if ($cgi->param('show_clusters'))
2293      {      {
2294          @pegs = keys(%$color_of);  #  Use of keys makes @pegs entries unique          @pegs = keys(%$color_of);  #  Use of keys makes @pegs entries unique
2295            @clusters = $fig->compute_clusters(\@pegs,undef,5000);
         foreach $peg (@pegs)  
         {  
             foreach $peg1 (grep { $color_of->{$_} && ($_ ne $peg) } $fig->close_genes($peg,5000))  
             {  
                 push(@{$conn{$peg}},$peg1);  
             }  
         }  
   
         @clusters = ();  
         while ($peg = shift @pegs)  
         {  
             if (! $seen{$peg})  
             {  
                 @cluster = ($peg);  
                 $seen{$peg} = 1;  
                 for ($i=0; ($i < @cluster); $i++)  
                 {  
                     $x = $conn{$cluster[$i]};  
                     foreach $peg1 (@$x)  
                     {  
                         if (! $seen{$peg1})  
                         {  
                             push(@cluster,$peg1);  
                             $seen{$peg1} = 1;  
                         }  
                     }  
                 }  
                 push(@clusters,[@cluster]);  
             }  
         }  
   
2296          @colors =  &cool_colors();          @colors =  &cool_colors();
2297    
         @clusters = grep { @$_ > 1 } sort { @$a <=> @$b } @clusters;  
   
2298          if (@clusters > @colors) { splice(@clusters,0,(@clusters - @colors)) }  # make sure we have enough colors          if (@clusters > @colors) { splice(@clusters,0,(@clusters - @colors)) }  # make sure we have enough colors
2299    
2300          my($cluster);          my($cluster);

Legend:
Removed from v.1.143  
changed lines
  Added in v.1.144

MCS Webmaster
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.3